Basic Information

Insect: Scirpophaga incertulas
Gene Symbol: LIMK1
Assembly: GCA_036419045.1
Location: CM071646.1:18835691-18859362[-]

Transcription Factor Domain

TF Family: zf-LITAF-like
Domain: zf-LITAF-like domain
PFAM: PF10601
TF Group: Zinc-Coordinating Group
Description: Members of this family display a conserved zinc ribbon structure [3] with the motif C-XX-C- separated from the more C-terminal HX-C(P)X-C-X4-G-R motif by a variable region of usually 25-30 (hydrophobic) residues. Although it belongs to one of the zinc finger's fold groups (zinc ribbon), this particular domain was first identified in LPS-induced tumour necrosis alpha factor (LITAF) which is produced in mammalian cells after being challenged with lipopolysaccharide (LPS)[2]. The hydrophobic region probably inserts into the membrane rather than traversing it. Such an insertion brings together the N- and C-terminal C-XX-C motifs to form a compact Zn2+-binding structure [1].
Hmmscan Out: # of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc

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13 18 4.4e-05 0.28 12.8 1.2 5 39 1898 1932 1895 1944 0.87

14 18 0.0099 63 5.3 0.9 5 30 1978 2003 1975 2007 0.89

15 18 4.4e-05 0.28 12.8 1.2 5 39 2172 2206 2169 2218 0.87

16 18 4.4e-05 0.28 12.8 1.2 5 39 2287 2321 2284 2333 0.87

17 18 1.1 7e+03 -1.3 0.1 21 39 2387 2405 2381 2413 0.77

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#	of	c-Evalue	i-Evalue	score	bias	hmm coord from	hmm coord to	ali coord from	ali coord to	env coord from	env coord to	acc
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3	18	7.4e-05	0.47	12.1	1.3	5	39	817	851	814	863	0.86
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Sequence Information

Coding Sequence: aTGAACACAAAAAACATATCGGATGTACGGAGATGTACATGTGTGCGTGAGTGCGTGCGGCTGTGGCGGCGAGTCGCGCGCAAAGCCGCGCACGCGCTGCGCCGCTCGCTGTGCTGCTCTAGGTACTCGCGTACTGCTCGCATGCCCTCTGTTGATACCTCCGTCTTTGTGCTCCATTTGAGGCCAAAATCACTCATCGTTGGAGTATCCGTCGCGTATATTAAAAGTGCGTATCGTCGCAGTGACGACTCTTCTTGCGGACTACTGCCGCTGCACGTGGGGGAGCCCGTGGCCGCCCCCGTGACCGCCCCCGTGGTCGCCCCCGTGGCCGCCCAGCCGCTGCACCACATCCAGAGGGCGCTCTCCAGGTCTGACTCGGTCATACAGCTAACTGTTGACCGCAGCGACGTGTCGGACGTCGGCAGCAACAACACGATACCACTCCCAACGCACAACTCGGAGGAGGACAAGCCGAAACAAGAAGCGAAATCACCAGTCGAAAGGAAGATAGAGAAAGACTTAAAGAGGAACATTCCAAAGGAGAACATTCCAGGGCTTCCAAATCAGAGAGAGGGGGAAGGAGCGGGAGGGGAAGATGTGGCAGTGAGGAGGGAGAGATTGTTCAAGAGGAAGGGGGAAGAAGGGGGGAGGTGTAGACTGATGAAGCGGAGGCAGACCCCGTCCTCGCCGCTGCTCGGGGACAAGGAACGAAGTAGCAGTATGTCGAAATTACTGGACGCGGTGCAGGAGAGCGGCGGCGGGGGTGGGTGCGGCGGCGGGGGCGTGGCGTACGACCTGAGCCGCGCGCGCAGCTTCCGCGCGCCGCCCGAGCCGCCCACCGCGTGCGTGTTCCGCGCCGCCGACCTGCTGCAGGGCGAGTTGCTAGGGTCAGGCTTCTTCGGTCAAGTGTACAAAGTGACGCATCGCGACACCAACGAGGTCATGGTCCTCAAGCAGCTGTATCGAGTGGACGAGGACGCGCAGAGGAACTTCCTCAAAGAGGTGGCAGTCCTGCGATCACTACATCACCCCAATGTGCTGCGATTCGTGGGGGTTCTCTATAAGGAGAAGAGGTTGCATCTCATCACTGAGTACGTGCCTGGTGGGACTCTGCATGACCTCATACAGGACGTGCAGACGCCTCTGAGCTGGGAGTTGCGCGCGCGGCTGGCGCAGGACGTGGCCGCGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtgtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggtggtgccgCGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtggtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtggtgCTGGTGGTGGTGGCCGCGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGGtgtggtgctggtgctggtgtggtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtggtggtggtggtggtggtggcgcgGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtggtggTGTGGTGGTGGCCGCGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGGTGGGTGCTGGTGCTGTggtgctggtggtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtggtggtggtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgtgTGGTGGTGGTGTGGTGGTGGCCGCGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtgctggtgctggtggtggTGGCCGCGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtgctggtgctggtggtggTGGCCGCGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAggtggtgctggtgctggtgctggttggtggtggtggtggtggccgcGGTGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTTCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacctgcaccgcatgcaGGTCATCCACCGCGACCTCAACTCGCACAACTGCCTCGTGCGCCAGgtgggtgctggtgctggtgctggtgctggtggtggtggtggccgcGGGCGtgggctacct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Protein Sequence: MNTKNISDVRRCTCVRECVRLWRRVARKAAHALRRSLCCSRYSRTARMPSVDTSVFVLHLRPKSLIVGVSVAYIKSAYRRSDDSSCGLLPLHVGEPVAAPVTAPVVAPVAAQPLHHIQRALSRSDSVIQLTVDRSDVSDVGSNNTIPLPTHNSEEDKPKQEAKSPVERKIEKDLKRNIPKENIPGLPNQREGEGAGGEDVAVRRERLFKRKGEEGGRCRLMKRRQTPSSPLLGDKERSSSMSKLLDAVQESGGGGGCGGGGVAYDLSRARSFRAPPEPPTACVFRAADLLQGELLGSGFFGQVYKVTHRDTNEVMVLKQLYRVDEDAQRNFLKEVAVLRSLHHPNVLRFVGVLYKEKRLHLITEYVPGGTLHDLIQDVQTPLSWELRARLAQDVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGAGVVVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGAGGGGGGGRGRGLPAPHAGHPPRPQLAQLPRAPGGCWCWCWWWWWWWPRAWATCTACRSSTATSTRTTASCARWVLVLVLVLVVVVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGAGGGGGGAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGAGGGGGGRGRGLPAPHAGHPPRPQLAQLPRAPGGCWCWWWWWWWPRAWATCTACRSSTATSTRTTASCARWVLVLVLVVVVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGGAGGGGRGRGLPAPHAGHPPRPQLAQLPRAPGVVLVLVWWWWWWPRAWATCTACRSSTATSTRTTASCARWVLVLVLVVVVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGGGGGGGGAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGAGGGVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAVVLVVVVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGGGGGGGGGRGRGLPAPHAGHPPRPQLAQLPRAPGGCWCWCVVVVWWWPRAWATCTACRSSTATSTRTTASCARWVLVLVLVLVVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGAGAGGGGGGGRGRGLPAPHAGHPPRPQLAQLPRAPGGCWCWCWWWWWWWPRAWATCTACRSSTATSTRTTASCARWVLVLVLVVVVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGAGAGAGGGGRGRGLPAPHAGHPPRPQLAQLPRAPGGCWCWCWWWWWWWPRAWATCTACRSSTATSTRTTASCARWVLVLVLVLVLVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGAGGGGGGGRGRGLPAPHAGHPPRPQLAQLPRAPGGCWCWCWWWWWWWPRAWATCTACRSSTATSTRTTASCARWVLVLVLVLVVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVVLVLVLVGGGGGGRGAWATCTACRSSTATFSTRTTASCARWVLVLVLVLVLVVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGAGGGGGGGRGRGLPAPHAGHPPRPQLAQLPRAPGGCWCWCWCWWWWWPRAWATCTACRSSTATSTRTTASCARWVLVLVLVLVVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGAGAGGGGGRGRGLPAPHAGHPPGPQLAQLPRAPGGCWCWWWWWWWWWPRAWATCTACRSSTATSTRTTASCARWVLVLVVVVVVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGAGAGGGGGRGRGLPAPHAGHPPRPQLAQLPRAPGGCWCWCWCWWWWWWWPGRGLPAPHAGHPPRPQLAQLPRAPGGCWWWWWWWPRAWATCTACRSSTATSTRTTASCARWVLVLVLVLVVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGAGAGVVVWWPRAWATCTACRSSTATSTRTTASCARWAAGGGGGGGRGRGLPAPHAGHPPRPQLAQLPCARWVLVLVLVLVLVVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGAGAGGGGGRGRGLPAPHAGHPPDLNSHNCLVRQVGAGAGGGGGGGGGRGRGLPAPHAGHPPRPQLAQLPRAPGGCWCWWWWWWWWWPRAWATCTACRSSTATSTRTTASCARWVLVLVLVLVVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGAGAGGGGGGGRGRGLPAPHAGHPPRPQLAQLPRAPGGCWWWWWWPRAWATCTACRSSTATSTRTTASCARWVLVLVLVLVVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGAGAGAGGGGGRGRGLPAPHAGHPPRPQLAQLPRAPGGCWWVLVLVLVLVVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGAGAGGGGGRGRGLPAPHAGHPPGPQLAQLPRAPGGCWCWWWWWWWWWPRAWATCTACRSSTATSTRTTASCARWVLVLVVVVVVVVAAGVGYLHRMQVIHRDLNSHNCLVRQVGAGAGGALDLFGSWESIPAKNNTKL

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Sequence clustering based on sequence similarity using MMseqs2

100% Identity: -
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80% Identity: -