Rlae033371.1
Basic Information
- Insect
- Rhamphomyia laevipes
- Gene Symbol
- Baz2b
- Assembly
- GCA_963920725.1
- Location
- OY987259.1:37619802-37637727[-]
Transcription Factor Domain
- TF Family
- MBD
- Domain
- MBD domain
- PFAM
- PF01429
- TF Group
- Unclassified Structure
- Description
- The Methyl-CpG binding domain (MBD) binds to DNA that contains one or more symmetrically methylated CpGs [2]. DNA methylation in animals is associated with alterations in chromatin structure and silencing of gene expression. MBD has negligible non-specific affinity for DNA. In vitro foot-printing with MeCP2 showed the MBD can protect a 12 nucleotide region surrounding a methyl CpG pair [2]. MBDs are found in several Methyl-CpG binding proteins and also DNA demethylase [1].
- Hmmscan Out
-
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc 1 2 1.2e-15 9.4e-12 45.4 0.0 5 75 858 928 854 930 0.89 2 2 2.7 2.1e+04 -3.7 0.0 8 23 1695 1710 1693 1712 0.83
Sequence Information
- Coding Sequence
- atggataAAAATGGTGATAATGGAGGTGATAAATCGGGTAATAAATCTACACATGGTGGTGGTGATCCATCATTATTAGATGCTGCTTCACTTTTTGctTATTGGGGACGAGATGGAGCTGCTGCAGCGGCTGCTGCTGCATCAAATCCATTATTTAGTTCTCAATTTAGTGCAGCAGCAGCAGCTGGTTTAGGTTTATTACCAAATCCTGGCTCTAGTAATGATCGTTATTCAATGGCAGCAGCAGCTGCTGCTGCTggtcatcatcatcaaaatacAATGGCTGTAGCTGCATCACAAGCAGCTAGTTTAGCTGGACTTCATCCAGCTGCAAGTTGGTGGTCAATGGCACAATTAGCTGCACAGGATTATTTTAGTCGTTTACAAGCATCTGGTTTATCACCATTTGCTCATCCGGATTTAGCAGCTGCTTTTCCATCTGGTTTATCTGGATTAGGTGGTATGGGATCTGGTGGTTCTATTGGTGGTAATAATAGTGGAGGCAGTGGTTCAGGTGGTGGTGGTAATTCAAGTGGATCTTCCAATAGTAAATCAAATTCAAGTAAAAGTCGTAAAGAGAAacgtcaacaacaacaacaacaacaacagcagcagcagcaacaacaacaaaatttatcaaatagtaTGTCAAATAGTTCAAGTAGTCTTCATGGTTTAGGATCTGGTACTACAATAACACCAACATCTTCTTCAAATTCATCTAATTataagtcatcatcatcatataataaatcatcaatGTCATCTGGTATGCCCACACCACCAGTATCAATTTCAGCTTATAATCCAGCTAATTTACATAAAGAATTATTAGCAATGCAAGCAGCAGCCGTATCAgctcaacagcaacaacaaaattcatcatcatcatcaaaaaaatCCTCCTCACATCATTCCCAACAACAGCATCATCATCAAGGCATGTCATCGTCAAGTGGTGGTAGTGGTAATAATAAATCTTCATCAATGTCATCACAACATCATCATTCAAGTTCAATGTCAAATAGTCATCATAATTCAATGTAttctggtggtggtggtggtaatagTAATATTGGTGGCAACAATAATAATGGTGGTAATAACAATAACCGAAATAGCAGTTCTAAAGAtcgtaataatagtaataataatgataaaaataatccaTCAGCGACATCATTAAATGCACTTAATTCTCTATCACAATTGGGTAGTTTAGGTTTAAGTTCACAGCAAAGTGTTCAGGCTGCCATGAATGCTTTAGCTGCTAATCCAGATAAAGTAAAAGATTACATGCCACAAGGAATTTTAAGTGATCCATCATCCTTGCTTGGAGTTAGACTGCCCCCGGATACGGAAATCATCAAATACACATCATCTATAGTTGGACCTAAAATTCCTGGTACAACAAATCGTGGTCGAAAAAAGACAATATCACTCGATCCAAATCCTCTCCTTGCATTTCCAGGCCTTAGTCCAGCCAAAAGAGCTCGACTTGAGATGGAATATGCAGCTGTAATGGGTCAAGTCGCAGCCGCACAACAAGCAGCAGCCCAAGGTTCATCCCAAAGTAGTTCAACCCAATCAATAGCATCCCAATCAGCAGCAGCATTGGCAGCAGCTATGATGGGCGGTCATGGCATTAGCAATCTAACGAGTtcactttcatcatcatcagcacaaTCAGCATTAGGACAATTATCAATGGGAGCACcaacattatcatcatcaacatcatcatcgtcTGGTCGTGAAAGAGAACGTGATAGAGATAGAAATCGTGATAGAAGTGGTGGTCAACATCATGATCGTAGTAATAATTCTGATAATTCAGCTGATCGTGTTGAAGTTATTAAATTACCACCAACAATCACATCAAATGGCGCTTACAATTTATCAAACAAAACTACAAATTTCAATACTAACAATAGTAGTAATAGTAGTAGTAACAAAGATATACAACATCAACAGCATTCAGATAATTTAGATTCGACTGGtatgaatttaagttttaaaaatacatcAACAACTAGTATACATCTTGATGATTCTGATGCACCACTAAATTTATCAATGAAACCGGATTCGTTAAGTAGTAATAATATACAAGATTATTCAGCATCGCCATCAACTGGTGGCGGTAATGGAAATAATTCTGGAGGAGGGGCAAATAGTTTACAAAGTTTAAGTTCTATTACCGCTGCATTAGGCAATACAAGTAGTGGTGGCGGTGGTAATGGAAATGGTGGTGGTGGCAGTGGAGGAAGTGGTGGTAGTGATCGTTCATCATCGAATTTTAAGGAAGGTCGGCCTAGAAATTTAGGCCGTGGTGTATCAAAACCGAAAAAGAATACAGTGGCATCTTTATTAGCACAAAGTCGAGCTGTCGGATTGAAACCGATGTTAGCTACACAACAATTACTTCAGCAAGGAGCTGATATCGAAAAAATTCGTCAAGCTTTATCTGAGGCTAGTGCTCAAATGGATGTATCAACAGATTCTGAAAGTGTTGCAGCTGAAAGTGGTCTATCAGAATCTGAATCTGAGGatacacaaataattaatttaacagaattaCGTGCCCCTTTAGATATGGGATGGAAACGTGAAACAATTATTCGTGGTTTAACAAAAAATGGTCAAATACGTGGTGATGTATATTACTATTCACCAGGTGCTAAcacgaaattgaaaaatattggaCAAGTTTTAgcaTATTTGGATAAAAATCCGTCAAAATTATCACGagataatttcagtttttcatcaCGCGCAATTGTTGGTTCATTTTTACAACCAGCACCACCACCATATGCCAATGATGGTGAATATATTCGTATGTCTGATATTGATGTAGCTAAACGTTTAgaagatttaaaaatgtttacacGACAAAGTTTAAATGTTGAACAAAGAATTGAAATTGCTAGACAACAACAAGCATTACGAGATGCTAAAAAATCGGCTAAAGAAGAAATGGCACGTAATAAAGAAAAAGCACGACaagagaaaaatgaaaaattagaacaaCAACGAAAAGAGCGtgaattaaaaaatcaacaggCAATTGAGGCTCGGAAGAAACGCCAAGAAGAATTGGAAAGAATAAAACaagaagaaattatgaaaaaacaacAGgaaaaagaaaagaaaagacAGGAAGCTATTTTAGCTAAAGAACagGAACTCAACAAGCAAAAGGAGTTGCTCTATCAAGTCGAGCTGGAACGTGAAAGACGTCGTCAGCATATGACATGGATTCGACAATTAGATAATCGACGGAAATTTGAAGAACGTGAAAAGAAAAAACATCAATTAGTTTTGGATCGATTAATATTACGTGAGAAACGTGTTGCTGCTAAAAAAAGAGATGCTGATATTTTAGCACAAATTAGaaaaccaGTTGAAGATTCTGaattaacaaatcaaattgaatttcCACCAATAAAACGTTTAACTGGATGTCGTTTACCAGGTCAAGCAATGGCTGATTTATTAAtggtttttgaatttttacataatttcggTGAAACTTTAGGATTtgatATGGAATCACTACcaacattacaaaatttacatgatTCTTTAGTTGCTGATAGTAATGCTGATGCTGAAGAAGAATTATTATCTGTAATGACACATTTATTAGTTTGTGCTATTGAAGATCCTGGTATACCAAATCCTGGCCGTCATACAACATTATTAGGACAATCGTTACGTAATGCTGATATAACAAATTCAAATGTATCAGAAATATTACGTATATATTTGTATGCTGTTGCAACTGGTGAAGTACGACAAAATTCTGGTATAACATTAGATCGGGAAAAAGAAAAACGTATTGCTGATCATCATCAAATTGATATTGAATgtttaaatacaacaacaacatctggtaaaaatcaacaatattatGAATTGTTACATGAAAATGATACATGGAAATTATCAGCATGTTTAAATGATAAACCATTTGTTGCattaaatccaacaaaaaaaactcaaattttaGCACATTTAGTTAATGATTTATTGGTAAATAAGGCtgtattaaaacaaattgaagGTTGTTTAGAATCATGTGCACAATATAAAcgtgataaatatttaactgatatgaaaatacgaaaatataaatcattacatATGCGTAAAGTTCGTATGGAACAATTTGAAAAAGCACAAATTGAAAGAGAAATTTCTGCACAAAATCAATTAGAATTAAATCGTAAAGAAGCTGCTGAAACAGCAGCAGCTGTTGCAGCTGCCgtagcagcaacaacaacaacacaaatAACAAATgaagataatgaaaataatattaataataataatggtaataatgaACAACAATCTGCAATTATTGATAATCAACaacaagataattttaatagtaataataaattggaTGATtgtgaaaaaatggaaattgataatcaaacaataaatacaaatactGCTGGTGGTACTGGTGAGATTTTAGAAAATCATAAAGATAATAATGATTTACTAAATAGTGGTAGTGttgaaaatatgatattaaCTGCACCAGTAACACCATGTCCTACACTAATAATggatactaataataaattaatagatgATAGTCCGGCAAAGAGTAGTGTCGAAAATACACCAATTAAAATGATGAATAAATTAGATGATTGTAATGCTGCTGTTTATCATAATGGTACAATAACACCATCATCAACAATTTCTGTAACCCcagatttaaatcatttaatatctaatagtaaaaaattaatatcacgTAATGCTGATGATATGTCAACAGATATTGGTATGATGGATGATGATTTAAGTGATGTAGAAAGTGTTATAACAACATTGGAGGAAGACGAAGATAATCGTATGACAGCAGAAGAAGTAcagaaaaaattagaaaaaatgattaaatcatCAGAACAAATTAAAGAATCATTAGAACATAATAGTAATCAATTGAGGGCAACATGTTATGGACAAGATCGTAATTGGCGTCGGTATTGGAAATTACCAAAAGCTGGTGGAATTTTTGTTGAAGCAATTGAATCAGCACaatcagaaatatttgaatatcaTGCAATTTTAGAAGAAGAatggaaaaagaaaatagttattaaagaaaaaacggaagaagaagaagaagatggCGAAGATGATGATGTTGATCGGGAGATTGAAGATTGCGATgatgaaatgaaaatagaaaaagaagATGTTATGAAAACAAAAGATCAAGAATATgaacattttgataaaattaaaccaGAAAATTGtgtagatattaaaaataataatgacaatgCTAATGGGAAAGATgattgtgatgatgatgatgatgaaaatgaagaaaatgataatgaaaaaattgataatgaacCAATTAAAGTCGATGAATCTTTGAAAGATATTGAAATGAAAGATAAAACTGATATTCATATAAACGAATCAACATTACCAACAGGAACAAATGATAACTTAGaagaaatatctaataaacaattaaataatgatggtccattatcattaatttcatctaCATCAACAATGGTACCACCACCATTATTTCCGCCACCAATTTCTATTGCTTCATTACCaacaattaatcaattaatgaaTATGAATCAACCAGATTCAATTAATGACAATAGTTTAATACAGCAGAAACAAAATGATTCTGGtattgatgaaattattaaattagatgATGACACAACGTCCTGTgataaaaattcaacaatattattacCACCACCTCCTCTAGTATTATCATCTTCACTATTACCATTAGCTCAATCAACACAAAATTTCattccaacaacaacaacatcaaccaatcaattatcaaattcattatcattatcgtCATtgataaaaactgaaataaaaaaagaatataatgaaAGTTCTGGCAATGATATTGTTATGATAACAGCACCAATTGAtgatataccaaaatttatacCCCCACCACCAGCTTCCGGTACTGCTGTTAACGAAGAAAAATggttttcaataattaatcGAGAAATGCCATTAACATCAAATGAAAATCCATACATTCCAGAATATCAATTGGCCTATTCAAATATTACATGTGATCAAACTGTTCAAATACAAGGTCACCGATGGGATATTGCAAATAATGCACAATATTTTAGTGTTCCTATTGAAAATGGCAAAGttgatttacattttaataatgaaacaattttatcattatcCGGTTTGGATGAACGTGACATTGAATCAGTTATTTCAAGTGGTGGTAGTGGTGATAAAGATTGTTGTATTGatgatgatataaaattaaaaaaagaagaaaattgtgATGATGAAATGttaggtaataataataatcataataataatttacgaaCAAGTGAATTACATCATCGACGGaattcattaattaaagaaGAAGTTATTGATATGAAAGCtggtaaaattgatataaaattagaagAAGCAACTGGTATACCATTACATAATTTAGCTAATATGTCATTAGGTAATATAAGTGCATATGTAACATGTGATATACCAACACCATTATCAATGACACCGGAAGAACATAAAATGttagaagatattaaaaataatggttttcaaaaaaatacaattaaaaattttgtatcatcGAATTTACGACATGGTTGGTGGAAAATTGattcaattgaattattaaatgattttatacaaTGTTTACATTATCGTGGCGTTAGAGAACGTGaacttaaacaaaatttattacgaataattaatgatgaaattgaattaGGTTGTCCATATCCATTAACAACAGCATCATCAACCgatgataaaataatatcaacaaattcTGATTCATTAGATGATGATGAAACAAAATCAGTAACATTACCTgatgataatattgaatatactCAACCAGATAAACAAAATTCCTGGAATCCAAAAATTGCTAAACGTGTTGAATTAGCATTACTTGATCAATTAGAAGCATTAGAAGATAAAATTGCTAGTGCATctatgcaaataaaaaattggatatTACCGCCacgaattgaaaatgaaatatcattaGATCAAGATCAAGATATTAGCGAAGAAGATTTTGTTAGTATTATACCAATGATACGTGAACGAATTTCTAGTCTAGAAGCAGCTATTGAACGACGTTATTTAAAACCACCACTTGGTTGTCAAGTTGGTGATGCACATTTAGCAGCAATTGCACAAAATCAAATGAACAATCAAACTCATAATagcagtaataataatagtcaacaacagcaacaaccgCAGCAACAATTACAATTATCACTGTCACAAGGTAATAGTAATGATggtttacaaataattaattctagTGGTAATGGTGGCGGCGGCGGTGGTACATCAAATAATTCTGTATGTGAATCACCATCTAGTGTTTGTGATAGTGAAAAAGATGCTCCTATGGAAAATATGCCAAAAGGTTTAATTTCATGGCGTGAAGCTGTTTCTCGGTCACATACAACAGCACAATTAGCAATGGCATTATATGTATTGGAATCATGTGTTGCTTGGGATAAAAGTATTATGAAAGCGAATTGTCAGTTTTGTACATCTGGTGAAAATGAAGATAAATTACTATTATGTGATGGTTGTGACAAAGGATATCATACATATTGTTTTAAACCAAAAATGGATAATATACCGGATGGTGATTggTACTGTTACGAATGCGTAAATAAAGCAACAAATGAACGTAAATGTATTGTATGTGGTGGTCATCGTCAACCACCAGTTGGTAAAATGATTTACTGTGAATTATGTCCACGTGCATATCATCATGATTGTTATATACCGCCATTATTAAAAGTACCACGTGGTAAATGGTATTGTCATGGTTGTATATCAAAAGCTCCCCCACCGAAAAAACGTACACAaactaaaaaatctaataaagaCAAAGATAATTGTAATAAAGATAATAGTAATACTAATAAggaatcaataaaattacaacaacaacaacaacaaattcaacatAATATATCACAATCATTAAATTCATCACATGAAGAATCAGCACCGCAAAGtccAGCACATTCAGTTGCCTCAACATCATTTGATGATCATCAAAATAATTCGATTGATTCAAATCGTTTTACATCTGTAACACAACTACAAGCATTAACACCAACAAGTGGAATATTAACTGGATCAATGCAACAATCAACACCAATTTCTACAATTCCAGTTCCAATAACTCAGCTGCCAATAACAACAATTCAACGTCCTTTATCACCAATTAATACTATCAGTGATAATGTTATATTTGATGGCAATAATAGTATGGATGAAAGTTCaaatcaacaacagcaacaacaacaacagctggAATCACCAATTTCATCACAATTATTAACGACAATACCACAATCAccaaataatcaacaaaatacaACACAAATTTCATTAGCACAAAATTCATCAACACCAATTCAACAACCATTAAGTCCAGTGATGGcacaaaatttaccaattgtCCAACAACCTGTTataattcaacaacaacaacagcaacagcaacaaccAATTATACCAGAGCCAACACCacatcaacaacagcaacaacaacatttacaaattcttaacGAGGCTAAAGAgaaattaaaacaagaaaagAAAGAGAAACAtgctacaaaaaaattaatgaaagaatTATCAGTTTGTAAAACATTATTGGCTGATATGGAgATACATGAAGATTCATGGCCATTTTTATTACCGGTAAACACAAAACAATTTCcaacatataagaaaattataaaaaatccaaTGGATTTATCGACAATTAAGAAACGACTTCAAGATTTAACATACAAATCCCGTGaagattttgttattgatgTTCGACAAATATTCGATAATTGTGAAATGTTTAATGAAGATGATTCACCAGTTGGTAAAGCTGGTCATGGTATGAGAAAATTCTTTGAAGTTAGATGGGCTGAATTAACTGACAAACATTCATGA
- Protein Sequence
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Similar Transcription Factors
Sequence clustering based on sequence similarity using MMseqs2
- 100% Identity
- iTF_00644099;
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- -
- 80% Identity
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