Basic Information

Insect: Rhamphomyia laevipes
Gene Symbol: -
Assembly: GCA_963920725.1
Location: OY987255.1:18844016-18849753[+]

Transcription Factor Domain

TF Family: HTH
Domain: HTH_psq domain
PFAM: PF05225
TF Group: Helix-turn-helix
Description: This DNA-binding motif is found in four copies in the pipsqueak protein of Drosophila melanogaster [1]. In pipsqueak this domain binds to GAGA sequence [1].
Hmmscan Out: # of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc

1 7 0.0043 3.2 8.6 0.0 3 28 1063 1088 1061 1102 0.86

2 7 0.00022 0.16 12.7 0.1 2 38 1170 1206 1169 1212 0.91

3 7 1.8e-06 0.0013 19.4 0.0 3 39 1353 1389 1353 1393 0.93

4 7 0.0073 5.4 7.9 0.0 3 27 1435 1459 1433 1469 0.89

5 7 3.4e-05 0.025 15.3 0.0 4 38 1564 1598 1561 1602 0.88

6 7 2.2e-06 0.0016 19.1 0.0 3 38 1746 1781 1744 1786 0.94

7 7 0.00025 0.18 12.6 0.0 2 38 1817 1854 1816 1856 0.91

#	of	c-Evalue	i-Evalue	score	bias	hmm coord from	hmm coord to	ali coord from	ali coord to	env coord from	env coord to	acc
1	7	0.0043	3.2	8.6	0.0	3	28	1063	1088	1061	1102	0.86
2	7	0.00022	0.16	12.7	0.1	2	38	1170	1206	1169	1212	0.91
3	7	1.8e-06	0.0013	19.4	0.0	3	39	1353	1389	1353	1393	0.93
4	7	0.0073	5.4	7.9	0.0	3	27	1435	1459	1433	1469	0.89
5	7	3.4e-05	0.025	15.3	0.0	4	38	1564	1598	1561	1602	0.88
6	7	2.2e-06	0.0016	19.1	0.0	3	38	1746	1781	1744	1786	0.94
7	7	0.00025	0.18	12.6	0.0	2	38	1817	1854	1816	1856	0.91

Sequence Information

Coding Sequence: ATGGAAGAAAAAGTGTATAATGAAATGTccacaataataaatacaaataattctaatgataatattaataatattccattgataataaataataatgttaaacgtgaaattgatattgattttgaaGATGAAAGATTGGATATCAAAGATGAAAATTACCATTCTAAATGTGGTGAAATATTTGTATCTAAAGAtaaagaatttacattttattgcaGTATTTGTAatgagaattttttaaattttcaatttttctctGAACATGTTTTGTATGATCAGAATcatgaaaatcaattaatatttttgaataattatactACAAATAATGtcaatagtaattttattataccatCACTACTGCCTTCATCATCAGTTACACTTGCAAATAATCCATTCAAAGATCCATATCCAGACTGTCAAAGTATTGTAAAAACTGAATTCACAATTGATGATGAATTATGTGAAgaaaattcatcaaataattttgcTGCTGATGAAGTGCTGGAAGTAATATCAGAACCACCAGCTGGATTTTATCAACATAATGACTACAATGAACAAACTGATTTTTCAGAATTAACTGAAGAGCCAATAATATTAGCTAATTTACGTGAAGAGATTATGCAAGAAGAATTTTCGAATATTTCAACaggaaGCAACAATTATGCTGGTTTTCATAAATGTAACTTTTGTAAAAAAGAATTTTCCCGAGCatggaatttaaatattcatttaaaacgatgtaaattaaatatcgataaaattgaatatcaacCACCACAACCACAACCATACAAATCAGATTCAATAGCAGCAACTAGtgctattaaaattatgtgtcCAATTTGTAAAATGTCATTTCAacAAACTGAAGAAAATCTTTTACGATGTGATCTATGTAATACATCGTTTAAACGTCGGGAATATTTACGTAAACATATTAAACGACATATGGCGAAACATCGAAAACAACAACCACCATTTTTACCTAATCCtatacaaacaaattataaattagaatgtaatatatgtaatttaaaatttgatgaagAATATCAATTATTTGCACATCAAAGTACACATTTATATACAGATTCTTCAGTGGAAATAAATGAATTGGATACGAAATTTACATCAGATATAGTAACTAGTACACCAActtttgatgataataatgaaaattcaaaaattccatttgttgatgatgatgatgattcatcatttaaagaaattaatgaacAATTCAGATGTAATAATTGCGATCGAACATATAACAGTGAAGAATCACTAAAAATGCATAATTGTATTGATATATTTGATAGGCCACATCAATGTTTATCATGTAATAGAAGTTTTATGTATCAATCTTATTTAAAAAGGCACATGAAAAGATGTTCAATGAGAAATTTCATTAACGAAatggataataaaaatgattttgataaattttatagtaaatatgatgatgataatgaagataatgaatatgaagaaaaatCTCTAGAAAATATTTCTCATTCAATTTCTTCAACAAATGAACAATTAACAATTACACCAACTAAATCAACAGGAATAATAAATTCACCATCTAAACGTAAGGGATgtggtaatttattattaaagttatttaaatgtaaattttgtaaaaaagtctttagatctaaaattaatttacaaaatcatttaagtATTCATTTAAAAAGCCAAAATCCAagtattattaatgataatatgacaacaacaaataaaatacaattgacACCGCCAtcattgaaatgtaaaatttgtggCCGTAGATTTAAacagaaaatttcattaatgatACATGAACGTGGCCATACCGATGATAAACCATATGAATGTAATTTATGTCATTCGAAATTTTATACAcaaggatatttaaattttcataaaaaaagtatacataaaatatattcaattggTAATAGTGGTAATTGTAAATCATTTAATTGTGGATTgtgtaatatgaaatttttaacaaggtcacttttaaatattcatctaaATAATGAACATCAAAATGACAACATTAAAGATCATTCACTTGAACAATCAGAACAATCTATGTTGTCATCTAAATATGCTaatgaattaaacaaaaatgtcGAACAAAATTCACCATCAATGTCATATGGAAATGAAGTAATTcccttaaataaatcaattagtaGAACGAAATATAAATGTCGATTTTGTCCGAAACTAATAAATCGccgaacaaatttaataatacatgaACGTATTCATCTTGGTCAACGTCCACATTCGTGTGATATATGTAAGAAAACATTTCCATCAATTAGTTATGTTAAATTACATAAGAAAAATGCCCATAATATTACTGTACCACGAATTCAATATGaatgtaaatattgtaataaaattaccaCAACTGAATATTTCCTAACATTACATGTTAATAATTTACACCGTGAAGAATGTCCACATGAatgtaataattgtttaaaaagatttgaaactgttgatgatttaaatatacattgTAAAACTGAACATACAGCATTAAATAATGGTTccgaaaataaagaaatttctacaattgaaatatcaaatgaaaatccAGAAAATActgagaatatttttaaatgtaattattgtacgaaaagttttaataatttatataaattgaatatacatCAACGAAATCATCATATTGGTGAAACAccatattattgtaatttatgtgataaaaatttctCATGTGCACCATATTTATGGAAACATAATCAATTTTGGCATAAAGAAAAAACCacaacaactacaacaacatcaacatcatcatcgaattttacaaaaatattacctAATTTGAGTACAAAAAGTTATTTATcacaaaaagatttaataacaCCATCTTCTAATACTTCGAAATCGAAAAATCCAAAagaagattattatttatatatacatgcTTGTGAGATTTGTggtaagaaattcaaaaaaatggcTTATTTAAAAATGCATGTAGCTAAACATACAGATGCCTATAAATGTGAAATTTGTGGTAAACGTTGTTCCAGTTCACACAATTTAAATGTTCACCAACAAATACATGTAaacgataaattaaatttatctaataattctaaaataactGATGACACTACTGAAAATATTACAACTgctacaaaaaatgaaaattctgatAATTTATCGAAAGCCGTTAATTCATGTATTAAGAATAAAATGAGTATAATTGGTGCAtcgaaattttacaatttggatTTTAGAATGTTGTATAAAAATGTGGCAATAAAACGTagagaattaaaagaaaaattcagtGTAAATAATGTACGAGCTCATGTTAGTTccgattcaaaattatttaatcagcAAAAACCACCAGCTATTGTTGCAATTTCACAGgcaaataaatttcttacaaaTCGTAAACGTATTTATAAGAAAAGATCATCAGCAGCTTTAGAAAATTCGAAATTCAGACAAGAAGGTACAAAAGAAAGAGAAGCATTAATTAAAGCTGTTCGATTATATGAAGCTGGTGAATTATCTCAAGCTCAGGTtgcaaaatcttttaatatttctgtagCTTCATTGTGTCGTCATATGAGCACTGTACCACGACTTCGCGAAACTGaagaaattttatcaaatgatttaaataatagtatcgttgaaattaatgatgaaaaaaaatcaataaatattccAACAGATTTAAGTACATGGTATACAGAAAATTCATCAAattcagaaaatgaaaataatgaaatgggTGAAATTATAAAAGCTGAAGAATGTTtagaaagtttaaataaatccaaaaatattgttgatttCCAAGAAATACGAAAAATTTTATCACAACCATCAAAATCACTATCTACAATTaatgttgataataatttgAAGCAATTTAATGAGGAGAATAatgaagaaattgaatttcaaattccATCGAATTATATCAATCCAATAAAAGACATAGACATTGATGATGATTCGAAAATAGATAATCAACATAATAATAGTGTACGGCGACATccaattgaaaaaatatcacaagctgtagaagaatataaaaaaggtGGTGTTTCACAAAGTAAAATTTgtgaaacatataaaatttccctATCAACATTGAAACGTCATttgaaaaaatctaaaaaaactattttccaaCACAGCCATATTTCAATGAATAGATCTAATCAACAAGAACTACAACGACAACCATCAGATAATCAGATGACTattagaaatgaaataaatcagCCTACAGATATTGAAAAttctgataatttaataaaagctGTTAATTCATGTATTAAGAATAAAATGAGTATTATTGGTGCAtcgaaattttacaatttggatTTTAAGATGCTTTATAAAAATGTAGCAATTAAACGtagagaattaatagaaaaagcaaatcaaaataatttattaattgaaaatgaaaatccaatattaaattatgaacaaaaattatttgatagtagtaaattttgtaatatgaaatcatcaccatcatcatctattttattaaattcacaatCACAATCACTACCCCAAGTACCAAGTAAGTTATTATATAATCGtaagagaaaatttaaaaaacgtgTTCCAGTTGCGTTAGGAAATTCGAAATTTCGTCAAGAAGGTACTGCCGAAAGAGCTTCATTATTTAAAGCAGTTCGTTTATATCGAAGTGGTGAAATGTCACAAGTAAAAGCggcaaaattttgtaatatttcctTAGCAACATTATGTCGTCATATGAATAGTATTCCAAAAGGTGAGGaaactaataaatatcaattCGAAGAGAGAATCAATGATATACCACCATTGAATATTgataaagaatataattggtcaaatacttgtaacagaaataattataattttgaaaattttgataatattcaaGCTACTCATGTCAATGAAAATGTACAAGAATATTTTgacaattcaaataatatatcaaataatgatttaaataatattttaaatccacAATCAACTTTTTCTACTTCAAttgaatatgataaaaataatatacaatttccttctaatatacataatacatttcCACCTACTATACATGATACATTTCCTCCTACTATGAATGAATTTGCTGAACATTCTGCATTTTTTTCATCTGATGatcaatttttaacaaaaattgataataaagcTGTTGATTTGCAAAGATgttcaattgaaaaaattgcaaaagctgtagaagaatataaaaaaggtGGTGTTTCACaaagtaaaatttgtaaaatgtatagAATGTCATTGTCAACATTACAGCGTTATTTAAAAGATGAACAACAAAAACCAgtatcaaatttacaaatttataaaccaCCACCAACATTACCAACATCAACAATATCAGCAACaataaatcaagaaaaaaattttaatgatgaaaatttattaaaagctaTATTAGCAGTTCGTAATGATGGACTTAGTCATTTAGATGCAGCTAATGCACATAATGTTTCTGTATCAgcattatatttatcattaataagAAATGAAGATAACCAGTAA
Protein Sequence: MEEKVYNEMSTIINTNNSNDNINNIPLIINNNVKREIDIDFEDERLDIKDENYHSKCGEIFVSKDKEFTFYCSICNENFLNFQFFSEHVLYDQNHENQLIFLNNYTTNNVNSNFIIPSLLPSSSVTLANNPFKDPYPDCQSIVKTEFTIDDELCEENSSNNFAADEVLEVISEPPAGFYQHNDYNEQTDFSELTEEPIILANLREEIMQEEFSNISTGSNNYAGFHKCNFCKKEFSRAWNLNIHLKRCKLNIDKIEYQPPQPQPYKSDSIAATSAIKIMCPICKMSFQQTEENLLRCDLCNTSFKRREYLRKHIKRHMAKHRKQQPPFLPNPIQTNYKLECNICNLKFDEEYQLFAHQSTHLYTDSSVEINELDTKFTSDIVTSTPTFDDNNENSKIPFVDDDDDSSFKEINEQFRCNNCDRTYNSEESLKMHNCIDIFDRPHQCLSCNRSFMYQSYLKRHMKRCSMRNFINEMDNKNDFDKFYSKYDDDNEDNEYEEKSLENISHSISSTNEQLTITPTKSTGIINSPSKRKGCGNLLLKLFKCKFCKKVFRSKINLQNHLSIHLKSQNPSIINDNMTTTNKIQLTPPSLKCKICGRRFKQKISLMIHERGHTDDKPYECNLCHSKFYTQGYLNFHKKSIHKIYSIGNSGNCKSFNCGLCNMKFLTRSLLNIHLNNEHQNDNIKDHSLEQSEQSMLSSKYANELNKNVEQNSPSMSYGNEVIPLNKSISRTKYKCRFCPKLINRRTNLIIHERIHLGQRPHSCDICKKTFPSISYVKLHKKNAHNITVPRIQYECKYCNKITTTEYFLTLHVNNLHREECPHECNNCLKRFETVDDLNIHCKTEHTALNNGSENKEISTIEISNENPENTENIFKCNYCTKSFNNLYKLNIHQRNHHIGETPYYCNLCDKNFSCAPYLWKHNQFWHKEKTTTTTTTSTSSSNFTKILPNLSTKSYLSQKDLITPSSNTSKSKNPKEDYYLYIHACEICGKKFKKMAYLKMHVAKHTDAYKCEICGKRCSSSHNLNVHQQIHVNDKLNLSNNSKITDDTTENITTATKNENSDNLSKAVNSCIKNKMSIIGASKFYNLDFRMLYKNVAIKRRELKEKFSVNNVRAHVSSDSKLFNQQKPPAIVAISQANKFLTNRKRIYKKRSSAALENSKFRQEGTKEREALIKAVRLYEAGELSQAQVAKSFNISVASLCRHMSTVPRLRETEEILSNDLNNSIVEINDEKKSINIPTDLSTWYTENSSNSENENNEMGEIIKAEECLESLNKSKNIVDFQEIRKILSQPSKSLSTINVDNNLKQFNEENNEEIEFQIPSNYINPIKDIDIDDDSKIDNQHNNSVRRHPIEKISQAVEEYKKGGVSQSKICETYKISLSTLKRHLKKSKKTIFQHSHISMNRSNQQELQRQPSDNQMTIRNEINQPTDIENSDNLIKAVNSCIKNKMSIIGASKFYNLDFKMLYKNVAIKRRELIEKANQNNLLIENENPILNYEQKLFDSSKFCNMKSSPSSSILLNSQSQSLPQVPSKLLYNRKRKFKKRVPVALGNSKFRQEGTAERASLFKAVRLYRSGEMSQVKAAKFCNISLATLCRHMNSIPKGEETNKYQFEERINDIPPLNIDKEYNWSNTCNRNNYNFENFDNIQATHVNENVQEYFDNSNNISNNDLNNILNPQSTFSTSIEYDKNNIQFPSNIHNTFPPTIHDTFPPTMNEFAEHSAFFSSDDQFLTKIDNKAVDLQRCSIEKIAKAVEEYKKGGVSQSKICKMYRMSLSTLQRYLKDEQQKPVSNLQIYKPPPTLPTSTISATINQEKNFNDENLLKAILAVRNDGLSHLDAANAHNVSVSALYLSLIRNEDNQ

Similar Transcription Factors

Sequence clustering based on sequence similarity using MMseqs2

100% Identity: iTF_01297778;
90% Identity: iTF_01297778;
80% Identity: iTF_01297778;