Rlae001725.1
Basic Information
- Insect
- Rhamphomyia laevipes
- Gene Symbol
- JARID2
- Assembly
- GCA_963920725.1
- Location
- OY987255.1:17355559-17368670[-]
Transcription Factor Domain
- TF Family
- ARID
- Domain
- ARID domain
- PFAM
- PF01388
- TF Group
- Helix-turn-helix
- Description
- This domain is know as ARID for AT-Rich Interaction Domain [2], and also known as the BRIGHT domain [1].
- Hmmscan Out
-
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc 1 1 1.2e-20 5.2e-17 63.1 0.0 8 89 1850 1929 1844 1929 0.90
Sequence Information
- Coding Sequence
- ATGGTGGTGTCAAAAGAAAAAGATGCAAAACGTAAAAGAAAAGAACCAATCATTGAATCACCCGAAATGCCGAAAaggaCAAAAGTGCAAGCACAACGAAAATTTGCCCAAGGCCAACATGCCccatcatcatcaacatatTCATTTCCAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCTCAACTGCTGTATTAGCAGCTAGTACATCAACACAATCAATTGCAGCTGGTGGTTCAATGATACGTGATAACCGTGAACCACCACCAGAATTAATCTCAAAAAGACCAAAACCAGaagattttttaacatttttatgttttcgtgGTACACCAGTTCTACCaactaaattagattttttaaatcaaaataaaacacaaacaacaacaaagaaAAATGATTCAACAACAATAACAGAATCAAATGAATCGATAGTAAAGAAAAATGATAGTCCAAAGACAAGAGCATCAACAAGTagaatacaacaaaaaaaatcaattacaccaccaacaacaacaatatcagTTTCATCACCAGCAATAACAACAATTTCTAGTTCAGataaaattttggataatattaatacggataaaaatcttaatataaaagacaataatacaaaaacacAGAAAAAAAGTGATCTAATACCATTTGCTGTCCGAAAGCGGGCTGAAAAATCGACGGAGGGTAATAAAACAGCTGTGAAAAAGACTAAAACTAAAGGTAAATCAATAACACCAGCTAAAGAAGAAAATGGTCGGAGATCAACAAGAACACGAGGTAAAACAAGTTTAGgatctgattttaatgatgatgatgatgacggtGGAAGTGATAAAAATGAAGAACAACTTCTAGTTAATGCAACATTACCTCTAATTGATGATTCAGTTAATGAATCttcgaaaattgaaaatttcgtaAAAGAAAAACCGTCAACTGTTAAAAGTAAACGAAAAATTGGTATTGTCGGAGAAAAGTTAAATCAAGAAATTATTAGTGCTggcgatgatgatgatgatagtcAGAAAAAAGACATAGAAAAGATTAATGCCAATGTTCGATTGACTGATCAACAATcggcaattaaaaaaattcctgGAAAACGAGGTCCTAAACCAAAAGTATCAAATAAAATAGATGTGGTTCCTGTTGTACAGAAAGCCATCGAAATTGAACCTGAACCAGTTGGTAGAATGACAAGGCAAAGAGCATTCTTTGAACCAGTTAAAGTTCCACCAAAACCTGATGAACCCGAggatactaaaataatttgtgatGAAATAAAAgaatctgaaaaaaataatacgaTCAATAATGATCAAATTGATTTCTCATCAGAAGATGAACAACCATTagcaaaaactataaaattgacGAATGTCATAAAATcaccgaaaaaatcaacaaaaccgcttaataaaaaaatttcaacaacaacaaatagtaatattaaaaaatcgaaatcatcattaaatattgataaggaTGATCCTGACCTAACTTCTCAAGAAATTTGTGGTTCAGTTCAATCTTCACcgaatgatgatgataaaaaattatcaaagaaaaaattattactaacaaAAATCACTCCAAATCGGGAAATAATAACACCAAGTGAAACAAAATTACCATCACCAGATATTATAAAAGTAACCACGaaacaaaatgttaataaattaacaacagGTGCAGCACTgggtcaacaacaacaaaatgatatTCAACAAATTGATACTATTAGTCGAAAATCTGATGTTGGTAGTTCGAAAgtaatcacaacaacaacagcaggcaaatcaaaaaaaaatattaccaaaaaattatctaatacaaaatatgataaaaataaaaatcttgaatCAGAAGATGATTCATTTggtaatataacaacaacaaaaataacaccgaaaaaaaagaaaactcgtaaaaaaaaatgtgcatcTGCTGTTACTGATACGGCAGATATATCACAACAATCACAAACTGATATAAGTGAAACAGATATTCGTACATGTACTGGTCGTCCTACTAGAAAAACTAAAGAAGCTGCAACAATATATATGGAATTAATTGgtcagaaattaaatttaggtGATTTTGATGAAGATGACTTTTCAATGGATAGTTTTCCAGAATTACCAAATGTTAAAGAAACACAAAAAATGGAAAcagaattaaagaaaaatgttgGTAAACCAAAACCACTACTACTACCACCTCCAGTGCAAGTTACAAAAATTGATACGGAATTAAAGGATGAAATTATACCATTAATTACTGGTGATATAACTGTTAGACAGTCAATTACAGATGaatcaattaatcaattatcacttaaaattggtaaaaaacgTGGTCCGAAAAAGAAATTAGTTACAACAAATGATGTACCTATAAAAAAGCTTAATATTGTTAATCAAATGAATCAGAAAAAGAAaccgaaaaagaaaaaaattaaaaataaaaatcaacaaaataatgttgAAGAAAAAAACGATTCTGATGTTGAGGTAgttgataataataaagaaagtaaacgaaaatttgaaaaaagcttTAGTGATTCAGATGATGAACCATTAGcaataaaactaacaaaaactagtgaaaaagattttgaattatcaaaaaagtcagaatcaattaattttcaacacCAACAAAATTCTTCAATTATTGCTACTTCcaatacaacaacaataataccaGTACCAACTACAATTTCATCTCTAGCAGCGGTACCACCAACTACAGTTATTTTATCTAAACAaactaatattgttaataatatgaaattttcaactACTAGTCCACAGATAACATCAACCACAAATCaattggaaattaataataaaatactacaacaaaaacaagaagaaagacaattaaaattaataacatcaccaaattttgttcaaacaacaacaataacaaaatcacaGATACGAACAccacaaaatacaaatatttcgtCACCAGGTCAGTtagttcaacaacaacaacagcatatTCATCATACACCAAAACATCATACGCCAACAGCATTCACACCACTTGAAACTTATCCATCACCAAAAATAAATCCAACATTTTTAACTccaaaatttgatagaaatttaGAAAGACGTTTACCAACAACATTAGATTCACCATTAgcacaaaaaaatttaagttttccaTCACCATCTGTACAAGCATCAATAACAACACCATTAgctacaacaacagcaacaactgGTAAATTTCAACAAGAATCAACAACAAATACACCAAAATCAACATCACCAAGTAATAATTCATCAGCAAATGCAATTGCAAATATATTAGCAACAAATTTAATGCCAAGTAAAGAAGAATCTggtaaaatatttggtatagcTAGTGTTAGTTTAGCACAAAGTTCTGGTCCAGATAATACAAAATGTACATTAGGTAAATGTGGTTCAATACATAAACCAGTTTTAGGACCAGTTGTACCAACTGAAACATATTTAGGTGAACAACAATTATCAAGTAAAGAACGTCGTAAAGCTAAAGTTAATATGACACatgaacaaatacaaaaatggtTAATTGAATGTTCATCTAATCCAGATGATATACAAGATGATTTAgatgatgattttgatgatatATTAAAACCCACAACATTTGCACCAACACCGCCACCTCCACCAGCACCAATTAAAGATGATAAAGAATCGACAAGTACTTCGTCCcgaacaacaacaaataaacaagATTTAGGTAAAGCTGAAAGTGCCTGGTCTGGTAAAGGACCATCTTTAAAAGCTACACCAGTTATTGCTAAAGAagatgttaataaatttgagGAATCTTCTGTACAACAGGATTTAGTAATTGAAAAGGATGAAACTATAGTTGCAACACCACCGCCACTACCGTCGCAATTGATTCCAATAACAACAGCTAACGatacaacaacaataaagaaaattcaaacaaatttaacgaaaaaagaaaagaaaaaactagaacaagaaattaaattaaaagagaaGAAAGAAATTATTGCTGCGTCAAagaaaaatcaacaacaacaagatgCTATTAAGTCAACACAATCAACACCAGTTAAAGAAACTCCGATCCTTAAATCACCGAAAGCCTCAACTTCAGCagcaaatttaatgaaaacacAAAAGAAAACCCAACAACAATTAGCAGCGGcggaacaaaataataaaaataaaaccgaaAATACTAAAACTGCAGCACTTAAAACACCACCAAAACGACAACCAGTTTATATTTCGAAAGCAAATGTTCCAGCTGTTGTTGCTACCACAACAACATCTGCTGCTGAAATAAAAAGgtcaatacaaaaaatgaatactagcggtggtggtggtggaggTGATATTGGTAATAGTTTTTCAGCTTTCTCACCCGACAATGAAAAAAGTGTTTATTCATTTGATAAAGAAGAAGATGTTTTACCATTACCATTATCTAAACCATTTAGACGTCAAAGTCGTCGTGAATCACATAATGATGATCAATCATTAAGTGATTCAaaaccattaataaataataaacaagataaaaaattagaaaataatagtatTTCGTTGACACTTAGTCCGGAGGATAATCGTAAATTAGctaaaatgaattttgataCAATTACTAGTACAACAACTGATACCAAGAAATTTGGTAAAAaatcagcaacaacaaaatcaataaagAATTCTTCTGATGATAAATCAACAACaaatgaatttgtattaaatgaTTCTGAAGGTGAAACATTTTACATTCCATTACAAGGTGCCGCTGTTGGTGTAGCAACTGGTGGTAAATCTGATATGTTACAAGCTGTTGAAGTTAAAGTGAAGGTTGGTCGTGAAGGTCCAGATGGACCAAACCAGCGTGTTTGTGTCCAAGCTACCTTGGTTACAAAATCACAAATGTCTGcaacaaattcaacaacaacaacagctaaTGCACCAATCAATTCTAacattgatataaataatga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- Protein Sequence
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Similar Transcription Factors
Sequence clustering based on sequence similarity using MMseqs2
- 100% Identity
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