Palb007328.2
Basic Information
- Insect
- Ptychoptera albimana
- Gene Symbol
- PAXBP1
- Assembly
- GCA_961205885.1
- Location
- OY540803.1:31551540-31562451[+]
Transcription Factor Domain
- TF Family
- GCFC
- Domain
- GCFC domain
- PFAM
- PF07842
- TF Group
- Unclassified Structure
- Description
- This entry describes a domain found in a number of GC-rich sequence DNA-binding factor proteins and homologues [4, 5], as well as in a number of other proteins including Tuftelin-interacting protein 11 [1]. While the function of the domain is unknown, some of the proteins it is found in are reported to be involved in pre-mRNA splicing [1, 2]. This domain is also found in Sip1, a septin interacting protein [3].
- Hmmscan Out
-
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc 1 3 1.4 6.5e+03 -3.9 1.4 60 106 119 166 108 171 0.66 2 3 0.78 3.7e+03 -3.1 0.0 123 151 412 440 410 459 0.85 3 3 4e-32 1.9e-28 99.5 0.9 2 271 699 910 698 913 0.93
Sequence Information
- Coding Sequence
- atgtcattatttcgtaaacctaaaaaacaaatacaacgTCGTGTATTTAGTGGTTATGAAGATGATGaagatattgaaaataatagtaatacattatcggataataaaaatgatttaaattataatgatagaagaaatacaaatgataaaaaaaaggatagaaaaattaaagataatttaataacaagtaGTTCTAGTAGCAGTACAACAGGCAGTAGTAATAGTAAAgttcagcagcagcaacaacaacaacagcagcaacagcaacttCAAATCCAACCAAAATCCTCATTACTTAGTTTTGATGATgaagAAGAGGGTGAAGTATTTCAAgttaaaaaatcatcacatAGTAAAAAAGTAATGCGAATGCTTGATAAAGAACGGCGTAAAAAAAAGACACGATCATCATCTGACCATCATAATCAGCAGATGCATcacgaacaacaacaacagtatcATCATCAACAGATAAACAATCAAACGgctaatgataataatggattaaatgataaaacaataagtttaaatataaaaaataatgataattatgataatgataatacaaTACAAACAGAAATACGTACAGATGATTTTGTGCTGGTTGTCAAAAAATCAGAACCTGATTCGATTATATTAAATGGACGTGCAGCCCTATGTGCcggtaaaaatgatttaacatCAGAAGATGAAGATGACTATGATGAGGATAGAGAATTAAATGATAGTAATGGTGGTTATAGTGTTAGTGGTAATAGTTCTAgtgatgtaaatataaataaaaataaaaaatcaacatcaaataaaataaaaaatccatgtGTACATAAATTCTCACATCCggataattttaaaatggttTTGGAAAGTGGAAAAATACCTGATGCTGCAATGATACATGCGGCTAGAAAAAGACGCCAGAAGGCTAGAGAAgaaggtGAATTTATAGCAATTGAAGAGCCTAAAAgtgaaacaacaaataatcggTTAGGTTTGAGTAAAACCAGTAGTCGattagatgatgatgatgattgtacggatgatgacgatgaagaGGAACGTGTCGATATGTCTAATATAACCGGTGTACGTGAACGTGAAGAACGTCgtgaaaaattcttatcaattGAGCATGATAATGCAAATAATAGTTTAGATGATGATGAGTCAGATAATGacataaataatgtttggGAGCAACAACAAATACGTAAAGGTGTTAACGGTGTACAATTAATGACATCAAATATATTACATCAACATAGCCTACATCATTTACAgcatgatttaaataataaaaaaatcttatcaacGGGACAATTATTAGATCAGGCATATGCAAAAACAAATCTATTAGAAAAAGTAGTAAAAAGTAATAGAAATCATTCGAgagatcatcatcatcatcataatcaacAGCAGCACAATAATACAAAGCTATTAGGTTCAAAAAATtcgagtaataataatagtaataccTCTGGTCCGTTAACaccaaatgatataaaaaataaattaaataaacatttagcgtatttaaatgatttacacgaaaaacataaattaaaaataaacgaaattacgAATGAATTAGGTCATATAACACTTGAAAATGAAGATAATTTAGTGAAAACACCATTGATATCAAAGAAATATCGTTTTTATCAAGAGTTACGTTGCTatgtaaatgatttaattgaatGTTTAGATGataaattaccaaaaattaatgaattagaaaagaaaacaacaaacctAATGggaaaatattcaaatttattaattgaacgACGACGACAAGATATACGGGATCAAGTAAAAGAGATGACAGATGCATCAAaaatGTCAGGTGTACAGAAAAAGATTCAAGACGACGAAGAGCATATAAGACGTACAGCGGAACGTGAAGGTAGACGCACTAGACGACGCCGTGATCGTGAGaggaataatattaatttaacacaCTTTGATGGAATGTCAAGTGATGATGAAATAACTGATCATGATctaaatcaatataaattaaatttagagcaaatagtaaacgaaaagaatattttatttgatgataCAGAAAGTGAATTTCATGATATAAATGATATTCTGATGAAGTTTATGCTGTGGCGTGAATATGATATGGATTCGTATAAAGATgcttatgttaatttatgtttacctaagATTTTAGGTCCAATAATCCGTTTGCATTTAGTGACGTGGAATCCTTTAGATGATAATTGTTTGGATCAGGATATTGAGAAGATGCCCtggtttaattcaattatgaaATATGGCTATAGTAGTAATGAAacagaagaaattttattaaatgatccAGATTTATGCTTGATACCgtctttaattgaaaaaattattttacctaaAATAACAgaaTTAATTGAGAATTATTGGGATCcattatcaacaaaacaaacattaaaattagttGGTTTAATATCCCGTTTAGGACGTGATTATCCATCAATAagatcaaaatcaaaaattttaatttcattattcacacaaatatttgataaaataaaattatcattggATAATGATGTGTTTATACCGATCTTTTTAAAACAgaTCCAAGAATCAAAATCATCATTTTTCCAAAGACAATTCAATTGTGGTTTAAAGTTATTCCGTAATATACTTAGCTGGCAAGGTATATTATCTGATAATGCATTAAAAGAATTAGctgttacattattattaaatcgttaTTTACTATCAGCAATGaggatttGTACACCAATCGATGCAATTACAAAAAGTCATACAATTGTAAATACATTACCACGTATATGGTTACAACcggataataaaacattaacaaacATGGATTTATTtgtacaattaataaaaactattgaaTTACagcttgataaaaaaaattcacatcaTTTTGTTTTTGCTAGTAATTATGTTGACGGCATAGatatTCTAATATTAGAGAacacaaaaacattattatgttttaatttatttccaataataaataatgaatataattataaaataagcgGGAGCGTTAGTGTTGGTGGACAGGCGGCTACAGAAGTTGATACACCAACGCCAGATCCATCATCGTGGCAAATTAGTGGAAACGTTTTAATACAACGTATCGATGATgagagtttattaattaaattaataattaataatttacaattaaataataaattgcgtacaatttataataatccaGTAAACGAGTTTAAGCAGCTAAATGAAacctataaaataattataatcgatGATTTAATTAAGCATATATTGATAAATGATAATGAGCCAATATGGTCGGCAAATATAAAACGTGCTGTTGCTGCGTTGTTACAAGTGCAAGGTGATAAAACTGGTGCATTTGTTGCGAATGAGgCAGGTATAAATGGTGTCTGCAATACAGAAtattatataacaaataaaactgatTATTTAAGTGTAAGAAAAACACCTGAATTGGACACATGTTCACCACATCGTGGTGGAATACATTTAATGCGTAGTAACGTACCGACAAATCTATGCAACACAGAATcacagCGCAATGTTGTGGTGGGTAATGAAGTGGTTTACGAATTACGACCCCATGAAATATTTGGATATAATATGTATCGTGCTCAAGCAAATGGATTAGTAATGGTTCACACATTTGAATCAACTGGAGAAGCTCAATACGTTACATCGgaaTTACAAATGATATTTGTGGAGGAAATTAAAGCAacagaaaaactaattatgGACATAAATGGACAACAGTCACCTTCTACACTAGAATTTGTTCAACCAATACAAGATCAAACTGGTGGACGTTTTCCAATACCAACAGAGAAAATAGTTGAGCGGGCACGAAGCTTACTGAATTCAGTTGCAGATAGCTTGGAGAATCCAAATTTACGTTTCGACGAACCGTATGATGATACAATATCTGAAATTATACGTGCCATGGGCATGATGAATCTTGATTCACTACAaaaaCTTTACAAAGAAATAGATATTGGAACGTCGTACCGTCAAGAAACCGCTCGGAATATATTTTTGGAAATCTTACCAAGGATTGGTAATAAATATGCGATTTTGTTAATTCGTGACTTGGTGATCAATCGTCATGTTAGACCAACAACCGCCGTGCAACTGTTAATAGCAATGCCTTTTTATATTTCGGAATCTAGTCAAGAACTAGTGAAAGATTGTGAAAGTTTATTGTCATTAGGCCCGGATCGGCCTGATGTACGTCATGCCGCTGTTTTAAGTTATTCGATTTTAATCCATCAAACGTTTGTATCGCGACAGATGAGCAAAGATTTGTTTGAACGTTACGTGAAGCGATTCTTTGATATGTTCCTGGAGAGTTATGACTACGAACAACAGTTACTGTATTTACAGGCATTGGGAAATTTACAACTGGGTAATGTCATTGATTATTTGGATCcgattattaaagaaaatgatcCTCTGAAAACTGATATACGATCCGTTGCTATTTGGGTGACAATGAATTTAGTTCATACGAGACCACAAAAGTCCTTTGAATTATATTGGCCAATATTTGAGAATCGTTTAAATCCCCTGGAGCTTCGTGTCGCCGCATTCATAATGCTGTTAATATCGAATCCCACACCAACGCGGTTAATAAGCATTCATCGAATAATCCAAAATGAAACGAGTTTGcatatgattaatttttatcggaCAACTGTGCTTAgtttatcaacaacaacatatcCGTGTTATCAATATTTAAGACGTTTATTACCGTATATGTTAAGACATCTACCAAAAGCACCATCTGCCCGGTACTGGGTAACTGGAACGTACATGCTCGATTACAAGGATACAAAATACGGATTGGGTGCAATGTTACAATCGATGTTAATCGGTGATGAGAAAAATGATTTGCCAAGTGTTATCTACTTTAAATTTGATACAGAAGCGTTAGGAAAATACACTGGCCAATATGCTGTTTATATTAAAGTGCGTGGATTATCTGA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- Protein Sequence
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Sequence clustering based on sequence similarity using MMseqs2
- 100% Identity
- iTF_01276949;
- 90% Identity
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- 80% Identity
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