Ofri013532.2


Basic Information
Transcription Factor Domain
Sequence Information
Similer Transcription Factors

Basic Information

Insect
Ornithomya fringillina
Gene Symbol
-
Assembly
GCA_963978525.1
Location
OZ021693.1:23060329-23071702[+]

Transcription Factor Domain

TF Family
zf-GAGA
Domain
zf-GAGA domain
PFAM
PF09237
TF Group
Zinc-Coordinating Group
Description
Members of this family bind to a 5'-GAGAG-3' DNA consensus binding site, and contain a Cys2-His2 zinc finger core as well as an N-terminal extension containing two highly basic regions. The zinc finger core binds in the DNA major groove and recognises the first three GAG bases of the consensus in a manner similar to that seen in other classical zinc finger-DNA complexes. The second basic region forms a helix that interacts in the major groove recognising the last G of the consensus, while the first basic region wraps around the DNA in the minor groove and recognises the A in the fourth position of the consensus sequence [1].
Hmmscan Out
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc
1 52 2.6 1.7e+04 -3.9 0.1 25 47 80 102 77 103 0.73
2 52 0.34 2.2e+03 -1.0 0.1 25 48 130 153 126 157 0.86
3 52 0.4 2.5e+03 -1.2 0.1 25 48 178 201 174 203 0.85
4 52 0.19 1.2e+03 -0.2 0.1 26 48 312 334 307 340 0.89
5 52 1.6 1e+04 -3.2 0.1 26 48 360 382 355 383 0.79
6 52 0.23 1.5e+03 -0.5 0.0 25 48 409 432 386 452 0.88
7 52 0.31 1.9e+03 -0.9 0.1 25 48 507 530 503 536 0.87
8 52 0.0044 28 5.0 0.1 25 48 555 578 542 582 0.90
9 52 0.52 3.3e+03 -1.6 0.0 26 49 581 604 577 606 0.87
10 52 0.43 2.8e+03 -1.4 0.1 26 48 606 628 598 630 0.87
11 52 0.32 2e+03 -0.9 0.0 26 48 758 780 754 783 0.89
12 52 0.037 2.3e+02 2.1 0.0 26 48 783 805 777 808 0.89
13 52 0.041 2.6e+02 1.9 0.0 26 48 808 830 804 833 0.89
14 52 0.039 2.5e+02 2.0 0.0 26 48 833 855 828 858 0.89
15 52 0.044 2.8e+02 1.8 0.0 26 48 858 880 855 883 0.90
16 52 0.041 2.6e+02 1.9 0.0 26 48 883 905 879 908 0.89
17 52 0.041 2.6e+02 1.9 0.0 26 48 908 930 904 933 0.89
18 52 0.044 2.8e+02 1.8 0.0 26 48 933 955 930 958 0.90
19 52 0.037 2.3e+02 2.1 0.0 26 48 958 980 952 983 0.89
20 52 0.039 2.5e+02 2.0 0.0 26 48 983 1005 978 1008 0.89
21 52 0.051 3.2e+02 1.6 0.0 26 48 1008 1030 1004 1033 0.89
22 52 0.042 2.7e+02 1.9 0.0 26 48 1033 1055 1028 1057 0.89
23 52 0.0011 6.7 7.0 0.2 25 48 1106 1129 1098 1132 0.91
24 52 0.57 3.6e+03 -1.7 0.0 27 49 1133 1155 1130 1157 0.87
25 52 2.2 1.4e+04 -3.6 0.0 26 48 1181 1203 1177 1206 0.79
26 52 0.0031 20 5.5 0.1 26 49 1232 1255 1226 1279 0.93
27 52 0.00015 0.97 9.7 0.3 26 49 1308 1331 1303 1336 0.91
28 52 0.0035 22 5.3 0.0 26 49 1384 1407 1379 1413 0.91
29 52 0.0036 23 5.3 0.2 26 49 1460 1483 1455 1488 0.90
30 52 0.0036 23 5.3 0.2 26 49 1536 1559 1531 1564 0.90
31 52 0.0035 22 5.3 0.0 26 49 1612 1635 1607 1641 0.91
32 52 0.0036 23 5.3 0.2 26 49 1688 1711 1683 1716 0.90
33 52 0.0039 25 5.2 0.2 26 49 1764 1787 1758 1811 0.93
34 52 0.0036 23 5.3 0.2 26 49 1840 1863 1835 1868 0.90
35 52 0.0039 25 5.2 0.2 26 49 1916 1939 1910 1963 0.93
36 52 0.0041 26 5.1 0.4 26 49 1992 2015 1987 2022 0.90
37 52 0.25 1.6e+03 -0.6 0.0 26 48 2068 2090 2064 2092 0.86
38 52 0.018 1.2e+02 3.0 0.0 26 48 2093 2115 2088 2120 0.82
39 52 0.014 90 3.4 0.2 26 48 2144 2166 2139 2170 0.85
40 52 0.96 6.1e+03 -2.5 0.0 25 30 2407 2412 2383 2430 0.54
41 52 2.9 1.9e+04 -4.0 0.0 26 48 2457 2479 2454 2479 0.76
42 52 0.0014 8.7 6.6 0.5 25 48 2505 2528 2500 2532 0.92
43 52 0.57 3.6e+03 -1.7 0.0 27 49 2532 2554 2529 2556 0.87
44 52 2.2 1.4e+04 -3.6 0.0 26 48 2580 2602 2576 2605 0.79
45 52 0.24 1.5e+03 -0.5 0.0 26 48 2631 2653 2627 2656 0.87
46 52 0.035 2.2e+02 2.1 0.1 26 43 2656 2673 2649 2682 0.78
47 52 0.24 1.5e+03 -0.5 0.0 26 48 2707 2729 2703 2732 0.87
48 52 0.053 3.4e+02 1.6 0.1 26 48 2732 2754 2726 2758 0.81
49 52 0.0032 21 5.4 0.1 26 49 2783 2806 2778 2811 0.90
50 52 0.26 1.7e+03 -0.7 0.1 26 48 2808 2830 2802 2831 0.86
51 52 0.77 4.9e+03 -2.2 0.1 29 48 3056 3075 3048 3100 0.68
52 52 1.1 6.8e+03 -2.6 0.3 25 48 3175 3198 3167 3207 0.69

Sequence Information

Coding Sequence
ATGGTTTACCATGGcacaatttgtacaaaatgtgaTATCGAGTTTACCAATGATGAAGCCTTGGCGCAACATACACGAgctaaacataataaaatatgtttgcattgtaatcaaatttttgtcgatagaGATACCTTGGCTAATCACGCTAAGGATAATAATCTTGCTATTTGTTCGAAATGTGATGATATCTACTCTAATAAGGCTGACTTAGAAAATCACTTCAAGGATAAACATCCGACTTGTCCAAATTGTAAGCGCACCTTCGTTCATAAAGATGCCTTAGATAATCACTTGAGAGATAAACATAAAGACACAATTTGTTCGAAGTGTGATGCTCTCTTCTTCAATACGGAGGACTTAGAAAATCACTTCAAGGATACACATCCGACTTGTCCATGTTGTAATGTCAGCTTCATTGATAAAGATGCTTTAACTAGTCACATGGAGGCGgaacataaaaattgtacgAAGTGTGATGCTGTCTTCTTCAATACGGATGAATTAGAAAATCACTTCAAGGATACGCATCCGACTTGTCCATGTTGTAAGCGCATCTTCGTTCATAAAGGTGCCTTAGATAATCACTTGAGAGATAAACATACAGACACAATTTGTTCGAATTGTCCAAATTGTAACCGCATTTTTGTTCGTAAAGATGCCTTATATAATCACTTGAGAGATGAACATAAATACACAATTTGTTCGAATTGTCCAAATTGTAACCGCATTTTTGTTCGTAAAGATGTCTTAGATAATCACTTAAAAGATGAACATACAGACATAATTTGTACGAATTGTCCAAATTGTAACCGCATTTTTGTTCGTAAAGATGCCTTATATAATCACTTGAGAGATGAACATAAATGCATAATTTGTTCTAAATGTGATGCTGTTTTCTTCAATACGGAGGACTTCAAGGATACACATCCGACTTGTCCATATTGTAATGTCAGCTTCATTGATAAAGATGCTTTAACTAGTCACATGGAGGcgaaacataaaaattgtacgAAGTGTGATGCTGTCTTCTTCAATACGGAAGACTTAGATAATCACTTCAAGAATACACATCCAACTTGTCCAAATTGTATGCGCACCTTCGTTCATAAAGATGCCTTAGATAATCATTTGAGAGATAAACATAAAGACACAATTTGTTCGAAGTGTGATGCTGTCTTCTTCAATACGGAGGACTTAGAAAATCACTTCAAGGATACACATCCGACTTGTCCATGTTGTAATGTCAGCTTCATTGATAAAGATGCTTTAACTAGTCACATGGAGACGgaacataaaaattgtacgAAGTGTGATGCTGTCTTCTTCAATACGGAAGACTTAGATAATCACTTCAAGAATACACATCCAACTTGTCCAAATTGTAAGCGCACCTTCGTTCATAAAGATGCCTTAGATAATCACTTCAGAGATAAACATAAAGACACAATTTGTTCGAAGTGTGATGTTGTCTTCTTCAATACGGAGGACTTAGAAAATCACTTCAAGGATACACATCCGACTTGTCCATGTTGTAATGTCAGCTTCATTGACAAAGATGCTTTAACTAGTCACATGGAGACGgaacataaaaattgtacgAAGTGTGATGCTGTCTTCTTCAATACGGAAGACTTAGATAAACACTTCAAGGATAAACATCCGACTTGTCCAATTTGTAAATGCATCTTTATTGATGGGATCGCTTTGACTTATCACATGGAGGCAAAACATAAAGAAATTTGCATAATTTGTAATGCTGTATTCTTCAGTTGGGATCAATTGGCTGACCATATGAAAGCTAAGCACCTTGAAATTTGTCCAGATTGTAATGCGATCTTTATCAACATGGATGCTCTAAATAGACACAGAAAAGATAAACATAAAGAAATATGTACCACTTGTAATGCTGTCTTTAATCATAAGGATGCCTTAGATAATCACATAAAGCGTAAACGAAATTGTGAAATGTATCCAGATTGTAAATCCGTCTTACATAATAAAGACGACTTGTTTAGTCATATAAAAGCTAAACGCCTTTGGATGTTGAAAAATTGTGGCGCCGTCTTCATCAGCGAGGATGCCTTAGCTCAACATATAAAAGCTAAGCACCACGAAATATGTCCATATTGTAATGGGTTCTTTTTCAACATGGACGCTCTAAATAGACACAGAAAAGATAAACATAATGATATAAGAACTCCTTGTAATGCGGCCTTTAGTGATAAGGATGCCTTAGGTAATGACATAAAGGATAAACGTAATTGTGAAATGTGTCCAGATTGTGATGCCGTATTCCTCCACAAGAATGACTTAGTTAATCACATAAAAGATAAGCACCATGAAATGTGTCCAGATTGTTATGGCGTATTCAACCACAAGGATGACCTAGTTAATCACATAAAAGATAAGCACCATGAAATGTGTCCAGATTGTTATGGCGTATTCAACCACAAGGATGACCTAGTTAATCACATAAAAGATAAGCACCATGAAATGTGTCCAGATTGTTATGGCGTATTCAACCACAAGGATGACCTAGTTAATCACATAAAAGATAAGCACCATGAAATGTGTCCAGATTGTTATGGCGTATTCAACCACAAGGATGACCTAGTTAATCACATAAAAGATAAGCACCATGAAATGTGTCCAGATTGTTATGGCGTATTCAACCACAAGGATGACCTAGTTAATCACATAAAAGATAAGCACCATGAAATGTGTCCAGATTGTTATGGCGTATTCAACCACAAGGATGACCTAGTTAATCACATAAAAGATAAGCACCATGAAATGTGTCCAGATTGTTATGGCGTATTCAACCACAAGGATGACCTAGTTAATCACATAAAAGATAAGCACCATGAAATGTGTCCAGATTGTTATGGCGTATTCAACCACAAGGATGACCTAGTTAATCACATAAAAGATAAGCACCATGAAATGTGTCCAGATTGTTATGGCGTATTCAACCACAAGGATGACCTAGTTAATCACATAAAAGATAAGCACCATGAAATGTGTCCAGATTGTTATGGCGTATTCAACCACAAGGGTGACCTAGTTAATCACATAAAAGATAAGCACCATGAAATGTGTCCAGATTGTTATGGCGTATTCAACCACAAGGAAGACCTAGTTAATCACATAAAAGATAAACATAATGATATAAGAACTCCTTGTAATGTCAGCTTCATTCATAAAGAATCTTTAACTAGTCACCTGGAGGcggaacataaaaaaatttgtgttaTGTGTGATGCTGCCTTCTTCAATAAGGATGACTTAGATAAACACTTCAAGGATAAACATCCGACTTGTCCAATTTGTAAATGCATCTTTATTGATGGGATCGCTTTGACTTATCACATGGAGGCAAGAcataaagaaatttgtataatttgtaaTGCTGTATTCTTCAGTTGGGATCAATTGGCTGACCATATGAAAGCTAAGCATCTTGAAATGTGTCCATATTGTAATGTATTCCTCCACAAGGATGACTTGGTTAATCACATGAAAGCTAAACACCACGAAATCTGTCCAGATTGTAATGCGATTTTTAACAGCATGGATGCTCTAAATAGTCACAGAAAAGATAAACATAATGATAAAAGGACTCCTTGTAATGCGGCCTTTAGTGATAAGGATGCCTTAGGTAATGACATAAACGATAAACGTAATTGTGAAATGTGTCCAGATTGTTATGCCGTATTCCTCCGCAAGGATGACTTGGTTAATCACATGAAAGCTAAACACCACGAAATGTGTCCAGATTGTAATGCGATCTTTAACAGCATGGATGCTCTAAATAGTCACAGAAAAGATAAACATAATGATAAAAGGACTCCTTGTAATGCAGCCTTTAGTGATAAGGATGCCTTAGGTAATGACATAAAGGATAAACGTAATTGTGAAATGTGTCCAGATTGTTATGCCGTATTCCGCCGCAAGGATGACTTGGTTAATCACATGAAAGCTAAACACCACGAAATCTGTCCAGATTGTAATGCGATCTTCAACAGCATGGATGCTCTAAATAGTCACAGAATAGATAAACATAATGATATAAGGACTCCTTGTAATGCAGCCTTTAGTGATAAGGATGCCTTAGGTAATGACATAAAGGATAAACGTAAATATGAAATGTGTCCAGATTGTTATGCCGTATTCCTCCGCAAGGATGACTTGGTTAATCACATGAAAGCTAAACACCACGAAATCTGTCCAGATTGTAATGCGATCTTTAACAGCACGGATGCTCTAAATAGTCACAGAAAAGATAAACATAGTGATAAAAGGACTCCTTGTAATGCGGCCTTTAGTGATAAGGACGCCTTAGGTAATGACATAAAGGATAAACGTAATTGTGAAATGTGTCCAGATTGTTATGCCGTATTCCTCCGCAAGGATGACTTGGTTAATCACATGAAAGCTAAACACCACGAAATCTGTCCAGATTGTAATGCGATCTTTAACAGCATGGATGCTCTAAATAGTCACAGAATAGATAAACATAATGATATAAGGACTCCTTGTAATGCAGCCTTTGGTGATAAGGATGCCTTAGGTAATGACATAAAGGATAAACGTAATTGTGAAATGTGTCCAGATTGTTATGCCGTATTCCTCCGCAAGGATGACTTGGTTAATCACATGAAAGCTAAACACCACGAAATCTGTCCAGATTGTAATGCGATCTTTAACAGCATGGATGCTCTAAATAGTCACAGAATAGATAAACATAATGATATAAGGACTCCTTGTAATGCAGCCTTTGGTGATAAGGATGCCTTAGGTAATGACATAAAGGATAAACGTAAATATGAAATGTGTCCAGATTGTTATGCCGTATTCCTCCGCAAGGATGACTTGGTTAATCACATGAAAGCTAAACACCACGAAATCTGTCCAGATTGTAATGCGATCTTTAACAGCACGGATGCTCTAAATAGTCACAGAAAAGATAAACATAGTGATAAAAGGACTCCTTGTAA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Protein Sequence
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