Eliv011627.2
Basic Information
- Insect
- Empis livida
- Gene Symbol
- -
- Assembly
- GCA_963932195.1
- Location
- OZ010647.1:52804781-52810099[-]
Transcription Factor Domain
- TF Family
- HTH
- Domain
- HTH_psq domain
- PFAM
- PF05225
- TF Group
- Helix-turn-helix
- Description
- This DNA-binding motif is found in four copies in the pipsqueak protein of Drosophila melanogaster [1]. In pipsqueak this domain binds to GAGA sequence [1].
- Hmmscan Out
-
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc 1 7 0.00094 1.6 8.7 0.0 3 28 1003 1028 1001 1039 0.86 2 7 5.2e-05 0.087 12.7 0.0 2 37 1103 1138 1102 1142 0.92 3 7 1.9e-07 0.00032 20.5 0.0 3 39 1280 1316 1280 1319 0.94 4 7 0.0072 12 5.8 0.0 4 27 1353 1376 1352 1386 0.88 5 7 5.9e-06 0.0098 15.7 0.0 3 37 1472 1506 1470 1512 0.90 6 7 1e-06 0.0017 18.2 0.0 3 39 1641 1677 1639 1681 0.93 7 7 1.8e-06 0.003 17.4 0.0 2 35 1707 1741 1706 1747 0.90
Sequence Information
- Coding Sequence
- atgataaataataatgtaaaacgTGAAATTGATATTGATTTTGAAGATGAAAGATTAGATataaaagatgaaaattatCATTCTAAATGTGGTGAAATATTTGTATCAAAAGATAaagaatttacattttattgcagTATTTGTAatgagaattttttaaattttaatttgttctcTGAACATGTTCTGTATGATCAGAATCATGCAAatcaattagtttttttgaataattgtaCAAATGcaaatagtaattttactGCAGCATCATTAGCACTGCCATCTTCATCGGTTACACTTGCAAATAATCCATTCAGGGATTATCCAAACTGTGAAAGTATTGTCAAAACAGAATTAACAATTGATGACAAATATGATTATTGTGAAGAAAaatcatcaaatatttttgttgatgaaATGTTGGAAGTTATATCAGCACCGCCAGCTGGATCGTATCAAAGTGCTGAATTTAATGAACAAACTgaattttgtgaattaaatGAAGAACCAATAATATTAGCAAATTTACGAGAAGAAATTATGCAAGaggaaatttcaaataattcaacagGGAGTAACAATTATGCTGGTTTTCATAAATGTAATTTCtgtgaaaaagaattttcaagagcatggaatttaaatattcatttgaaacgttgtaaattaaatgtagaaaaaattgaatatccACAATTATATAAGCCAGATTCAGCAGCTATTAAAATCATGTGTCCAATATGTAAAATGTCATTTCAGCGtgaagttaatttaaattttcatttaaaaaaatatcataaaaatactgTATGGGCTCACACGGAGGAAAGTCTTTTAAAATGTGACCTGTGCAATACTTCTTTTAAACGACGCGAATATCTAAGGAAACACATTAAAAGGCATATGGCTAAACATCGGAAGCAACAATTTATACCAAATCCTATTGCATCTGATTATAAATTGGAATGTAAatcatgtaatttaaaatttgatgaagAATATCAGTTATTTGCACATAAAACTACACACTTATATACAGAATCAAATGAATGGGATCCAAAAATTTCAGCTTCTAGTACACCTATGACttatgataataatgaaaaaaatccaTTCGAATTTATCGATGAATCTACATTTAAAGAAACAAATCAACAATTCAAATGCGAAAAATGTGATGGGTCTTATGATAATGAGGAATCACTAAAAATGCataattgtattaatatatttgacaGGCCTCATCAATGTTTATCATGTAATAGAAGCTTTATGTAtcaatcttatttaaaaagacATATGAAGAGATGTGCTATGAAGaatatgattaataaattggacaataaaaatgattacttTGATAGATTTGATAAATATGAGGAAAGTTCGATTAAAAATACCTTTCATTCCATTCCATCAACTGATAATATACAGTTACCTACTGCACCAATTTCATCAACAATAAATTCACAACAAAAACGTAAGGCAAgtggtaatttattattaaaattatttaaatgtaaattttgtaaaaaagtcTTTAgattgaaaatcaatttacaaaatcatttaagtattcatttaaaaagccaaaataaaagtattataactgaaaatatgacaacaataaataaacttcAATTGACACCGCCatcattaaaatgtaaaatttgtggCCGCaaatttaaacagaaaatttctttaatgatACACGAACGTGGCCATTCTGATGATAAACCATATGAATGTGATTTATGTCAATTGAAGTTTTATTCAcaaggatatttaaattttcatcaaaagagtatacataaaatattgtcagttggtaataaatcatttaattgtgaaatatgtagtaacaaatttttaaacagatcacttttaaatatacatatgaaTAAAATACATGGAACAGATGAAGTTAAAAAACTTTCAAGTGAACAATCTACTTCGTCATTTCCAGTAGAATTTACAAATTTCGGTGAAAATCTAACACAACTGTCATCAAGTAAAATAATTCCTGTAAACATTTCAAATGAAACAACAAGGACATCATATAAATGTCGCTTTTGTCCAAAACTTATAAATCGGCgtactaatttaataattcatgaACGTATTCATTTGGGTCAACGTCCCCATTCGtgtgaaatatgtaaaaaaacatttccatCAATTAGTTATGTTAAATTGCATAAGAAAAATGCTCATAATATCATGCTACCACGAATTCAATATCAATGTAAATATTGTCCGAAAATTACTACAACTGAATATTTTCTAACTTTACATATTAACAATTCCCATCGTGATGAATGTCCACATGAATGTAACAGTTGTTTAAAAAGATTTGAACTTATTGATGACATGAATATGCATTGTAAAATTGAACATTCAACATTGAATCGTGTTGAAAACATTACATCACATGAAATTTCTGAAACCAGTGAAGATAAATTAAAGGtaaataatgatgaaaatatattaaagtgtAGATTTTGTtcgaaaagttttaataatttatataaattgaatattcatCAACGTAATCATCATAATGGTGAAAAAccatattattgtaatttgtgtgataaaaatttttcatgtgCTCCATATTTATGGAAACATAATCAATTTTGGCAcaaagaaaaaacaacaacatcgaaatcttcaaaaatattttcacctAATTCAAGTAAGACAAATAATCAGCCAGAAAATGATTTAACAACATCGACTACAAAATCGAAAACTTCAAAagaagattattatttatatgttcaTTCTTGTGAGATTTGcggtaaaaaatttaaaaaaattgcttatCTAAAAATGCATGTGGCTAAACATACTGATGCttttaaatgtgaaatttGTGGGAAACGTTGTTCGAGTtcacataatttaaatgttcacCAACAAATCCATGTCAATGATAAATTGAATTCATCAAACACAAAATCTGATAAAACTGATATTAGTGTGGCTACAAAAACGGAAATATCGGATAATTTATCAAAAGCTGTTAATTCatgtataaaaaacaaaatgagtATTATAGGTGCTTCGAAATTTTACAATCTTGATTTTAGGATGTTGTACAAAAATGTGGCGATAAAACGAAAAgaattgaatgaaaaattaaatataaataacgcAAAACCATGTGACACTAATGAGATAACATCTTCTATTGTTGGAATTTCCACGACAAATAAGTTCTTTACAAATCGTAaacgaatttataaaaaacgaGCTTCAGCAGCTCtagaaaattcgaaatttcgaCAAGAAGGTACAAAAGAAAGAGATGCATTAATTAAAGCTGTTCGATTATATGAAGCCGGAGAATTATCACAAGCTCAAGTAgcaaaatcttttaatatttctgttgCTTCATTGTGCCGTCATATGAGCACAGTGCCACGAATTGATGATACACAAGAAATAATATCATCAAATAAGATAAGTAATAGTATAGtcgaaattaataatgaaaaatcaataaaagttCCAACAGATTTAAGTACATGGTTTACAGAAAATTCTTCAAACTCAGACAATGAAGATATTGAAATCGGCGAAGTTATGAAAGCACAAGAATGTTTcggaaatgtaaataaatccGAAAACATGGACTTCAAAgaaattcgaaaaattttatCGCAACCATCAAAAACTCTTACCACAATTAATATCGATAACAATTTggagaaatttaatgaagacAAAATGAATATTGATTATCAAATTGGATCAGATTACGGCAAATCAGAAAAAGATATAgatgattataaatttgacaATCAACAAAATAGTGTACGGCGACAtccaattgaaaaaatatctaaGGCAGTGGAAGAATACAAAAAAGGGGGTGTATCACAAAGTAAAATTTGtgaaacttataaaatttctctATCAACATTGAAACGTCACTtgaaaaaatcgaaaaaaataaatttgccaCACATTTATGCAATGTCTCCGATGATTAGAACAAATCAACAAGATGACCAAGCGACCacaatacaaaatgaaattaatccttctaataatttaataaaagcaGTTAATTCTTGTCTTAAGAATAAAATGAGTATTATTGGAGCTTCTAAATTTTACAACTTAGATTTTAAGATGCTCTATAAAAATGTAGCAATAAAACGTAGagaattaatagaaaaattaaatcaaaataatatattatgtgaaaaagaaaatccaatattaaattatgaacaaaatttatttaatgatggTCAATTTTCTAGTAACATAAAAACTtctattttatcaaattcacAATCATCATCCATGAAATTGTTGTATAATcgtaaaaggaaatttaaaaaacgagTACCGTTTGCATTaggaaattcaaaatttcgtCAAGAAGGAACTGCCGAAAGAGCAGCATTACTTAATGCTGTTCGATTATACAGAAGTGGTGAAATGTCCCAAGTAAAAGCAgcaaaattttgcaatatatCTTTGGCAACATTATGTCGCCATATGAGTAGTGTACCAAAACTGGATGAAATTAAACAGTATGAATCATTAGAAGCTAGAAACAACGATGTGccaataaatattgaaaaagattATAATTGGCCAAATACTgctaatcaaaatatttatacaaatgaaaattatgataatataaaaactaatataagtGAAAAAGCAGCagaatattttgacaattcaaataaaaaaaatacaaatattgatttaaatgaaattttaaatcgtCCGTCAACGTTTTCTTCTTCAacaattgaatataataaagatGATGGACAATTTGATTCATTTTCTATGCATGAATTTGCTGAACATTCTGCATTTTTTTCATCTGATGATCAATTATCTTCATCTAAAATGGATAAAACTGTTGAATTACAAAGATgttcaattgaaaaaatttcaaaagctgtagaagaatataaaaaaggtGGCGTATCACaaagtaaaatatgtaaaacatATAGAATGTC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- Protein Sequence
- MINNNVKREIDIDFEDERLDIKDENYHSKCGEIFVSKDKEFTFYCSICNENFLNFNLFSEHVLYDQNHANQLVFLNNCTNANSNFTAASLALPSSSVTLANNPFRDYPNCESIVKTELTIDDKYDYCEEKSSNIFVDEMLEVISAPPAGSYQSAEFNEQTEFCELNEEPIILANLREEIMQEEISNNSTGSNNYAGFHKCNFCEKEFSRAWNLNIHLKRCKLNVEKIEYPQLYKPDSAAIKIMCPICKMSFQREVNLNFHLKKYHKNTVWAHTEESLLKCDLCNTSFKRREYLRKHIKRHMAKHRKQQFIPNPIASDYKLECKSCNLKFDEEYQLFAHKTTHLYTESNEWDPKISASSTPMTYDNNEKNPFEFIDESTFKETNQQFKCEKCDGSYDNEESLKMHNCINIFDRPHQCLSCNRSFMYQSYLKRHMKRCAMKNMINKLDNKNDYFDRFDKYEESSIKNTFHSIPSTDNIQLPTAPISSTINSQQKRKASGNLLLKLFKCKFCKKVFRLKINLQNHLSIHLKSQNKSIITENMTTINKLQLTPPSLKCKICGRKFKQKISLMIHERGHSDDKPYECDLCQLKFYSQGYLNFHQKSIHKILSVGNKSFNCEICSNKFLNRSLLNIHMNKIHGTDEVKKLSSEQSTSSFPVEFTNFGENLTQLSSSKIIPVNISNETTRTSYKCRFCPKLINRRTNLIIHERIHLGQRPHSCEICKKTFPSISYVKLHKKNAHNIMLPRIQYQCKYCPKITTTEYFLTLHINNSHRDECPHECNSCLKRFELIDDMNMHCKIEHSTLNRVENITSHEISETSEDKLKVNNDENILKCRFCSKSFNNLYKLNIHQRNHHNGEKPYYCNLCDKNFSCAPYLWKHNQFWHKEKTTTSKSSKIFSPNSSKTNNQPENDLTTSTTKSKTSKEDYYLYVHSCEICGKKFKKIAYLKMHVAKHTDAFKCEICGKRCSSSHNLNVHQQIHVNDKLNSSNTKSDKTDISVATKTEISDNLSKAVNSCIKNKMSIIGASKFYNLDFRMLYKNVAIKRKELNEKLNINNAKPCDTNEITSSIVGISTTNKFFTNRKRIYKKRASAALENSKFRQEGTKERDALIKAVRLYEAGELSQAQVAKSFNISVASLCRHMSTVPRIDDTQEIISSNKISNSIVEINNEKSIKVPTDLSTWFTENSSNSDNEDIEIGEVMKAQECFGNVNKSENMDFKEIRKILSQPSKTLTTINIDNNLEKFNEDKMNIDYQIGSDYGKSEKDIDDYKFDNQQNSVRRHPIEKISKAVEEYKKGGVSQSKICETYKISLSTLKRHLKKSKKINLPHIYAMSPMIRTNQQDDQATTIQNEINPSNNLIKAVNSCLKNKMSIIGASKFYNLDFKMLYKNVAIKRRELIEKLNQNNILCEKENPILNYEQNLFNDGQFSSNIKTSILSNSQSSSMKLLYNRKRKFKKRVPFALGNSKFRQEGTAERAALLNAVRLYRSGEMSQVKAAKFCNISLATLCRHMSSVPKLDEIKQYESLEARNNDVPINIEKDYNWPNTANQNIYTNENYDNIKTNISEKAAEYFDNSNKKNTNIDLNEILNRPSTFSSSTIEYNKDDGQFDSFSMHEFAEHSAFFSSDDQLSSSKMDKTVELQRCSIEKISKAVEEYKKGGVSQSKICKTYRMSLSTLQRYLKDETKAISPTYKQPLPTTSTISTLNIEKNFNDENLLKAIFAVRNEGLSHFDAANAHNVSVSALYLSLTRNEDNQ
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Sequence clustering based on sequence similarity using MMseqs2
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- iTF_00643464;
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- iTF_00643464;
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