Cbeh022618.1


Basic Information
Transcription Factor Domain
Sequence Information
Similer Transcription Factors

Basic Information

Insect
Colias behrii
Gene Symbol
Noc3
Assembly
GCA_029959075.1
Location
JARWMB010000021.1:1355077-1387038[-]

Transcription Factor Domain

TF Family
SRF
Domain
SRF domain
PFAM
PF00319
TF Group
Helix-turn-helix
Description
Serum response factor (SRF) is a ubiquitous nuclear protein important for cell proliferation and differentiation. SRF function is essential for transcriptional regulation of numerous growth-factor-inducible genes, such as c-fos oncogene and muscle-specific actin genes. A core domain of around 90 amino acids is sufficient for the activities of DNA-binding, dimerisation and interaction with accessory factors. Within the core is a DNA-binding region, designated the MADS box [2], that is highly similar to many eukaryotic regulatory proteins: among these are MCM1, the regulator of cell type-specific genes in fission yeast; DSRF, a Drosophila trachea development factor; the MEF2 family of myocyte-specific enhancer factors; and the Agamous and Deficiens families of plant homeotic proteins. In SRF, the MADS box has been shown to be involved in DNA-binding and dimerisation [1]. Proteins belonging to the MADS family function as dimers, the primary DNA-binding element of which is an anti-parallel coiled coil of two amphipathic α-helices, one from each subunit. The DNA wraps around the coiled coil allowing the basic N-termini of the helices to fit into the DNA major groove. The chain extending from the helix N-termini reaches over the DNA backbone and penetrates into the minor groove. A 4-stranded, anti-parallel β-sheet packs against the coiled-coil face opposite the DNA and is the central element of the dimerisation interface. The MADS-box domain is commonly found associated with K-box region see (IPR002487).
Hmmscan Out
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc
1 105 1.4 1.2e+04 -3.3 0.0 11 19 624 632 623 633 0.88
2 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 663 672 662 674 0.92
3 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 703 712 702 714 0.92
4 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 743 752 742 754 0.92
5 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 783 792 782 794 0.92
6 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 823 832 822 834 0.92
7 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 863 872 862 874 0.92
8 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 903 912 902 914 0.92
9 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 943 952 942 954 0.92
10 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 983 992 982 994 0.92
11 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1023 1032 1022 1034 0.92
12 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1063 1072 1062 1074 0.92
13 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1103 1112 1102 1114 0.92
14 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1143 1152 1142 1154 0.92
15 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1183 1192 1182 1194 0.92
16 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1223 1232 1222 1234 0.92
17 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1263 1272 1262 1274 0.92
18 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1303 1312 1302 1314 0.92
19 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1343 1352 1342 1354 0.92
20 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1383 1392 1382 1394 0.92
21 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1423 1432 1422 1434 0.92
22 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1463 1472 1462 1474 0.92
23 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1503 1512 1502 1514 0.92
24 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1543 1552 1542 1554 0.92
25 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1583 1592 1582 1594 0.92
26 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1623 1632 1622 1634 0.92
27 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1663 1672 1662 1674 0.92
28 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1703 1712 1702 1714 0.92
29 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1743 1752 1742 1754 0.92
30 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1783 1792 1782 1794 0.92
31 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1823 1832 1822 1834 0.92
32 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1863 1872 1862 1874 0.92
33 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1903 1912 1902 1914 0.92
34 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1943 1952 1942 1954 0.92
35 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 1983 1992 1982 1994 0.92
36 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2023 2032 2022 2034 0.92
37 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2063 2072 2062 2074 0.92
38 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2103 2112 2102 2114 0.92
39 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2143 2152 2142 2154 0.92
40 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2183 2192 2182 2194 0.92
41 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2223 2232 2222 2234 0.92
42 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2263 2272 2262 2274 0.92
43 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2303 2312 2302 2314 0.92
44 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2343 2352 2342 2354 0.92
45 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2383 2392 2382 2394 0.92
46 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2423 2432 2422 2434 0.92
47 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2463 2472 2462 2474 0.92
48 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2503 2512 2502 2514 0.92
49 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2543 2552 2542 2554 0.92
50 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2583 2592 2582 2594 0.92
51 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2623 2632 2622 2634 0.92
52 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2663 2672 2662 2674 0.92
53 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2703 2712 2702 2714 0.92
54 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2743 2752 2742 2754 0.92
55 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2783 2792 2782 2794 0.92
56 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2823 2832 2822 2834 0.92
57 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2863 2872 2862 2874 0.92
58 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2903 2912 2902 2914 0.92
59 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2943 2952 2942 2954 0.92
60 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 2983 2992 2982 2994 0.92
61 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3023 3032 3022 3034 0.92
62 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3063 3072 3062 3074 0.92
63 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3103 3112 3102 3114 0.92
64 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3143 3152 3142 3154 0.92
65 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3183 3192 3182 3194 0.92
66 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3223 3232 3222 3234 0.92
67 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3263 3272 3262 3274 0.92
68 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3303 3312 3302 3314 0.92
69 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3343 3352 3342 3354 0.92
70 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3383 3392 3382 3394 0.92
71 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3423 3432 3422 3434 0.92
72 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3463 3472 3462 3474 0.92
73 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3503 3512 3502 3514 0.92
74 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3543 3552 3542 3554 0.92
75 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3623 3632 3622 3634 0.92
76 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3663 3672 3662 3674 0.92
77 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3703 3712 3702 3714 0.92
78 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3743 3752 3742 3754 0.92
79 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3783 3792 3782 3794 0.92
80 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3823 3832 3822 3834 0.92
81 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3903 3912 3902 3914 0.92
82 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3943 3952 3942 3954 0.92
83 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 3983 3992 3982 3994 0.92
84 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4023 4032 4022 4034 0.92
85 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4063 4072 4062 4074 0.92
86 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4103 4112 4102 4114 0.92
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88 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4183 4192 4182 4194 0.92
89 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4223 4232 4222 4234 0.92
90 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4263 4272 4262 4274 0.92
91 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4303 4312 4302 4314 0.92
92 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4343 4352 4342 4354 0.92
93 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4383 4392 4382 4394 0.92
94 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4423 4432 4422 4434 0.92
95 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4463 4472 4462 4474 0.92
96 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4503 4512 4502 4514 0.92
97 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4543 4552 4542 4554 0.92
98 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4583 4592 4582 4594 0.92
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100 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4663 4672 4662 4674 0.92
101 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4703 4712 4702 4714 0.92
102 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4743 4752 4742 4754 0.92
103 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4783 4792 4782 4794 0.92
104 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4823 4832 4822 4834 0.92
105 105 0.037 3.2e+02 1.8 0.1 10 19 4863 4872 4862 4874 0.92

Sequence Information

Coding Sequence
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Protein Sequence
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WAQQDLYKHCLSVEEAVDLKLPNVR

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