Agif003892.1
Basic Information
- Insect
- Aphidius gifuensis
- Gene Symbol
- MBD-R2
- Assembly
- GCA_014905175.1
- Location
- CM026523.1:18766559-18773922[+]
Transcription Factor Domain
- TF Family
- MBD
- Domain
- MBD domain
- PFAM
- PF01429
- TF Group
- Unclassified Structure
- Description
- The Methyl-CpG binding domain (MBD) binds to DNA that contains one or more symmetrically methylated CpGs [2]. DNA methylation in animals is associated with alterations in chromatin structure and silencing of gene expression. MBD has negligible non-specific affinity for DNA. In vitro foot-printing with MeCP2 showed the MBD can protect a 12 nucleotide region surrounding a methyl CpG pair [2]. MBDs are found in several Methyl-CpG binding proteins and also DNA demethylase [1].
- Hmmscan Out
-
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc 1 2 1.5e-15 3.4e-12 45.2 0.1 6 69 511 574 506 581 0.91 2 2 1.9 4.3e+03 -3.2 0.0 43 62 1183 1202 1181 1214 0.79
Sequence Information
- Coding Sequence
- ATGGCGCGCAAATGTTGCGTGAAAAATtgtgatattgatgataattatataaataataatgaatatataaaatttcataattttacatataatagtgatgatgttaaaaataattggattGTTAATTgtgatattgataattgtgaattaacattaaatatagTTATATGTAATCGTCACTTTAAACGTACTGATTACGAGACGATCAAAGGACATGaattaatacttaaaaaaaacgCCGTACCAAGTGTTTTTCATGATTATGACAAACATCCTGatCCAATAACAATGCCAGTAAGAATATTAAATGGCTCATATAATCAACAagatttagataaaaataaatcaataataccaaatttaaatagaaCAGAATCACCAAGTTTAAATGATAGTTCTGGTGAAACATGTAATTCACGTCCAGAATCATCAACTGGTTCAATTCATCAATTAGAATCATcagatgatattgataatgatatcaAACAAGAAACAAATGTTGATAATGAAGAAGAAAcattaaatgttattaatttaattgctggtgaaaaaaaaaatataacagatGATACAATATTACCAATAATTGAATCATTTGATACATCAATTAATCATTATccagttgataaaattattaatgatgaacTATTagatgatataaatttaaataatttaaatgatgatgataaaaattgtcaacCAGCTGTATCATGCAATggtttaacattttttattggcTCAAGATTAGAAGCTAAAGATTATCACAATCAAtggTTTCCAGCTAAAGTTGTAGAAATTGATTGGACTGAACGTGAAATTCTTATACATTTTGATAAATGGAATTCACGTTATGACGAGTGGATCCCTATTGATAGTTCAAGACTTAGAAAAATACAACCACCATCTAgCGAGCAGACGCTGGTATCACCAACTCCaAATACAAATATGCGAGAATTTATTGTTGGTGATAGAGTTCTAGCAACATGGGCTGATGGAAGAAAATATCCAGCAAGAGTTTGTGCTGTTTTGGGAAATGaTCGATATGATGTTTTGTTTGATGACGGTTATGCCAAGGTTGTGAAATCATCTAAAATGACTAAAATTGCTGATACATCAAACAAGaaAGAAACAACAATGGAACAAGACACATATATAGGAAGTAAACAAGAACGTAGAGATAAAAAACGTAAACATACAGTTATAGATTTATTTAGtcgtaaaaaaacaaaatctgaAACAccagaaaaacaaattattaaaaaagaagatacacttgatattgttgatacaattaatggtgataataatgaagCTGAAACAACTGTATATTATGATTCTGGTGTtgaacaatcaaaaaattttgattctataaaacaaacaaaacaaaaaataccaaaaattaaaaaagaatcacCAAAATATGATTTACTTGATCAAGATGATGATAGTCCTGAGTGGGTTGATGGTGAACCAAAAGGAGTTGAATCATTTACAGTTGATGGTAATAATGgAACAAGAAGATCAATAATTGTAGCAGATAAAAGAATACCAGATGGTTGGGAAAGACATTTTACACAACGTCGAAGTGGTAATTCAGCTGGTAAATGGGATGTTTTATTTATGCATATAgaaagtggaaaaaaatttcgtaCAAAAAGTGATGTTAGAACATTTTTTCATACACAATTACATACTGATTTTGATCCAGAAATGTTTGATTTTTgtatacatagaaaaaaacGTTTAAGTATTGCTAAgccaaaaattgaattatcaagtgaaccaactaaaaaaattaaaacactttTACCAAAGACTAAACTACTTTTaccacaatcatcatcatcatcatcatgttcaTCGTCAACGTCAAcgtcatcatcaacattaacagcaacatcaacaacaccatcattgacatcatcaattgataattctTCATTGACACCTGCTGGTTCAATGAATACTCCAGCTACACCATTTTCTTCAGTATCTACTCCAGTTAACAACACATCAATGAcatattcTGTCTATATTGGTtcgttgaaaattgaaatggTGGATGATTCATATAAATGTCCAAAAGAAGGCTGTGCAAAAACAGTCCGTAAAGAAAATCTTTTACAAATGCATGTTAAACATTATCATCCAGAGTATGCAAAATATTTAGGCTCAACACCAAATGTTGCTGATCTTGCATATGCAAGAACAATTGGTGAACCAGTTGTTGATGCAACACCAAAATCACGTTTTTCAGAAAAACGTAAATCACTTCAAGAAAAACCAATAGCATTGTCATTTGTTAATTCACCTAGTCAAAGTGTGTCTGTTGCATCTACAGTTATatcagataataatattgtatctGATACAGTTAATGGTCAtgttaatgatattaaaaaatttgaaatgatGTCACCAACAAGAAATTtagatcatgatgatgatgtcgtTAAAAGAAATGAGGCAAATTGTGCAATGTCACCTGGTACATTATTTGATATGAAAATAAGAGAAGAAAAAACTCAAACTGgtattaaaacattattaccAGTGAGATCTATTATTTCTACtgatgtaattaaaaatgataaattaaaattacttgatgAAACACATATTGAAAAAGGAAGAGGTCATAGAAAACGACAGCTATCAGAGTACAGTTCTGATGCatcaacaaaaagtaaaaaacgtcaagGCATACTAGAGCTCACTGATGACTATGGAGATCTAGATGACAGTGCACTTGATGCTGAGGGTCCAGCTGAACCAGTCTACAGATTTAGTCGACGTAAATCAGATACAAAAAGTGATGATAATAGTCAAAGCAGTCAGCTAAATGATTCGCCagacaaaaaaatagagtGTACTccaaatgataattatcaaatcaTGTCAGAagATGGTGAGGGtgttatgatgatgattaatgGTGAAATGGTTAAAgttgaacaattaaaaagagaagaaataataaattgtacatGTGGTTATAGTGAAGAAGATGGTTTAATGATACAGTGTGATTTGTGTTTATGTTGGCAACATGGCCATTGTAATGAAATTGAACGTGAAAAAGATGTAcctgataaatatatatgttatatTTGTCGTCATCCGTATCGTCAACGTCcatcacaaaaatatattcatgatCAAGATTGGATTAAAGAAGGTAAACttccaattttatcaaatcgaACAAAAGATCAAACAGCTATTAATAAAAGAACAGCAATGTTAAAACGTTCATATGATCTTGTtggttcattattaaaaattcaacaaatgctACATAGTCTtagagttaaaataaatattgcacgTAATAAAGATCatccaaaattatatttatggtCTAAAAATTGGGATAAATCAGATATTGTTGAGAAAGATACAAATCCAATTccaattttagaaataattaaaaaacaagaagacaatgaattatcaataaatttacaaaataataataataattccataaaagaagaaataattgatgatcaaaaaattgttgaaaaaaattcagatgataaattaatatcatcagaTAGTGAGTTAATGAAAATACTTGAAGAAGATACAAATACAATGtcagatgatttaaaaatgtcaattattaaaaaagaagatattaaagaaaatatatttcatgatgtattattaaaatcagatgataaattatttaattgtgatgataaaaaatttgatgattttgttaattttaatgataatgatttaattgataaaaaaacatttttggataatgaaaatattgatattaaaccaATGTTATCTATGGTGCCTGCTCAACCATTTATACCAGAACCAGAAGCACCAATTAATCCAGCAGAATGTCGTTTACGTTTACTTGAACATGTTGAACACTTTCAAAAACATCTTGATGCATTGTTAACAAATGTTGAAGTTCAAGTTTGTGCTTTAGAAGCTATGGACTCTGATGATACTACTCAAGAAACAGATATTGAtccaaaaacaaaacaaacaattcAAATGTTAATGAGAGATCTTAATTCATTACGAAAACTTGCTGCCTTGTGTTAA
- Protein Sequence
- MARKCCVKNCDIDDNYINNNEYIKFHNFTYNSDDVKNNWIVNCDIDNCELTLNIVICNRHFKRTDYETIKGHELILKKNAVPSVFHDYDKHPDPITMPVRILNGSYNQQDLDKNKSIIPNLNRTESPSLNDSSGETCNSRPESSTGSIHQLESSDDIDNDIKQETNVDNEEETLNVINLIAGEKKNITDDTILPIIESFDTSINHYPVDKIINDELLDDINLNNLNDDDKNCQPAVSCNGLTFFIGSRLEAKDYHNQWFPAKVVEIDWTEREILIHFDKWNSRYDEWIPIDSSRLRKIQPPSSEQTLVSPTPNTNMREFIVGDRVLATWADGRKYPARVCAVLGNDRYDVLFDDGYAKVVKSSKMTKIADTSNKKETTMEQDTYIGSKQERRDKKRKHTVIDLFSRKKTKSETPEKQIIKKEDTLDIVDTINGDNNEAETTVYYDSGVEQSKNFDSIKQTKQKIPKIKKESPKYDLLDQDDDSPEWVDGEPKGVESFTVDGNNGTRRSIIVADKRIPDGWERHFTQRRSGNSAGKWDVLFMHIESGKKFRTKSDVRTFFHTQLHTDFDPEMFDFCIHRKKRLSIAKPKIELSSEPTKKIKTLLPKTKLLLPQSSSSSSCSSSTSTSSSTLTATSTTPSLTSSIDNSSLTPAGSMNTPATPFSSVSTPVNNTSMTYSVYIGSLKIEMVDDSYKCPKEGCAKTVRKENLLQMHVKHYHPEYAKYLGSTPNVADLAYARTIGEPVVDATPKSRFSEKRKSLQEKPIALSFVNSPSQSVSVASTVISDNNIVSDTVNGHVNDIKKFEMMSPTRNLDHDDDVVKRNEANCAMSPGTLFDMKIREEKTQTGIKTLLPVRSIISTDVIKNDKLKLLDETHIEKGRGHRKRQLSEYSSDASTKSKKRQGILELTDDYGDLDDSALDAEGPAEPVYRFSRRKSDTKSDDNSQSSQLNDSPDKKIECTPNDNYQIMSEDGEGVMMMINGEMVKVEQLKREEIINCTCGYSEEDGLMIQCDLCLCWQHGHCNEIEREKDVPDKYICYICRHPYRQRPSQKYIHDQDWIKEGKLPILSNRTKDQTAINKRTAMLKRSYDLVGSLLKIQQMLHSLRVKINIARNKDHPKLYLWSKNWDKSDIVEKDTNPIPILEIIKKQEDNELSINLQNNNNNSIKEEIIDDQKIVEKNSDDKLISSDSELMKILEEDTNTMSDDLKMSIIKKEDIKENIFHDVLLKSDDKLFNCDDKKFDDFVNFNDNDLIDKKTFLDNENIDIKPMLSMVPAQPFIPEPEAPINPAECRLRLLEHVEHFQKHLDALLTNVEVQVCALEAMDSDDTTQETDIDPKTKQTIQMLMRDLNSLRKLAALC
Similar Transcription Factors
Sequence clustering based on sequence similarity using MMseqs2
- 100% Identity
- iTF_00132662;
- 90% Identity
- iTF_00132661;
- 80% Identity
- iTF_00132662;