Basic Information

Insect: Xylophagus ater
Gene Symbol: zfh2
Assembly: GCA_963422695.1
Location: OY730480.1:62243935-62283458[-]

Transcription Factor Domain

TF Family: zf-C2H2
Domain: zf-C2H2 domain
PFAM: PF00096
TF Group: Zinc-Coordinating Group
Description: The C2H2 zinc finger is the classical zinc finger domain. The two conserved cysteines and histidines co-ordinate a zinc ion. The following pattern describes the zinc finger. #-X-C-X(1-5)-C-X3-#-X5-#-X2-H-X(3-6)-[H/C] Where X can be any amino acid, and numbers in brackets indicate the number of residues. The positions marked # are those that are important for the stable fold of the zinc finger. The final position can be either his or cys. The C2H2 zinc finger is composed of two short beta strands followed by an alpha helix. The amino terminal part of the helix binds the major groove in DNA binding zinc fingers. The accepted consensus binding sequence for Sp1 is usually defined by the asymmetric hexanucleotide core GGGCGG but this sequence does not include, among others, the GAG (=CTC) repeat that constitutes a high-affinity site for Sp1 binding to the wt1 promoter [1].
Hmmscan Out: # of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc

1 15 1.3 97 4.6 0.6 2 23 372 394 371 394 0.94

2 15 0.00052 0.038 15.3 1.4 2 23 887 909 886 909 0.96

3 15 0.00013 0.0094 17.2 0.7 1 23 941 965 941 965 0.92

4 15 0.041 3 9.3 0.4 1 22 1006 1027 1006 1030 0.91

5 15 5.1 3.7e+02 2.7 1.9 1 23 1330 1354 1330 1354 0.91

6 15 0.029 2.1 9.8 0.1 3 23 1892 1913 1890 1913 0.93

7 15 0.012 0.89 11.0 0.6 1 20 2006 2025 2006 2030 0.92

8 15 0.0062 0.45 11.9 2.3 1 23 2076 2098 2076 2098 0.96

9 15 0.0011 0.083 14.2 1.1 2 23 2105 2127 2104 2127 0.94

10 15 0.045 3.2 9.2 0.6 1 22 2292 2313 2292 2316 0.89

11 15 0.02 1.5 10.3 0.1 1 23 2412 2436 2412 2436 0.93

12 15 3.7 2.7e+02 3.2 4.0 1 19 2539 2557 2539 2562 0.91

13 15 0.00031 0.022 16.0 2.8 1 23 3258 3280 3258 3280 0.98

14 15 0.0058 0.42 12.0 1.3 1 23 3455 3477 3455 3477 0.97

15 15 0.0018 0.13 13.6 0.2 2 23 3986 4008 3985 4008 0.94

#	of	c-Evalue	i-Evalue	score	bias	hmm coord from	hmm coord to	ali coord from	ali coord to	env coord from	env coord to	acc
1	15	1.3	97	4.6	0.6	2	23	372	394	371	394	0.94
2	15	0.00052	0.038	15.3	1.4	2	23	887	909	886	909	0.96
3	15	0.00013	0.0094	17.2	0.7	1	23	941	965	941	965	0.92
4	15	0.041	3	9.3	0.4	1	22	1006	1027	1006	1030	0.91
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Sequence Information

Coding Sequence: 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