Basic Information

Insect: Timema bartmani
Gene Symbol: -
Assembly: GCA_902151455.1
Location: CABFWB010005261.1:33250-34353[-]

Transcription Factor Domain

TF Family: HTH
Domain: HTH_psq domain
PFAM: PF05225
TF Group: Helix-turn-helix
Description: This DNA-binding motif is found in four copies in the pipsqueak protein of Drosophila melanogaster [1]. In pipsqueak this domain binds to GAGA sequence [1].
Hmmscan Out: # of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc

1 9 0.11 88 5.1 0.1 26 37 28 40 26 42 0.88

2 9 0.11 88 5.1 0.1 26 37 57 69 55 71 0.88

3 9 0.11 88 5.1 0.1 26 37 86 98 84 100 0.88

4 9 0.11 88 5.1 0.1 26 37 115 127 113 129 0.88

5 9 0.11 88 5.1 0.1 26 37 144 156 142 158 0.88

6 9 0.11 85 5.2 0.1 26 37 173 185 171 188 0.88

7 9 0.11 88 5.1 0.1 26 37 202 214 200 216 0.88

8 9 0.11 85 5.2 0.1 26 37 231 243 229 246 0.88

9 9 0.11 85 5.2 0.1 26 37 347 359 345 362 0.88

#	of	c-Evalue	i-Evalue	score	bias	hmm coord from	hmm coord to	ali coord from	ali coord to	env coord from	env coord to	acc
1	9	0.11	88	5.1	0.1	26	37	28	40	26	42	0.88
2	9	0.11	88	5.1	0.1	26	37	57	69	55	71	0.88
3	9	0.11	88	5.1	0.1	26	37	86	98	84	100	0.88
4	9	0.11	88	5.1	0.1	26	37	115	127	113	129	0.88
5	9	0.11	88	5.1	0.1	26	37	144	156	142	158	0.88
6	9	0.11	85	5.2	0.1	26	37	173	185	171	188	0.88
7	9	0.11	88	5.1	0.1	26	37	202	214	200	216	0.88
8	9	0.11	85	5.2	0.1	26	37	231	243	229	246	0.88
9	9	0.11	85	5.2	0.1	26	37	347	359	345	362	0.88

Sequence Information

Coding Sequence: ATGATACGGTTCACGTCGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTCGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTCGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTCGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTCGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTCGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTCGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTCGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTCGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTCGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTCGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTCGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTCGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTTGTCAGCCATGGTGTATCCTACACCACGTCAAAAGCACAAGTGA
Protein Sequence: MIRFTSSAMVYPTPRRQPWCILHHVVSHGVSYTTLSAMVYPTPRCQPWCILHHVVSHGVSYTTLSAMVYPTPRCQPWCILHHVVSHGVSYTTLSAMVYPTPRCQPWCILHHVVSHGVSYTTLSAMVYPTPRCQPWCILHHVVSHGVSYTTLSAMVYPTPRCQPWCILHHVVSHGVSYTTLSAMVYPTPRRQPWCILHHVVSHGVSYTTLSAMVYPTPRCQPWCILHHVVSHGVSYTTLSAMVYPTPRRQPWCILHHVVSHGVSYTTSSAMVYPTPRCQPWCILHHVVSHGVSYTTSSAMVYPTPRRQPWCILHHVVSHGVSYTTSSAMVYPTPRRQPWCILHHVVSHGVSYTTLSAMVYPTPRQKHK*

Similar Transcription Factors

Sequence clustering based on sequence similarity using MMseqs2

100% Identity: -
90% Identity: -
80% Identity: -