Tnob056484.1
Basic Information
- Insect
- Thereva nobilitata
- Gene Symbol
- zfh2
- Assembly
- GCA_963855945.1
- Location
- OY979699.1:17021774-17080647[+]
Transcription Factor Domain
- TF Family
- zf-C2H2
- Domain
- zf-C2H2 domain
- PFAM
- PF00096
- TF Group
- Zinc-Coordinating Group
- Description
- The C2H2 zinc finger is the classical zinc finger domain. The two conserved cysteines and histidines co-ordinate a zinc ion. The following pattern describes the zinc finger. #-X-C-X(1-5)-C-X3-#-X5-#-X2-H-X(3-6)-[H/C] Where X can be any amino acid, and numbers in brackets indicate the number of residues. The positions marked # are those that are important for the stable fold of the zinc finger. The final position can be either his or cys. The C2H2 zinc finger is composed of two short beta strands followed by an alpha helix. The amino terminal part of the helix binds the major groove in DNA binding zinc fingers. The accepted consensus binding sequence for Sp1 is usually defined by the asymmetric hexanucleotide core GGGCGG but this sequence does not include, among others, the GAG (=CTC) repeat that constitutes a high-affinity site for Sp1 binding to the wt1 promoter [1].
- Hmmscan Out
-
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc 1 16 0.58 1.4e+02 4.9 0.6 2 23 426 448 425 448 0.94 2 16 0.00022 0.054 15.7 1.4 2 23 796 818 795 818 0.96 3 16 5.6e-05 0.014 17.6 0.7 1 23 850 874 850 874 0.92 4 16 0.018 4.3 9.7 0.4 1 22 915 936 915 939 0.91 5 16 2.2 5.3e+02 3.1 1.9 1 23 1144 1168 1144 1168 0.91 6 16 0.061 15 8.0 0.3 1 23 1439 1462 1439 1462 0.95 7 16 0.026 6.4 9.2 0.1 3 23 1578 1599 1577 1599 0.94 8 16 0.41 1e+02 5.4 0.2 1 21 1643 1663 1643 1667 0.91 9 16 0.0027 0.65 12.3 2.3 1 23 1713 1735 1713 1735 0.96 10 16 0.00028 0.068 15.4 2.0 2 23 1742 1764 1741 1764 0.94 11 16 0.25 60 6.1 5.5 1 23 1897 1921 1897 1921 0.92 12 16 0.019 4.7 9.6 0.6 1 22 1942 1963 1942 1966 0.89 13 16 0.0086 2.1 10.7 0.1 1 23 2043 2067 2043 2067 0.93 14 16 1.6 3.9e+02 3.6 4.0 1 19 2170 2188 2170 2193 0.91 15 16 0.00013 0.032 16.4 2.8 1 23 2616 2638 2616 2638 0.98 16 16 0.0028 0.67 12.2 0.8 1 23 2789 2811 2789 2811 0.98
Sequence Information
- Coding Sequence
- ATGGCAACACTTTCAGTAAAGAATGTGTCACTGACTATAAAAACAGCCACGGAGTCGATACAGTTCGACGGCCGAGCTATACCGCTCGGCTCGGGGTCAACTATATCAGCCccgcaaaaaaaacaattatcatCTTCCCCCCAAAGTGGCGCCCAAACAAATGCGACTGATGGTGGAACAATTAGTAGTGGTTTACAACAGCATAATTCACCAATAAATACACCCATTATACAATCAACAACAGCAGCCGCACCAGAAGCTATAGCAAcagcaataataacaacaacaatagcaTCAACAAATAATACAGCACTATCAACTACTACACCAAGCGCACCGCAATCATtatcaccaacaacaacaacaacaacaacatcatcAAATGCATTATTTATGCAACAATCAACAATAGATTATAGTAATCAAGGTTCTTCAATAAGTAATATTGTTGCtagtgataataataataaaaatcaacTATCTCCaatattacaacaacaacaacaacgacagCAGTCATCTAGTTCAATACTGTcgtctccatcatcatcatcttcagCATCTACAACAACATCTTCGCAGTCATCACCTTCAAGCTCTCATCATAATCAACAATCATCGTCATTATCTGCATCGCTGTTACATATTCAACAATtgtcacaacaacaacaattacaaCGACAGCAGCACAATTCTCAATTATTACAACAAAATTTATCATCAACTGATAATTATCAAAATTCACAAGATTATCATTGTTTCGGTTTAACTggtaaaaaattttcaacaacaacatcatcaacaacaacagcaacaaaattcCAACAgccaccatcatcatcatcgtcaacTGTTGTAAATATTCATAATAAGGGCGCAAATACTACATCAACTGTAGTTGCTAACGAGACCACGAATATGCCACCGCCTCCAGATTCACCACATACAGAATTGGCACCAAGAAAACGTCGACGGAAACGTGATGATCCGCAAAGTTGTTTCACCAATTCAGAGGATTATGACTCAGATGGTGGCTCACCAATGTCATGTTCAGACGTTGAAAGTTTTCAAGGTAAAATAGTTTACAATCCAGATGGCAGTGCATATATAATTGACTCGGAAAATGATTCATTATCAAATATATCAGAAAATTGCTTAAGTGcAGCTGGTATAGCAACAGCAAATAATccaaaaattcattcatttcgAGTTGTAACAGCGCGTGATGCAACTGTTAATATATCAGaaccaaataaaatacaaaaaccaatATTAATGTGTTTTATATGTAAGCTAAGTTTCGGTAATACGAAATCGTTTAGTTTACATGCAAATAGCGAGCACACATTAAATTTACAAGAATCTGAAAAATTATTACTAAATCGTGAATATTCGAGTGCCATTATACAACGTAATGTTGATGAAAAGCCACAAGTATCATTTTTGGAGCCGCTTGATATGCACAAGCAACAATTGATGCATCAAACAATaacatcatcatcaacatcagCTATTGTAACATCACCAATAACAACTGGTACAACAACTGGTgtacaacagcaacaacagcagcaaacatcgaaaaataatGAATGTACAACAATAATAAGTGGTGGTGTCGGTTGTAGTAacggaaataataataataatacaacaaATACAAACAGtagtagtaataataataatacaagtaGTCAAATGCATCATACAACAATAAATAGTGATTTAAATCCATCAGTATCATCGTTGTCGTCTATTGTTTCAACAACATCATCAGCATCTGTTAAAACAAGCAGTAGTGGTAACAATAGTAATGTTGTTGGTGATTATATGCAATTGCAaaatcatcaacaacaacaacaacaacaacagcaagtTAGAACATCAACACCATCATCATTAGTTATAACAAGTTCAACTGGTGGTGTTGGTGGAATATTACCACCGAACAGTTGTACATCATCAACAACTGGTTTAAATAATGATATAAGTAGTAGTAATTGTAGTAATAGTGCTAAGTTATTGAACGAGTTCCTTCAGCAACAGCAAttccagcagcaacaacaacaacaatctaATCTAACATGTCCTGATCATCCAGCTATTAAGGGGATCGATTGTAAGGCATGTGAATTAATaagtattaatttaaaatcaccaATGACACCAACAAAATCACCGAATAGTATTAATTTGACACCGCCATCATCTAGCCTAACAATGTCGCCAACAACGCCTGCGCCAAGCTTTACAATTGGCGCATGCCCCGAACATATAAATGGTCGACCGATTGGTGTTGATTGTGCAAgGTGTGAGATGATACTAAATTCAGCGCGCTTGAATAGTGGTGTACAAATTTCAACACGAAATTCGTGTAAAACATTAAAATGTCCGCAATGTAATTGGCATTATAAATACCAAGAGACGCTCGAAATTCATATGAGAGAAAAACATCCGGATGGTGAGAGCGCATGCGGATATTGTTTAGCtgGTCAACAACATCCACGTCTGGCACGTGGTGAATCATATACATGCGGTTATAAACCTTATCGTTGTGAAATATGCAattattcaacaacaacaaaaggtaATCTATCAATCCATATGCAAAGTGATAAGCATTTAAATAATATGCAAGAATTGAATAATTCACAAAATATGTCAAATCAAAATGAAATACGTGAGAGCCCAAAAATAATAATGCCAAATATGACACAACAATCTAGCAAGCCAAAACCGAGCTTTCGTTGTGATGTCTGTTCCTATGAGACAAGCGTAGCAAGAAATTTACGAATACATATGACTAGCGAGAAGCATACACATAATATGGCTGTATTACAAAATAATATGAAGCATTTTCAAGCGCTTAGTTTCCTTCAGAGTCAAAATTTAGGGCAATTAACGGCGGCAACAGCTGCTACAAATTTAccaaatttgggaaatttaccAAATTTAGGACAAAATTtaccaaatttgcaaaattttttaccAGAAGCAGCGTTGGCGGATTTAGCATATAATCAAGCATTAATGATACAATTGCTACATCAGAACTCAGCGGCGGGTGCTCTtggtgcagcagcagcagcatcagcGGCAGCGGCGGCAGCAGCAGCTGTTAATTCAGTACCGCAACCACCCCCACCTTCATCACAGACTGGTACATCGTCAGCAGCAGCGGCTGTTGCCTCATCAGCGGCTGCAAATGCATTGCTTAGTAGTACGCTAGAGCCAGATCAAGGATTAAATCCGGACACATTTGAGCCACCGATTGAGCCAGATCCGAGGCCAACAACTGTATACAGCTGTCTTATTTGCTCGGTTTATAACACGAACAGCATTGATGAATTGAACAACCATCTAATGATTGACAGATCTCGAGGGAATAATAACAGCAACAATGATATAATGCTTATCATCAACAACAATTATATCTGCCGTTTATGCAACTATAAAACTAATCTAAAAGCCAATTTCCAACTGCACAGCAAAACGGATAAGCATATTCAAAAGCTAAACTATATTAATCACATAAAAGAGGGCGGAccgaaaaatgaatataaactAAAATTCAACAATACCAATACAGTTCAATTGAAGTGCAACTGTTgcgatttttatacaaattcaATACAAAAATTGAATCTCCATACACAGCATATGCGTCACGATACAATGAAAATGATATTCAATCAtctaatttacattgtgaacagtCACAGTTACGAGCAAcatcaacagcaacaacaacagctaACAAGTACTGGCTGCGGTGTTAGCGATAGTGGTGAACTGCAACAACACGGTATTGTTGATAGTATTACGTTGCAGCAACAACATGGCAGTGTTAATTTGTTCGGTACAAACAATAATAATCGAGTGTTTGTGTGTCAATTGTGCAATTTTAAAGCATCTAATATTTTACAAATGGTGCAACATGTGAAAAGTTTACGTCATGtacaagttgagcaatttattTGCTTGCAAAGGCGAAGTGAAAATTTGGAACCACTTGAATTGGGAgatgttttcaaaataattgattgcgACACAATAAAAAGTGAAAGAGCTAGCCCAGAACAGTCACCAATCGATAAATATGATACATCAATTGATAATATCAGTAATCAAGATATGAAGTCATTGCATCATACATCAACAACACCAACAAGACCGGTGTCGCGTGATAGTCGCGGCGGTGAAAATTTATCAGCAAATAACAGTGGCAGCAGCGGTAATGGTAATTTACATTCACCAACattacaacaacagcaacaacaatcgCTGCATCATCATCAGCCGCCGTCAACAATATATAAATGTAATAATTGTGATTATTTTGCTGAAACTAAAAACGATATGGAACAGCATATTGACAATGCACATCCAAATTACTCGGAACATGATTATTTAACAATACCAACAAATCCCGCAGCATTGCAGGCATTTCaagctgctgttgctgctgctgctgccgctgCAGCTGCAGCAGCATCATCATCAAGTACAAAATCAACAATTGAATTACCGCAATCACCGATATCTGGCGGTGGTGTAGCCGGTGGCATGATTGGTGATAATCAAAATGTTAGCAGTAGTAGCAATTATGATGAGATCAAGTCTGAACGTATTGATGCTGATGAATCAGAATCTGGCGGTGATATTATGGATCAGGAGCAGCCAGATATTGATAATATTGATTCGAATAATGACGATACAATCAGTATACTGTGTCCATTGTGCCAAGATAGCTTCGCTGATAAGAAATCATTGGAGAAGCATGTTATGGGTGTTCATAGTGTTAATAGTGATGGCCTAACACGATTATTGCATTTAGTTGATACTAGTCATTGGCTGAatagtaatattaaaaaaagtccCGATCATAATAACAGTTCTGAACAGAATTTGTCTATTAATTGTGATTATGAATGCCTGAAATGCGGACAGAATTTGAAATCGTATCAGGATTTGTTAATACACGCCAATGATAATCAGCA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