Tlon007013.1


Basic Information
Transcription Factor Domain
Sequence Information
Similer Transcription Factors

Basic Information

Insect
Temnothorax longispinosus
Gene Symbol
Ars2
Assembly
GCA_004794745.1
Location
QBLH01001390.1:350966-817004[+]

Transcription Factor Domain

TF Family
zf-C2H2
Domain
zf-C2H2 domain
PFAM
PF00096
TF Group
Zinc-Coordinating Group
Description
The C2H2 zinc finger is the classical zinc finger domain. The two conserved cysteines and histidines co-ordinate a zinc ion. The following pattern describes the zinc finger. #-X-C-X(1-5)-C-X3-#-X5-#-X2-H-X(3-6)-[H/C] Where X can be any amino acid, and numbers in brackets indicate the number of residues. The positions marked # are those that are important for the stable fold of the zinc finger. The final position can be either his or cys. The C2H2 zinc finger is composed of two short beta strands followed by an alpha helix. The amino terminal part of the helix binds the major groove in DNA binding zinc fingers. The accepted consensus binding sequence for Sp1 is usually defined by the asymmetric hexanucleotide core GGGCGG but this sequence does not include, among others, the GAG (=CTC) repeat that constitutes a high-affinity site for Sp1 binding to the wt1 promoter [1].
Hmmscan Out
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc
1 15 0.26 21 5.4 0.6 2 23 7302 7323 7301 7323 0.97
2 15 0.00017 0.013 15.4 0.3 2 23 7328 7349 7327 7349 0.97
3 15 7.5e-05 0.0059 16.6 0.4 2 23 7356 7377 7355 7377 0.96
4 15 0.00012 0.0091 16.0 1.9 1 23 7410 7432 7410 7432 0.97
5 15 0.017 1.3 9.2 0.5 1 20 7439 7458 7439 7461 0.95
6 15 2.7e-05 0.0021 18.0 2.2 1 23 7467 7489 7467 7489 0.97
7 15 1.2e-05 0.00091 19.1 1.8 1 23 7495 7517 7495 7517 0.96
8 15 0.00044 0.035 14.1 0.6 1 23 7523 7545 7523 7545 0.98
9 15 0.00041 0.032 14.2 6.8 1 23 7551 7573 7551 7573 0.97
10 15 1.1e-06 8.9e-05 22.3 0.9 1 23 7578 7600 7578 7600 0.97
11 15 0.0012 0.093 12.8 0.3 1 23 7606 7628 7606 7628 0.97
12 15 2.3e-05 0.0018 18.2 5.7 1 23 7634 7656 7634 7656 0.96
13 15 3e-05 0.0023 17.8 1.9 1 23 7662 7684 7662 7684 0.98
14 15 0.00013 0.01 15.8 1.9 2 23 7691 7712 7690 7712 0.96
15 15 6.2 4.8e+02 1.1 0.1 1 17 7718 7734 7718 7735 0.92

Sequence Information

Coding Sequence
ATGGCAGAGACAAAATTCGACAAGTACAATTTACGTAAATTAAATTTTGGTGGTGGCATATCCCTGATGCGTCTCATAGCTTGTAGAGGTGGCTCATTGAAAAATGGTGGCTCACCGTCGATCATTTCAATGATCATTATTCCTAACGACCAGATATCCACTTCAGTTCGGTCAGTAGCGAGCGGTCTACTTATCCTAGGATCATTGTGGCCTCTCACGATGGTCTTCAAGTCAAGGATCTCGGTAGGTGTGATCTCGCTTGGATCGACTAAGGGCAGTGGTCTGTTGGTCGACTTCAGGATCTGGTTATTCCCAACTATGGAAGCCCATTGCAGGGGCAGCCCGACGAACTTGCCCTCGCGTTTGTCGAATCCGGTATGCACTCTGTGCTCAAAGTTGGTCGGTGTGGAGATCTGcggtttctttttctttttggTACTTACTGACAAAAAAATAGATGGAGCTATCGCACAAGAAAACAGTACGTGGTCGACCTTAGATATGGACGTTATTAGACATTCAGGATACGCAGACTTTGAATGGGCGATAGAATTGAATCGCTATAGCTTGGAATTCATCGGTCTTTGGCCGAAAATGGAAGAAACAGCGCGAGAGAAATTAATAGCTAACATACGAGTATTTCTATTGATAATTATGGTAACCTGTGTCTGCGTAATTCCTTGTATACATTCTCTAATAAGAGTTTGGGGCGATCTGATGTCAATGACGGACAATTTACAGTTCACTTTACCTTTAGTGTCGATGACAATGAAACTCATCATTATGTGGCGCAAAAAAGCTGcCCTTGCGCCGATCTTGTATATGATCGCTAAAGATTGGCTGAAACTGAACTCCGACGAAGAACGGAAAATTATGATAAGATGCGCGCGGATTCCTCGCATGATCATAATCTGCGGATTCGTCATAATGTTTGGGTCGTTTATCTTATTGTTTATTCTTCCGTGCTTCGGGATCACCGTGCGGTACATAACTAACGTGACCGATCCGGGCAAACCATTGCCCCTGCAGACATATTACTTCTACGACACAGATACGAGTCCGTACTTCGAGCTCACGTTCGCCGCACAATGTGTTACTCTCATGGTATCTGCTATGGGTTACACCGCGATTGACAGTATGTTTGGATTGTTGGTTTTTCATGTCTGCGGTCAATTGGAGAATCTTAAGGGGCGGTTAATGACGAGTTCTGAAAAAAATCCAAATTTTGATCATGTNTTAGCGGACGCTGTAATGGATCATgtTATTACTGATGGACGtcatttatcttttctaaGACTGTCAAGCCTTGTAACGGTTCTCGTGAATATTTTCGCACATATGTGTTTGTATTGTGTGGTTGGGGAATGTCTAATAACGCAAATTATATCAAGTTTTTTTGCATctattgtttatatatctgtagatatttttttggtgctaataatttttcacatttgtgGCCAATTAGAAATCTTCAGATGCCGATTAGTTAGCTTagttttgtgcaaaaatttcaacaaagtTCTGAATAACATCATAGCAACCCACGTACGACTCATCAgATTTgctgaaaatattgaaaatatgtactccttaataatgttaataacgGTACTTTGCTTCGCTATTACATTTTGCCTAAACGGCTTTCTATTTACTAGGTATTTTGTGTGGGCAGTTGAACTTCATCGTTTAGGCTTGGAAGTGATTGGCTTGTGGCCGAAAACCGAACAATTCACTAAGAAATGCTTGTGGCCAGAAATTCGGGTCggtattgttttaattttattaatatttatttttattccgatGATAAGTATGGTTATCCATGTTTGGGGCAATATGGTACTCGTAATAGACAGTTTACATTTTACGTTACCCCTGGTGACAGTATTagcaaaatatgtaattatgcgATGGAAAAGAACAGttttgcTCGCGATTGTAAATATGATGGCGGAAGACTGGATGGCATTCAAGCACTTTACAGAAAGGAACGTAATGATAAGACGAGCACGAAGTGCTCGATTAATCATGATAATTGGATACGTTCTTGTGGTAATAGGATTTGTCACCGTAACCATTCCTCCTTATTTTGGCGTTCCAATACTGTACACAACGAATTTCATGAATCGGAGTAAGCTGTTACCGCTGGAAACGTTTCACTTCTATAATACAGATAAGAGTCCACAATATGAATTGACATTTATCATTCATATTATATCAACTTTATTAGCAGCTACCATTTACATgtctatagatatttttttggtGCTAATAATTCTTCACATTTGCGGCCAGTTAGAAATCTTCAGATGCCGATTAGTTAGTTTagttttgtgcaaaaatttcGACAAAGTTCTAaataacgtcttaatgactCATCTACGATTAATCagATTTgctgaaaatattgaaaaTTTTGTGTGGGCAGTCGAACTTCATCGCTTGGGTATGGAAATGATTGGCTTGTGGCCGAAAAcggataaatttattaagaaataccAGTGGCTAGAATTTCGGGtcggtattattttaattttattaataattatttttcttccgaCGATGTGTACCTTTATGAACGTTTGGGGTAATATGGTACTCGTAATAGACAGTTTGCATATCGCATTACCCATGGTGACAATAATAGCGAAATATGTTGTTATACGATGGAAACGAACAgttcttttcgcgattataaatatgatgGCGGAAGACTGGATAGCATTCAAGCACTTTACAGAGAGAACTGTGATGATAAGACGAGCACGAAGTGCTCGATTAATCATGATAATTGGATACATTTTTGCGGTAATAGGATTTCTCACCGTAACCATTCCTCCTTATTTTGGCATTCCAATACTACACACAACCAATTTCATGAATCGGAGCAAATTATTACCGCTGGCGACGTATCACTTCTATGATACAGATAAAAGTCCGCAATATGAAATGACATTTCTTATTCATactatatcaattttattagcaACTACCATTTACATgtctatagatatttttttggtGCTAATAATTCTTCACACTTGTGGTCAGTTAGAAATCTTCAGATGTCGATTAGTTAGTTTGGTCGtgtgcaaaaattttaataaagttctAAATAACATCATAGCAACCCATGTACGACTTATCAgatttgctgaaaatattgataatatgtACTCTTTAATGATGTTAataatgatactttattttgGTATTGTATTTTGTCTAAACGGCTTTTTATTGACTGTTctatTGAAAACTTCGAatTTCATGTGGGCAGTTGAAATACATCGCTTAAGTTTGGAAATGTTGGGCTTGTGGCCTAAAGATGTTATGGTTTCTGTAAGAAGTTTATGGTCAGAACTTCATGCaagcattattttaattttattaatatttgtttgtaatGTTCCGACGATATGTACGATTATAAAAGTTTGGGGCGATATGGTACTTGTAATCGACAATTTACGTCTTATGTTACCTCTGCTGATAGCATCAGTGAAATATGTCATTATGCGATGGAAACGAACAGttCTTTTATCGATTGTAAATATGATGGCGGAAGATTGGATGGCATTCAAATCGGATGCAGAGAGAGCTGTGATGATAAGGCGAGCACGAACTGCTCGATTAATCATGATAATTGGATATGCTTTTATCCTAATCTCGCTTCTCATAATAACTGTGCCTACTTATTTTGGCATTCAAGTATTGCACATAGGGAATTTGACGAAGCAGAGCAAACCCTTACCACTGGAGACGTATCATTTTTACGATACAGATAAGAGCCCGCAGTTTGAgttgacatttttctttcatgtttTAACAATGTTGTTAGCGAGTACCACTTATATGGCTgtagatatctttttattactaattattctTCATATTTGCGGCCAGCTAGAGAATTTTAGGTATCGACTAATTAGTTTGGTCTCAtgcaaaaatttcaacaaaagTTTAAATGACATTGTAGTGTTCCATTTACGCCTTATCAAATTTGCCAACTATATCGAAAATACATACTGTTTAATGatgttaataatgatatttcattttgctattgtattttgtttaaGCGGCTTTCTATTTACTATTgtaaATTTCGTATGGGCAGTTGAATTACATCGTTTGTGTTTGGAATTGATCGGTTTATGGCCTACAGCCGATGAAGtttctaagaaaaaattgtggTCCAATATTCGCGTAGGCTTTATTTTCATTACTGTGATAGTCGTCTCTGGTGTACCACTTGTATGGGCGCTTATACGAGTTTGGGGCGACATGGTACTTATGGTAGATAATTTACGAGTTACATTACCTCTTATAATGGTTTCAttcaaatttgttattatacgATGGAAACGTAAAGttCTCCTATCTATTGTAAACGCGATGGCGGAGGATTGGATAGCATTAAAGTTAAGCAAAGAGAGGGATGTGATGCTAAAAAATGCACGATTTGCTCGATTACTCATAATTTACGGATATGTTTTAATGACATCAGCATTTATCATGCAAATCATTTTTCCTTGCTTTGGCATAAAAATGAGACACGTAACAAATCTCACCGATCGAAACAAACCGCTACCGCTGCAGACGTATTACTTCTACGACACTGATAAAAGCCCGCAATTTGAACTGACATTTCTTGTTCAAGCCATAACACTTTTTCTAGCAGCTATTATTTACGCGGCAGCAGATGCTCTTCTTGGGCTCGTAATTTTTCACATCTGCGGCCAATTAGAGAATTTCAGACACCATTTCGCATGGGCAGTTGAATTACATCGTTTGGGTTTGGAATTGATCGGTTTATGGCCTATAGCCGATGAAGtttctaagaaaaaattgtggTCCAATATTCGCGTAGGCTTTATTTTCATTACTCTGATAGTCGTCTCTAATGTACCGCTTGTATGGGCGCTTATACGAGTTTGGGGCGACATAGTACTTATGGTAGACAATTTACGAATTACATTACCTTTTAT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Protein Sequence
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