Basic Information

Insect: Rhamphomyia laevipes
Gene Symbol: zfh2_2
Assembly: GCA_963920725.1
Location: OY987260.1:1242934-1266453[-]

Transcription Factor Domain

TF Family: zf-C2H2
Domain: zf-C2H2 domain
PFAM: PF00096
TF Group: Zinc-Coordinating Group
Description: The C2H2 zinc finger is the classical zinc finger domain. The two conserved cysteines and histidines co-ordinate a zinc ion. The following pattern describes the zinc finger. #-X-C-X(1-5)-C-X3-#-X5-#-X2-H-X(3-6)-[H/C] Where X can be any amino acid, and numbers in brackets indicate the number of residues. The positions marked # are those that are important for the stable fold of the zinc finger. The final position can be either his or cys. The C2H2 zinc finger is composed of two short beta strands followed by an alpha helix. The amino terminal part of the helix binds the major groove in DNA binding zinc fingers. The accepted consensus binding sequence for Sp1 is usually defined by the asymmetric hexanucleotide core GGGCGG but this sequence does not include, among others, the GAG (=CTC) repeat that constitutes a high-affinity site for Sp1 binding to the wt1 promoter [1].
Hmmscan Out: # of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc

1 16 0.37 43 5.9 0.7 2 23 118 140 117 140 0.95

2 16 0.00031 0.036 15.6 1.4 2 23 582 604 581 604 0.96

3 16 7.7e-05 0.0089 17.5 0.7 1 23 636 660 636 660 0.92

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7 16 4.4 5.2e+02 2.5 0.6 2 21 1582 1601 1581 1605 0.89

8 16 0.0011 0.12 13.9 1.5 1 23 1663 1685 1663 1685 0.96

9 16 0.0027 0.31 12.6 1.7 2 23 1692 1714 1691 1714 0.94

10 16 4.1 4.7e+02 2.6 9.9 1 23 1852 1876 1852 1876 0.94

11 16 0.027 3.1 9.5 0.6 1 22 1901 1922 1901 1925 0.89

12 16 0.012 1.4 10.6 0.1 1 23 2038 2062 2038 2062 0.93

13 16 2.1 2.4e+02 3.5 4.1 1 19 2290 2308 2290 2313 0.92

14 16 0.00018 0.021 16.3 2.8 1 23 3071 3093 3071 3093 0.98

15 16 0.0012 0.13 13.8 0.8 1 23 3257 3279 3257 3279 0.98

16 16 0.00019 0.022 16.2 0.3 2 23 3451 3473 3450 3473 0.97

#	of	c-Evalue	i-Evalue	score	bias	hmm coord from	hmm coord to	ali coord from	ali coord to	env coord from	env coord to	acc
1	16	0.37	43	5.9	0.7	2	23	118	140	117	140	0.95
2	16	0.00031	0.036	15.6	1.4	2	23	582	604	581	604	0.96
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Sequence Information

Coding Sequence: 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