Pcon014565.1
Basic Information
- Insect
- Ptychoptera contaminata
- Gene Symbol
- zfh2
- Assembly
- GCA_963942525.1
- Location
- OZ012640.1:273337-302522[-]
Transcription Factor Domain
- TF Family
- zf-C2H2
- Domain
- zf-C2H2 domain
- PFAM
- PF00096
- TF Group
- Zinc-Coordinating Group
- Description
- The C2H2 zinc finger is the classical zinc finger domain. The two conserved cysteines and histidines co-ordinate a zinc ion. The following pattern describes the zinc finger. #-X-C-X(1-5)-C-X3-#-X5-#-X2-H-X(3-6)-[H/C] Where X can be any amino acid, and numbers in brackets indicate the number of residues. The positions marked # are those that are important for the stable fold of the zinc finger. The final position can be either his or cys. The C2H2 zinc finger is composed of two short beta strands followed by an alpha helix. The amino terminal part of the helix binds the major groove in DNA binding zinc fingers. The accepted consensus binding sequence for Sp1 is usually defined by the asymmetric hexanucleotide core GGGCGG but this sequence does not include, among others, the GAG (=CTC) repeat that constitutes a high-affinity site for Sp1 binding to the wt1 promoter [1].
- Hmmscan Out
-
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc 1 16 0.59 39 4.9 0.6 2 23 500 522 499 522 0.94 2 16 0.00023 0.015 15.6 1.4 2 23 790 812 789 812 0.96 3 16 5.7e-05 0.0038 17.5 0.7 1 23 844 868 844 868 0.92 4 16 0.018 1.2 9.7 0.4 1 22 943 964 943 967 0.91 5 16 0.076 5 7.7 0.1 3 23 1534 1555 1533 1555 0.97 6 16 0.39 26 5.5 0.2 2 20 1602 1620 1601 1625 0.90 7 16 5.4 3.5e+02 1.9 0.6 3 23 1636 1659 1634 1659 0.83 8 16 0.003 0.2 12.1 2.0 1 23 1672 1694 1672 1694 0.96 9 16 0.0009 0.059 13.8 2.2 2 23 1701 1723 1700 1723 0.94 10 16 0.002 0.13 12.7 3.7 1 23 1798 1822 1798 1822 0.94 11 16 0.02 1.3 9.5 0.6 1 22 1843 1864 1843 1867 0.89 12 16 0.0088 0.58 10.6 0.1 1 23 1947 1971 1947 1971 0.93 13 16 1.6 1.1e+02 3.5 4.0 1 19 2104 2122 2104 2127 0.91 14 16 0.00014 0.0089 16.4 2.8 1 23 2701 2723 2701 2723 0.98 15 16 0.0025 0.16 12.4 0.4 1 23 2850 2872 2850 2872 0.98 16 16 0.00024 0.016 15.6 0.2 2 23 3170 3192 3169 3192 0.97
Sequence Information
- Coding Sequence
- ATGTATTTTGCTACATCGAATCAAACACGCGGTATTTATGTTGCGATCATGCGATGCtacaatgatgatgatgatgatcatGACAAAGAAAATACTAATATAGCCACGGAGTCGATTCATTTCGACAGCCGAGCATTAACGCTCGGCTCGGGGTCACACACTGTACCCCATTTACAATCAACACCAACATCACGTGCAGTTATACAATCATCAATACACaaatcaacaaatataaataaagatgaaaataatagCAATGAGCATAAAATTGATGGTGAAGAATATGCAGTGTTAAAGAAtttaacagcaacaacaacgacaacTTTACCACCATTAGAAGCTGTAACAACACCACCAGCaacagtgataacaacagtgGCAATAACAGCAACACCAAACACccaaCTAAAAAAAAGTGAAGAGGTGACAACATTTCATGGTGACAAAGAAGCTGAAAAGGAAAAACTAGACGACGAAAAGGAAgagaatttgaataaaaattgtgaaaaggataaagaaaatttaattaaagagatCAATAATATTGAAGAGAATATtgtagatttttctttaattaaattagaaaatatagtTGACGATAATAacgagaaaaaagaatttaaaaataaaaataacattaaagacttattactaaaaaatataaaaaacgaaaacgacGAAGACAAGGAAGAACCACCATTATTAATAACTACAACATTAAAGACTCCAATAACATCATCATTATCCTTatcatcaacagcaacagAAGCAGCAacatcattaataattattccaaAATTGCCTCAGCAGAAACAACCACGTCTAAACATTATACCACCAAAATCgccattattaacattatcatcaataaaatcatcatcaacaaaaaCCCTAACCACAACCCCAACGATAcacaaagataataataatttaaaacataaagcatcattattatcaatgCAAACAGCtattgataatataaataacgcagttttaaataaatttataacaagtaGTGTGGTGCAACAGCAACATCAGCAAACGCCACACCATCAGGAGAAACTTCAACAgatacaacaacaaaatataaagcaCCAAAGTggagaatttaattataaaaaaaataccgaGTTGTTGTTAAGTATGACTTCGCCACCACCGGAATCGCCGCATACAGAACCAGCACCAAGAAAACGTCGTCGAAAACGTGAAGATCCACAAAGTTGTTTTGCTAATTCTGAGgAATACGACTCAGATGATGCTTCACCCATATCATGTTCCGATGTTGAAAGTTTTCAAGGGAAAATCGTTTATAACCCGGATGGCAGTGCATACATTATTGATTCAGAAAATGACTCATTATCAAATATATCGGATAATTGTTTAACAGGTGTTACACCTCCAAATAATccaaaaattcattcatttcgTGTGGTAACAGCCAGAGATGCATCTACAAATATATCAgaaccaaataaaatatcaaaaccaATATTAATGTGTTTTATATGTAAACTTAGTTTCGGCAATACAAAATCATTTAGTTTGCATGCAAACAGTGAGCATATGCTTAATTTACATGaatcagaaaaattattattaaatcgtgAATATTCGAGTGCCATTATACAAAGAAATGTTGACGAGAAACCGCAAATATCATTTTTGGAGCCGCTCGATATGCATAAGCAGATGATGTTCGCCGaacaaaatatgcaaaaaaataatgattttgtaCCAATTAAAGGTTTTGTCAATAATCTAAGTGATTATCATCAACAAAATCAGACGTTGTcccagcaacagcaacaacaggcatcacaacaacagcagcagatatcacagcaacaacaattaaaTCAAAGTATGTCATCACTTACATCACCATCATCAACGTCGAGTAATGTTCCGGCGGCGGCATCAGCAGTTGCAGCAGCTGCAGCAGCAATGTCTGCTGCCACATCCAGTCAAGAAACTGGTACAACTGGTATCAACAGTAGTCAAGCTGTTAATGCAAaatttttcaatgatttttttcaacaacaacGAGAAATAATGCAACAATGTCCCGATCATCAGGGTATGAAAGGCATTGATTGCAAAAATTGCGAAATGATGAATATACCGATGATCAAATCTCCTATTACACCTACAAAATCACCAAATAGTATTAATATTACCCCAACACCTACATCACAATTAAATTTGTCACCAACAGCGGCACCCAGTTTTACAATAGGCGCGTGTCCCGAACATATTAATGGGCGACCGATTGGCGTTGATTGTCCAAgATGTGAAATGATATTGAATTCTGCACGTCTGAACAGTGGTGTCCAAATGTCTACTAGAAACTCCTGCAAGACGCTTAAATGTCCACAATGTAATTGGCATTACAAATATCAGGAAACATTAGAGATTCATATGCGTGAGAAGCACCCAGATGGTGAAAGTGCATGTGCTTATTGTCTGGCCGGACAACAACATCCTCGTTTAGCACGCGGGGAATCGTATACGTGTGGCTATAAACCGTATCGTTGtgaaatatgtaattattcAACAACAACCAAGGGTAATTTATCAATACATATGCAAAGTGACAAACATTTAAACAATAtgcaagaattaaataattcgcaAAATATAACAACGGCAGCAGTTGTTGCAGCGGCTGCTGATCAGCAAATACGTGAAAGtcctaaaatattattaccgaATATAaatcagcagcaacaacagcaacagcaacaacagcaacaacaacagcaacagcagcaacaacagcaacaacaacaacagcaacaacaatcgTCAAAACCGAAGCCCAGTTTCCGTTGTGATGTATGCTCATATGAGACAAGTGTGGCGAGAAATTTACGAATTCATATGACAAGTGAAAAACATACCCATAATATGGCGGTACttcagaataatataaaacatttgcaGGCATTGAGTTTTATTCAAAGCCAAAATCTTGGACAAATGCCTAATTTACCAGCTGGCCTCCCAGCAATCGGTCAAAATATGCCAAATATATCACAAAATATGCCGAACATGCCCAGTTTGTCAGCTGTACAAAACTTGTCCAATTTGCCAAACCTACAAAACTTCCTGCCAGAAGCAGCCCTAGCCGATCTTGCCTACAATCAAGCTCTAATGATTCAATTACTACATCAGAATTCTGGTGCACTCAGTGGTACAAATCCCTCATCGAATACGTCAGCGGTATCGAATATTCCTGGTACTATTGAACCAGACCATGGACTAAATCCAGACTCATTTGAACCGCCAATCGAACCAGATACTCGCCCGACAACACTATTCAGTTGTCTTGTGTGTGCctcatttaatacaaatacaatTGAGGAACTAAACAATCACCTATTAATTGATAGATCACTTTATACattacaacagcaacaatgcaccgatttatcaataatcagtggcaatacaaataataataataataatagtaatatcgCGAATAATTTAACtgatcaacaacagcaaaggGACAATAATGATACAAATCaattaagcaataataatttattaacgatAAATACGAGTACACCACCATCAACAACATTACAATCAGCGGTATCACCGACAACTGTTGTATCTTCTTCAACAGGAGGAGGTATCAGAATTGGTTCACCATTATCACCTATAACACCATCGGTGACACCaggattattaaataatacaaataatgaatttaatacgataacaaaatcaacaacacCAACAACACCGACAACAGCAATAACATCCACAACAAATATTACTGGTAGCAGTAACAGTGGTAGtgttaatagtaataacaacGTTAATGATTGTAATAACAGCATTAATAATGCAAGTGgtattatcaataatagtaacaatataaataaagtgttaTTTTGTCAATTGTGTAATTATAAAGCAGCGAATATATTACAAATGATACAACatgttaaaagtttaaatcaTGTACAAATTGagcaaataatttgtttacaaaGACGTAGTGAAAATTTGGATACATTGGAGCTGGGCGATGTCTTTAAAATTGTCGATATTGatGTAAAGAGTGAAAAGACAAGCCCACTTAATTCACcagtgaataaatatttaacgattCAGAATACAGTGGGTAGTGGTGAATCTATCAGTGGTTTTAGTGGTAGTGATGTTGGAGGTGGTGTTGTTGGTAGTGGCATACAATCGGTATCTGGTGGTGCACCTGgtacaacaatattaaaatgtaataattgtgATTATATTGCCGATACAAAATGTGAAATCgatcaacattttattaatgttcatccaaattgtacaaataatgaaataattgtaataccATCAAGTTCACCTCAATCAGTTAATGCGGCTGCAGCAGCAGCATTGCTATTACATAGTACtggtaataaaacaataagacCAACAATGACACCGCCAACTAGTACATCTATTGTCGATGATGATATTAAATCATCAAGTGGCAATGGTGATGATAAAATGGATGCAGAGTCTGATTGTGGAGTTGATCTAATGGAGCAAGAAATTGATCCGATGGATGTTCATGATAGTGAAATGATTGGACTCTTATGTCCATTGTGCCAAGATAATTTTGCTGATAAAAAATCATTGGAAAATCACGTAATGTCCGTTCATAGTGTTAACAGTGATGGTTTGACGAGACTTTTACAATTAGTTGATACTAGTCACTggttaaatagtaaaaaaagtcCGGACCAACAAAGCAGTAGCTCAGAAACGGCTAAATGTGGTAATGGTGGTGATGCAGATATCGAATGTACTGTTTGCTTTATGAGTTTTAAAACAATGCAAGATCTATTACTGCACGCCAGTGAAAATCAACATTACAGTTTGCAGCCCGGTGACACCTATGCTTGTATGCTAAAATCGTGTGGACAACAATTTCATAATGTTGGTTCCTTGATAGCACATTTTAAAGACAGTCACATGAATATTGTCATATCTGAACG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- Protein Sequence
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