Basic Information

Gene Symbol
JARID2
Assembly
GCA_001465965.1
Location
NW:142344-150668[+]

Transcription Factor Domain

TF Family
ARID
Domain
ARID domain
PFAM
PF01388
TF Group
Helix-turn-helix
Description
This domain is know as ARID for AT-Rich Interaction Domain [2], and also known as the BRIGHT domain [1].
Hmmscan Out
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc
1 1 8.6e-23 1e-19 69.8 0.0 6 89 1414 1495 1410 1495 0.94

Sequence Information

Coding Sequence
atggtCTTAAGtcgaaatgataaaagaaaaaggaaggaaggtgaTCTGGTTGATCTTATGGAGCCTGTTTCGGAATCACCGAAAagAGCTAAGGTTCATGCACAAAGGAAATTTGCACAAGGTGCTACGACGGTTTTTAATTTACCACCGACACCTataaaggataaagaaaaagctaAACCTGCTGTAATAACTGAATTGATTACACATAAACGTCCTAATACAGAAGactttttaacttttctatgttttcgaggAACATCACTTTTACCACCGAGtctaaatttctttaatattggaagtaaaaaggaaaaacaaacaCCTAAAATTTCGTCCAATGGTGTAACAGGAAAGACCACTACATCTTCGACTACTCCAGTGACAGAACAAAAATCCGATTCGTCTAAtccaaaaaatgttaataaagttaaaaatgttGTGACAGAGAAGAAAGATGCTTCTAATGAAATGTCgaaaaatgttaacaaatttaaaactaCGGCGTGTACAGTTCAAGcacttaagaaaaaatatcaagaacAACGTCTTGCCAAGCagagaattaaaagaaaatttaaaagttcTTGTATCATACGTACAAGATCGTGTTCAGAAAGGCCAGTGTTAAAATCAGGAAGTACATTAACTTCCAAGAAATTTCTTACCAAATTTGATAGTAATAAAAGACACAGTTTAAGGAGTAGcactttattaaataaatctaagaAGGAAACTCCTAGAACAAAACCTGTTTTAGTtaaaccaaagaaaaaaattctcattaaagaaagaaacagcgATACATCTAATCAAGATTCGATGAATGATGAAGATGAATTATCTTTAGAAAAGTCAATTTCACAAATGAAACAACTACGTACAATGCACAAACCAGTACAGAAAAGTATATGCACCAGAAGTAAAACGGAAATGCGAAGAGTAACTCGATCACATAGTCAACGAACATCTGCGAAGGATCCTTCACGTAGACCAACGAGAAAGACCAAAGAAGCAGCAGCCGTTTATATGGAAATTCTTGGAAGAAAATTAGTTAGTCCTGATTTGGATAACGATGATAATCTATCTGTCGACAGTTTTCCAGAGTTACCAAATGCTCGTAAAATAGCACAaacagaaaatgaaatgaaagctAAGATCAAACAGTCGACGAATAAATCTGTAGGTAAAACTAAAGATACAAGATCAACTGCTGCATCTACTGGTATGACTAGACGTTCGGATAAGGATGTATCTAATAAAATGGCacttaaaagtaaaagattgGTTAAAGTTCAAAAATATTCTGAAACAGAAAGTGAGGAAGAATCAGAGAAGTCTGTTGAGACTAGTAATGCAAGACCTATTACCAGACAAAGTTTAGGTAAATTAAACAAACCTATAAGTCGTAGTCTTAGATCTTCTTCTAAAAATGTAGCCACGAAATTAGAATCTCAAAATAATACGAGTACTaataagatgaataaaaatcaaaatttaactAAATCTAGTAAAGATAAATTAGCATTGAAACGTAAACGTAATCAAAGtgctaataataaagaattacCATCAGACAAGCAGGAGGATCAATCTAATAATCAAAAGGatactaagaaaaataataataataataatggagaTAATAATACTGATTCGGACGAAGAAACATTAGGaatgattttgaataaattaagaaagaaaaaggtctgtaataacgatgaaaaattaaatactactgttgttacggaaaaaataaaagaaactaatgaATGTTGTACAAAGATGTGTGGTACTAAATTagatttatctaaaatatcgGACGACGAGGAATCATTTCGTGGATTTACTAAGAAAGCGATTTCAACGGTATTAAATTCGTGTCATACACACGCAAACGCAAATCTTCTTGTAcccgaagaagaagatggaaaTTCGTATACGCTTAAAATACAAAGTGTGTCGCGCGATGAAAATTCATTAACGATACAAAAACACAATGTTTCAAGAAACAGTAATTCATCGCCAATTACAACTATACAAGAGCAAGAAACAGCATCAGATTTACCAACTTCCGTTCAATTGCAAATACCAATGTTACAAAAGACGAAAGAAAGTCAATGTAATCATGAAAAAATCGAATCTAAAAATATCGTCGATATACCTTTGTCAGCTTTGCacatgagaaaagaaagagtcaATATGTCTACCGAACAAATAGAGAAATGGTTAAATGAAAGTTCATTAGCCAAGGAAGAAAGTAAATtagaaatggaaaatatacctagttttaaatataatgagcCTATTATTAATacggataaattaaaaatcgatGTTCCACATTTATCCATACCGACCAAAATTCAACATTTAGTAAGACCCGTTAATGTAACACTTTCCAAATTAGCCGATAAATCTAAAGATCATTTGTTAATTCAAGAAAAACATAATTCTACGTTCCCATTGGATCCACAAATTATAGATCTTAAATATCCAAATGTTCATAGTAGTAAGATTAAAATGGAGAATACTTGGAAAGATTTGATTAGAGAAGACAATCTGCATAAGGATTCATCCTTCGGCGTATATGGAAAAACATTTAAACCAGATCTATCTTTAATAGAATCTAATCTTAGTAATTCTCCGGAAAAGAAATCACaaggtgaaaaaaaatcaatatttcaaGGACGAAAAGGATTTTTACCTAAGattaaggaaagaaaagttaCAATTAATTCCAATGCATTTTCTCCTGAAAATGAGAGCAGCGTTTATGCATTTGAAAGTGATACTGAAGTACCTGTTAATACGCCATTCAGAAGAAAAATTCGTGATTGCACTAAATCTATGGACGTTGGAACAATATCggaacaaaaaatgtatgaaacaacggaagaaaatacgaaaaacgTTCAtcttaatgtattaaaaaatcaagatGAGATTGTTAATCCTAATACAATTAGTATCAATACTTCTGTTGCTACTACTAACATTGTTAAtactataacaaataatactgCCACGAGTAGTACTACAACTGCCACTGCCACAGCCACAGCCACAAGTACTATGATGGaacttgaaaataatgaaataaaaacttcTTCAGCAAATGCAGCAGCATCATTGGGCATAAACAAGCTCGAGTTGCCACAGAATTTTGCAAGTTTAACTAACGTACAAGTATTATCTTTAGATAAGTTGACTACATCTTGGAGTGATGTGAATTGTAGCACTTCGATAGCTGTTCAAGTCAACTTCGATGATTGCGTACAAAAgcaagaacaagaagaaacaacaaacGTGACACAACAGAAAAGTATTGAGATATCTACACAAACTGACAATAGTAATTTGAACAGTGACAATGATGGTCAATTGTTTTACATTCCATTGCAAGCAGTTACAAGAGCAGGTCCCAATTTAATTCCAAGTCAACAATTGATACAAGGGGTTGCTGTTAAATTGGGTACCGAAGGACCAACTGGCCCAAATCAAAGAGTTCTTCTACGTGCAAAATTAGTTACCAAGCCACCATTGTCGATAGCTCGTTGTCCTCCTGTTGGAACAGTACAACCAACAACCCGAGTTACGCAAAATtcttcaattgaaaatttgacTCAATCTACGTCATCGACTGGATCAAATACTGCATTAAACATTGTATCAAACATTGCATCAAATGCTGCTTCATATACTGCACCAAATACAACTAATTTAATAATGGCTCCAACTGCTGTAACCACCTCTGAAACCTTTTCTATACCTTCGCCAACAAAATCGCAAGATGTTGTTGTGTCaggaacaaataaacaaaataatacaacaaagttaaacaataatacagataaattagtaaaagtaccgaaaaatcaaagagaaagaaaattatccgTGGATTCAGTTAAAATAGGAAAgagGTCTCAAGCAAAATCACGACAAAAGGGATCTGATATTTCTTTGTTAAGTAGCAGTACACTTTCAAGTGAAAGAATGTCAAGTAGCGAAGCTTGTCTAGTAGAAGCACCAACATTTCATCCATCGGAAAAAGATTTTCAAGATCCTTTGGAATACATTGATAAAATTAGACCAACTGTtgaaaaatttggaatttgTCGAGTTATTCCACCTCCTAATTTTAAGcCAGAGTGTAAAGTATCCGATGATATGCGATTTACTGCCTATAATCAATACGTACATCGTATGCTACACAGATGGGGTCCTAATGTGAAAGAAATGATggctattaaaaaatatttagcaACACAAAGTATAACTCTTACACGTCCACCatggattgGTGGCATGGAAGTTGATTTACCGCATTTGTATCAAACAGTTCAAAGTTTAGGTGGTTTGAAAGAagttattgaaaagaaaaagtggcAAAAGGTGGCAGATGGAATGAAAATACCGAAATCTGCACAAGATCGTGTCACTAAATTAGatgatatttattgtaaatatttattgccATATGATACTTTGTCGCCAGagGAAcgtagtaaattattttctgaagTTGAAGCCGAatggataaaaagagaatataaaacgTTACAAATGCAAGATACATCTACAACTGATAACGAAGATGACGAAGATGATGATACTTCAGATGAAATTGAAGAGTGTATTGTAAAAggCAGGAATATGCCTTTGAATGCCTTCTACCGAATCGCACGAAATACACAACGCATGTGGTTTGGAGAAAATCAACGTTCTGGAAATGAATCCGAAGGTGCATCTGCGGATGAAGTTGAATCTGCATTTTGGAAACATGTAACAGAAAGAAAACGTCATATCTGCGTGCATGCGGCAAGCATTGATTCAAGCGGACGTGGTTTTGGTTTTTCTGTTGCCAAAAATAGTCCATTTGCTAGACATCCATGGAATTTAAAAGTTCTTACTAATAATGCTGGATCAGTATTAAGAGCTTTAGGACCGTTAATGGgAGTAACTGTACCAACATTACACGTTGGTATGTTATTTACTGC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Protein Sequence
MVLSRNDKRKRKEGDLVDLMEPVSESPKRAKVHAQRKFAQGATTVFNLPPTPIKDKEKAKPAVITELITHKRPNTEDFLTFLCFRGTSLLPPSLNFFNIGSKKEKQTPKISSNGVTGKTTTSSTTPVTEQKSDSSNPKNVNKVKNVVTEKKDASNEMSKNVNKFKTTACTVQALKKKYQEQRLAKQRIKRKFKSSCIIRTRSCSERPVLKSGSTLTSKKFLTKFDSNKRHSLRSSTLLNKSKKETPRTKPVLVKPKKKILIKERNSDTSNQDSMNDEDELSLEKSISQMKQLRTMHKPVQKSICTRSKTEMRRVTRSHSQRTSAKDPSRRPTRKTKEAAAVYMEILGRKLVSPDLDNDDNLSVDSFPELPNARKIAQTENEMKAKIKQSTNKSVGKTKDTRSTAASTGMTRRSDKDVSNKMALKSKRLVKVQKYSETESEEESEKSVETSNARPITRQSLGKLNKPISRSLRSSSKNVATKLESQNNTSTNKMNKNQNLTKSSKDKLALKRKRNQSANNKELPSDKQEDQSNNQKDTKKNNNNNNGDNNTDSDEETLGMILNKLRKKKVCNNDEKLNTTVVTEKIKETNECCTKMCGTKLDLSKISDDEESFRGFTKKAISTVLNSCHTHANANLLVPEEEDGNSYTLKIQSVSRDENSLTIQKHNVSRNSNSSPITTIQEQETASDLPTSVQLQIPMLQKTKESQCNHEKIESKNIVDIPLSALHMRKERVNMSTEQIEKWLNESSLAKEESKLEMENIPSFKYNEPIINTDKLKIDVPHLSIPTKIQHLVRPVNVTLSKLADKSKDHLLIQEKHNSTFPLDPQIIDLKYPNVHSSKIKMENTWKDLIREDNLHKDSSFGVYGKTFKPDLSLIESNLSNSPEKKSQGEKKSIFQGRKGFLPKIKERKVTINSNAFSPENESSVYAFESDTEVPVNTPFRRKIRDCTKSMDVGTISEQKMYETTEENTKNVHLNVLKNQDEIVNPNTISINTSVATTNIVNTITNNTATSSTTTATATATATSTMMELENNEIKTSSANAAASLGINKLELPQNFASLTNVQVLSLDKLTTSWSDVNCSTSIAVQVNFDDCVQKQEQEETTNVTQQKSIEISTQTDNSNLNSDNDGQLFYIPLQAVTRAGPNLIPSQQLIQGVAVKLGTEGPTGPNQRVLLRAKLVTKPPLSIARCPPVGTVQPTTRVTQNSSIENLTQSTSSTGSNTALNIVSNIASNAASYTAPNTTNLIMAPTAVTTSETFSIPSPTKSQDVVVSGTNKQNNTTKLNNNTDKLVKVPKNQRERKLSVDSVKIGKRSQAKSRQKGSDISLLSSSTLSSERMSSSEACLVEAPTFHPSEKDFQDPLEYIDKIRPTVEKFGICRVIPPPNFKPECKVSDDMRFTAYNQYVHRMLHRWGPNVKEMMAIKKYLATQSITLTRPPWIGGMEVDLPHLYQTVQSLGGLKEVIEKKKWQKVADGMKIPKSAQDRVTKLDDIYCKYLLPYDTLSPEERSKLFSEVEAEWIKREYKTLQMQDTSTTDNEDDEDDDTSDEIEECIVKGRNMPLNAFYRIARNTQRMWFGENQRSGNESEGASADEVESAFWKHVTERKRHICVHAASIDSSGRGFGFSVAKNSPFARHPWNLKVLTNNAGSVLRALGPLMGVTVPTLHVGMLFTACCWYRDPHGLPWIEYLHTGAKKIWYGIPDEHNNNFKEALTRMVPQYCKNKTIWLPSDTAMVPPELLVSNGVSLCQTVQEPGQFIIVFPKAFTSSICTGYVVSESVYFAQPSWLETAEQVFKDIQDSCEPSIFSFERLLFNIINDSRSNIDILKQILPSVIQIREREIDHRKKLKSLGLINRQQLPLPDSGKRGKGKKVKEDDGDFECETCRANLFVSLVNNSQDDSVYCLTHALQVLGKNKSILKNCTLMYTYSEDELDDLINKLKDKIEAKSKKTNQIKQSK

Similar Transcription Factors

Sequence clustering based on sequence similarity using MMseqs2

100% Identity
iTF_01513259;
80% Identity
-