Basic Information

Insect: Poecilobothrus nobilitatus
Gene Symbol: RREB1_1
Assembly: GCA_947095535.1
Location: OX352772.1:27439998-27447518[-]

Transcription Factor Domain

TF Family: zf-C2H2
Domain: zf-C2H2 domain
PFAM: PF00096
TF Group: Zinc-Coordinating Group
Description: The C2H2 zinc finger is the classical zinc finger domain. The two conserved cysteines and histidines co-ordinate a zinc ion. The following pattern describes the zinc finger. #-X-C-X(1-5)-C-X3-#-X5-#-X2-H-X(3-6)-[H/C] Where X can be any amino acid, and numbers in brackets indicate the number of residues. The positions marked # are those that are important for the stable fold of the zinc finger. The final position can be either his or cys. The C2H2 zinc finger is composed of two short beta strands followed by an alpha helix. The amino terminal part of the helix binds the major groove in DNA binding zinc fingers. The accepted consensus binding sequence for Sp1 is usually defined by the asymmetric hexanucleotide core GGGCGG but this sequence does not include, among others, the GAG (=CTC) repeat that constitutes a high-affinity site for Sp1 binding to the wt1 promoter [1].
Hmmscan Out: # of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc

1 14 0.00032 0.053 15.9 0.1 1 23 465 487 465 487 0.99

2 14 0.00071 0.12 14.8 0.2 1 23 497 519 497 519 0.98

3 14 5e-05 0.0081 18.4 7.5 1 23 525 547 525 547 0.98

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8 14 0.0018 0.29 13.6 2.0 1 23 1282 1305 1282 1305 0.97

9 14 0.001 0.16 14.3 2.2 1 23 1682 1705 1682 1705 0.96

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11 14 0.31 50 6.5 6.3 1 23 2048 2071 2048 2071 0.96

12 14 6.3 1e+03 2.4 6.5 1 23 2179 2202 2179 2202 0.96

13 14 0.018 2.9 10.4 0.5 3 23 2254 2274 2252 2274 0.96

14 14 0.005 0.82 12.1 4.7 1 23 2280 2302 2280 2302 0.99

#	of	c-Evalue	i-Evalue	score	bias	hmm coord from	hmm coord to	ali coord from	ali coord to	env coord from	env coord to	acc
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Sequence Information

Coding Sequence: 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AATGCCAAAACAAAAACAACGGCGTTATCGTACAGAGCGTCCATTTGTTTGTGAACATTGTTCGGCTCGATTTACACTTCGTTCTAATATGGAACGCCATATTAAACAACAACATCCGGAATTTTGGGAAGAAAGACAACGTTCCGGACAACATGCTATGCGAGGACGTGGCAGTAATTCAAATTCTATGTCACATATGCAATCATCGCATTTAAGAGCTCAAGTGCCAAATTCATTACCATCAAATCATTTTGGCACTATATCAGATCAAGTTAAATACGCTCTTCTAGCTCAACAATTAAAGGTGCGCAAAGATACTGATATCCTACAACAAGCTTTAACGCAAGGATCTaatggcgcttcttacaacaacaatcccgcacatggtaatggaagtcttgaagatgatgataatgatcctaaactaattattgatgaagatgatgatgttgaagaaattgatgatcaagacgatcttgaagatgaatttggtgaaaatgataatgaaaatcccaaagacgagcaaccagatgagaacaatgatATTAAAGTTAAAAACTTACAACAAAAAGAAAAAAATAATCGTAATATAGCAAATAATATGCTGGGAGCTAAAAAAGTTGCTGAAACAATTTTAGAACAAGCTATTAAATCTGGTAGCAGTGCAGTTAACAAGCAACTTTCTTCAAATTTAAAGTCAAATGAAGAAAATCTCAAAATTGCCAACAATATGATTGCCCGTGCCGAGTCTGTAGGTAAATACCTAAAAGAAGTAGCAAGCTCATCTTTTAAATCTGAAGAATCGTCTGATTTAGCATCTGTATCAAAATTGGTTGATAACGCAACAAATAATACGATGTCATTTAATAATTACTTTAAACCAAATGATATGACTGAATCAACAAATAATGTTAATCATATGGAACAAAGTGATGAAGAAGGTTTGGTTGCATCTGGTAGTGCATCAGATAACAATTCAGGAGCTGAAGAATCAGTACAAACTAATATACCTGGTCAACAAAAGAAAAAATCTGCTTATAGTTTAGCACCAAATCGTGTACCATGTCCATATTGTGATCGAATCTTTCCATGGTCAAGTTCATTGCGGCGTCACATTTTAACTCATACCGGTCAAAAACCATTTAAATGTTCACATTGTCCCTTATTATTTACAACAAAAAGTAATTGTGATCGTCATTTATTACGAAAGCATGGCAATGTTGAATCAGCTGTTTCACTTTATGTTCCTATTGATGATATGCCAGATCCAGTTCCAATGCCTAAAGCTGTTGCAGAAGCTTTTCAAGCAGCTAAAGCAGCTGCCGCCGCATCAAATAATAATACAAATAATTTATTATCAGTTCAACATCAATCCCAACATCATCAACAACAACAACAACAACAAAAAAAAATTGTAAATTCTGATGAAAATCAAGAAACTATTTTAAAACATCAAAATTCAGCACAAATTATAACAGGTTTATCAAAACCAGAACAACAAACAATTGTACAAATTTCATCAACTGATTTACCATTTAAATGTCATTTATGTGATAGTTCATTTAGTGAACGTATACATTGTTTAGATCATATTAAATCAAATCATATACAAGAATTTTCATTATTATTGGCTAAAGGTGCTATTGATACAGAAATTGATTTAAATTCAATACAAATTCATAATTCAACAACTGAAGAAGATGATAAACGTGATGATGGACGTGGTAAATATCCAGATTATGCTAATCGTAAAGTTATTTGTGCATTTTGTGTACGTAGATTTTGGTCAACAGAAGATTTAAGACGTCATATGCGTACACATTCTGGTGAAAGACCATTTCAATGTGAAGTATGCCTTAGAAAATTTACATTAAAACATAGTATGCTTAGACATATGAAAAAACataatggtagtaatcataataatcaaatgataacacaaaatagtggttctgattgttcagatgatgaacaaccatcaacaacaaatatgatttcagtaaattcattaagaaatcataaaattcatgaacttttaaataaagttaatggtaacaataacaatattaataataataataataataataataataataataataataatggtggtaatgattggcataataaatctgaagacaataatgatattacaacaaattcaatacttaataataattttactaatactacaactaatactacatgtggtcctactactggtaataatggtactaatTCTGATTTAATTGGAAATTTACTTGGTATTAGTGATCAAAGTTTATTAAATAAATTTTTAACAAATCCTGGTGAAGCTGCAAAATTTTTTGGTGTTGAAAAATAG
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Similar Transcription Factors

Sequence clustering based on sequence similarity using MMseqs2

100% Identity: -
90% Identity: -
80% Identity: -