Pcor021311.1
Basic Information
- Insect
- Pherbina coryleti
- Gene Symbol
- -
- Assembly
- GCA_943735905.1
- Location
- CALSEP010000760.1:147276-155683[-]
Transcription Factor Domain
- TF Family
- HTH
- Domain
- HTH_psq domain
- PFAM
- PF05225
- TF Group
- Helix-turn-helix
- Description
- This DNA-binding motif is found in four copies in the pipsqueak protein of Drosophila melanogaster [1]. In pipsqueak this domain binds to GAGA sequence [1].
- Hmmscan Out
-
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc 1 2 1.3e-08 2.6e-05 25.0 0.0 1 43 264 306 264 308 0.89 2 2 5.5 1.1e+04 -2.6 0.0 27 44 363 381 363 382 0.81
Sequence Information
- Coding Sequence
- ATGTTAATGTTAATGTTAATGTTAATGTTAATGTTAATGTTAATGTTAATGTTAATGTTAATTGTCAATATTAATATTAATGTTAATGTTAATGTTAATCTTAATCTTAATGTTAATGTTAATGCTAATGTTAATGTAAATGTTAATGTTAATGTTAATGTTAATGTTAATGTTAGTGTCAATATTAATATTAATGTTTATGTTAATGTTGAAGTTAATGTTAATGCTAATGTTAATGTAAATGTTAATGTTATTGTTAATGTTAATGTTAATTTTAATTTTAATGTTAATGTTGATGTTAATGTTAATGTTAATTTTAATGTTAATGTTAATGTTAATGTTCATGTTCATCCAACATGCAATGACTACTATGCACCCAATGACTTTTATCGCCAAAATTTTATACCGAAAGATATTTTGCTAGACACCAAGCATTTCCTGCTTAATGACATTCCCAACGCTGAGATTGAAATTGCTGAGAAACTTCCTTTGAGCACAATAGAAGATTTATACGACATGGATAATCGACTACAAAATCCAGACTTTGCAGAATCAATGAAAAGCTATCTGATAAGATTACGAGGAATTTCTTGTTCAATTGACGAGGTTTTCAAAAAGATTATCGACGATCGATGTATAGACGAGTTCAACTGGGATGGTCGCAGTGGCAAGCGATCGATGTCAAAACTAATCATATTCAATCAAATATTCTTTGATCTCTTCTTCCCACTTGATCGCAAGGAAGTGGAAAAACAGCTGCGTAGATCGGTAAATAAATCAAAAAAATATTCCGAGGAATCGTTGGTACTTGCCATGCAAGCGGTGCGAAGTGGCAATATGACTAGATACAAAGCGGCAAAAACATTTCAAATTCCCCCACAAACGTTGATGGACAAACTCAAGAATAAATATACGAAACAGAAAAATGCGGGCGCTGTGCCCGTCCTGACAGCGCAGGAAGAAGATCGCATTGTTGCCTGGGTGCATTCCTTAGAAGAATTAGGATTTTCCATCTCGAAAGAACAACTTAATCTCAGCGTAACTAATTTGGTCAAGGAACTAGGACGTTCGAATAAGTTTAAAAATGGTATACCCAGCCGAAATTGGTACAATCGTTTTTTACAAAGAAATCCCACCGTTATGCCAAAATTATCACAGCACCTGGCCGCATCACTCGATGAGAATTTCATCAGAGCATGGTTTCAAAAAGTCTACACCTACATTCAAACTTACGATAGTCTGGATATTTTTGAGAACCCAAGCAGAATTTTCAATTACAATGAGTTGAGGCTACTTCTCTGTACCGATGATCAAGCAGTCGCTTCGCGCCTTGATGGAGAAACAGTCAACAATAATGTGGAATGTCGTCTTACCTTATCGCTTGGTGCATCAGCCGACGGCAAACTTATGCCCTTATTTGCTCTACTTCCATATAATAGAATGCCACAGAACATCATGCAAAAATGTCCCCAGAATTGGACGATATGCAAGAGCGCTTTCAACGGCTGTATGACTTACCAAACTTTTTACGAATATATTGCAAATGTTTTCGCTCCATTCTTAGACCGCGAAAACATTAAACGACCAGTAATGCTCTACTTAAATTATAATTATCAGCATTTGTCTATACCGCTGACCGATTTCTGTAGAAGTAACGGTATCATTCTAATAGCCTTGCCACCGAACTCGTCGTCGAAATTACTGCAACCGCTTCATGTGCCAATTTATGAGAAAATATTAAATTCATGGAAACAGTCTGTATCGGCTTGGAAAATACAAAACAGCGGTGCTACCTTAGAATTTAAGAGTTTTGCACCACTTCTGCAGGGATGTATTCAATCAACTTTAACGTCAGAAATCCTGCAAAATGGATTCCGTGATTCTGGTCTCTATCCATATGAGCCAAATGCCATTGATTACACTCAATTGGAGCAAAAATTCGAAGGATTTTGA
- Protein Sequence
- MLMLMLMLMLMLMLMLMLMLIVNININVNVNVNLNLNVNVNANVNVNVNVNVNVNVNVSVNININVYVNVEVNVNANVNVNVNVIVNVNVNFNFNVNVDVNVNVNFNVNVNVNVHVHPTCNDYYAPNDFYRQNFIPKDILLDTKHFLLNDIPNAEIEIAEKLPLSTIEDLYDMDNRLQNPDFAESMKSYLIRLRGISCSIDEVFKKIIDDRCIDEFNWDGRSGKRSMSKLIIFNQIFFDLFFPLDRKEVEKQLRRSVNKSKKYSEESLVLAMQAVRSGNMTRYKAAKTFQIPPQTLMDKLKNKYTKQKNAGAVPVLTAQEEDRIVAWVHSLEELGFSISKEQLNLSVTNLVKELGRSNKFKNGIPSRNWYNRFLQRNPTVMPKLSQHLAASLDENFIRAWFQKVYTYIQTYDSLDIFENPSRIFNYNELRLLLCTDDQAVASRLDGETVNNNVECRLTLSLGASADGKLMPLFALLPYNRMPQNIMQKCPQNWTICKSAFNGCMTYQTFYEYIANVFAPFLDRENIKRPVMLYLNYNYQHLSIPLTDFCRSNGIILIALPPNSSSKLLQPLHVPIYEKILNSWKQSVSAWKIQNSGATLEFKSFAPLLQGCIQSTLTSEILQNGFRDSGLYPYEPNAIDYTQLEQKFEGF
Similar Transcription Factors
Sequence clustering based on sequence similarity using MMseqs2
- 100% Identity
- -
- 90% Identity
- -
- 80% Identity
- -