Pmne021690.1
Basic Information
- Insect
- Parnassius mnemosyne
- Gene Symbol
- -
- Assembly
- GCA_963668995.1
- Location
- CAVLGL010000080.1:41177587-41200243[+]
Transcription Factor Domain
- TF Family
- HTH
- Domain
- HTH_psq domain
- PFAM
- PF05225
- TF Group
- Helix-turn-helix
- Description
- This DNA-binding motif is found in four copies in the pipsqueak protein of Drosophila melanogaster [1]. In pipsqueak this domain binds to GAGA sequence [1].
- Hmmscan Out
-
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc 1 3 0.014 4.8 8.9 0.2 3 29 631 657 629 659 0.90 2 3 3.1e-12 1e-09 39.8 0.1 4 45 1102 1144 1099 1144 0.95 3 3 2.8e-17 9.4e-15 56.0 0.0 1 43 1151 1194 1151 1195 0.96
Sequence Information
- Coding Sequence
- ATGCTTACGGTCAGCGCTCACCTTGTCTCACTAACATGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGGGCGATGCAGAACTGCACGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTCTCCGCTAACACGGCCAGCAATGCTTACGGTCAGCGCTCACCTTGTCTCACTAACATGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCAGACCTGCACGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTCTCCGCTAACACAGCCAGCAATGCTTACGGTCAGCGCTCACCTTGTCTCACTAACATGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGGGCGATGCAGACCTGCACGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTCTCCGCTAACACGGCCAGCAAGGCTTAGGGTCAGCGCTCACCTTGTATCACAGACTCGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCAGAACTGCGCGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTCTCCGCTAACACGGCCAGCAAGGCTTAGGGTCAGCGCTCACCTTGTATCACAGACTCGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCAGAACTGCGCGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTCTCCGCTAACACGGCCAGCAAGGCTTACGGTCAGCGTTCACCTTGTCTCACTAACATGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGGGCGATGCAGACCTGCACGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTCTCCGCTAACACGGCCAGCAAGGCTTAGGGTCAGCGCTCACCTTGTATCACAGACTCGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCAGAACTGCGCGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTCTACGCTAACACGGCCAGCAAGGCTTAGGGTCAGCGCTCACCTTGTATCACAGACTCGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCAGAACTGCGCGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTCTCCGCTAACACGGCCAGCAAGGCTTATGACTCGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCAGAACTGCGCGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTCTCCGCTAACACGGCCAAAAAGGCTTACGGTCAGCGCTCACCTTGTCTCACTAACATGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCAGACCTGCACGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTCTCCGCTAACACGGCCAGCAAGGCTTACGGTCAGCGCTCATCTTGTCTCACTAACATGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGGGCGATGCAGACCTGCACGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTCTCCGCTAACACGGCCAGCAAGGCTTACGGTCAGCGCTCACCTTGTCTCACTAACATGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGGGCGATGCAGACCTGCACGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTCTCCGCTAACACGGGCAGCAAGGCTTAGGGTCAGCGCTCACCTTGTCTCACTAACATGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGGGCGATGCAGACCTGCACGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCCGAACACTCTCCGCTAACACGGCCAGCAAGGCTTACGGTCAGTGCTCACCTTGTCTCACTAACATGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCAGACCTGCACGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTCTTCGCTAACACGGCCAGCAAGGCTTACGGCCAGCGCTCACCTTGTCTCACTTACATGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCAGACCTGTGCGCTGCGCTGTACGCCTTGCGTGCCGGAACACTCTCTGCTAACAAGGCCAGCAAGGCTTACACGGTCAGCGCTCACCTTGTATCACAGACTCCCTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCAGACCTGTGCGCTGCGCTGTACACGCCCTGCATGCCGGAACACTCTCTGCTAACAAGGACAGCAAGGCTTACGGTCAGCGCTTACCTTGTTTCACAGACCCCCTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCAGAACTGCGCGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCTTGCCGGAACACTTTCTGCTAACACGGCCAGCAAGGCTTACGTTCAGCGCTCACCTTGTCTCACTTATTCGTTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCTGACCTGCGCGCTGCGCTGTGCACATCCTGCGTGCCGGAACACTCTCCGTTAACACGGCCAGCAAGGCTTACGGTCAGCGCTCATCTTGTCTCACTAACATGCTCACTTACTTACAAGACCTGGAGCGATGCAGACCTGCGCGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTCTCTGATAACACGGCCAGCAAGGCCTACGACTCCCTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCAGAACTGCGCGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTTTCTGCTAACACGGCCAGCAAGGCTTAGGGTCAGCGCTCACCTTGTCTCACTTACTCGTTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCTGACCTGCGCGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTCTCCGCTAACACGGCCAGCAAGGCTTACGGTCAGCGCTCACCTTGTCTCACTAACTCGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCAGACCTGCGCGCTGCGCTGTGCACGCCTTGCGTGCCTGAACACTCTCCGCTAACACGGCCAGCAAGGCTTACGGTCAGCGCTTACCTTGTCTCACTTACACGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCTGACCTGCGCGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTCTCTGCTAAACAAGGCCAGCAAGGCTTACGGTCAGCGCTCACCTTGTATCACAGACTCGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCAGAACTGCGCGCTGCGCTGTGCACGCCCTGCGTGCCGGAACACTCTCTGCTAAACAAGGCCAGCAAGGCTTACGGTCAGCGCTCACCTTGTATCACAGACTCGCTCACTTGCTCACAAGACCTGGAGCGATGCAGAACTGCGCGCTGCGCTGTATCCCGAGCAGCACCCTGTACAAGATCGCGCGGCGCGAGGGCATCCGGCTGGCGGCGCCGTTCAACGCGGCGCCGACGGCGTGGCGCCGCAGCGACCTGCAGCACGCGCTCGCCGCCATCCGCTGCGGCGCGGCCTCCGTGCAGCGCGCCGCCGCGCAGTTCGGCATCCCCActgGTACTCTGTATGGAAGATGCAAAAGAGAAGGTATCGAGTTATCTCGATCCAACCCTACGCCTTGGTCGGAAGACGCTATGGGGGAAGCGCTAGAGGCAGTGAGGGTCGGCCAAATGTCCATCAACCAGGCGGCAATACATTACAACTTGCCGTACTCCTCCCTGTACGGCAGATTTAAGCGGTGTAAATATCAGCTTCAGGGTCAATCAGTTCACCAATCAGAAATGcagaaaaatatagaaatagatcAGCAACACCAACAACAGGATCAGGAGCCCTTCTACCATTCTTTACCATCTCACGCTGATCCTAACACGTCGGACGATCAAACGAACGTTCAAATACCGTACAGTCAACTATTGAGTGAAGTCCACGATACCATGCACGGTCACTTGGTACTGCAGGAGCAATATGGCGGGCAGGGGCTTTACTACACGCAAGGTTACTACAGTGGGATGGCCACCAGTTGA
- Protein Sequence
- MLTVSAHLVSLTCSLAHKTWGDAELHAALCTPCVPEHSPLTRPAMLTVSAHLVSLTCSLAHKTWSDADLHAALCTPCVPEHSPLTQPAMLTVSAHLVSLTCSLAHKTWGDADLHAALCTPCVPEHSPLTRPARLRVSAHLVSQTRSLAHKTWSDAELRAALCTPCVPEHSPLTRPARLRVSAHLVSQTRSLAHKTWSDAELRAALCTPCVPEHSPLTRPARLTVSVHLVSLTCSLAHKTWGDADLHAALCTPCVPEHSPLTRPARLRVSAHLVSQTRSLAHKTWSDAELRAALCTPCVPEHSTLTRPARLRVSAHLVSQTRSLAHKTWSDAELRAALCTPCVPEHSPLTRPARLMTRSLAHKTWSDAELRAALCTPCVPEHSPLTRPKRLTVSAHLVSLTCSLAHKTWSDADLHAALCTPCVPEHSPLTRPARLTVSAHLVSLTCSLAHKTWGDADLHAALCTPCVPEHSPLTRPARLTVSAHLVSLTCSLAHKTWGDADLHAALCTPCVPEHSPLTRAARLRVSAHLVSLTCSLAHKTWGDADLHAALCTPCVPEHSPLTRPARLTVSAHLVSLTCSLAHKTWSDADLHAALCTPCVPEHSSLTRPARLTASAHLVSLTCSLAHKTWSDADLCAALYALRAGTLSANKASKAYTVSAHLVSQTPSLAHKTWSDADLCAALYTPCMPEHSLLTRTARLTVSAYLVSQTPSLAHKTWSDAELRAALCTPCLPEHFLLTRPARLTFSAHLVSLIRSLAHKTWSDADLRAALCTSCVPEHSPLTRPARLTVSAHLVSLTCSLTYKTWSDADLRAALCTPCVPEHSLITRPARPTTPSLAHKTWSDAELRAALCTPCVPEHFLLTRPARLRVSAHLVSLTRSLAHKTWSDADLRAALCTPCVPEHSPLTRPARLTVSAHLVSLTRSLAHKTWSDADLRAALCTPCVPEHSPLTRPARLTVSAYLVSLTRSLAHKTWSDADLRAALCTPCVPEHSLLNKASKAYGQRSPCITDSLTCSQDLERCRTARCAVHALRAGTLSAKQGQQGLRSALTLYHRLAHLLTRPGAMQNCALRCIPSSTLYKIARREGIRLAAPFNAAPTAWRRSDLQHALAAIRCGAASVQRAAAQFGIPTGTLYGRCKREGIELSRSNPTPWSEDAMGEALEAVRVGQMSINQAAIHYNLPYSSLYGRFKRCKYQLQGQSVHQSEMQKNIEIDQQHQQQDQEPFYHSLPSHADPNTSDDQTNVQIPYSQLLSEVHDTMHGHLVLQEQYGGQGLYYTQGYYSGMATS
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