Nfla021718.1


Basic Information
Transcription Factor Domain
Sequence Information
Similer Transcription Factors

Basic Information

Insect
Nineta flava
Gene Symbol
NSD1
Assembly
GCA_963920215.1
Location
OY986045.1:42882454-42907372[-]

Transcription Factor Domain

TF Family
zf-C2H2
Domain
zf-C2H2 domain
PFAM
PF00096
TF Group
Zinc-Coordinating Group
Description
The C2H2 zinc finger is the classical zinc finger domain. The two conserved cysteines and histidines co-ordinate a zinc ion. The following pattern describes the zinc finger. #-X-C-X(1-5)-C-X3-#-X5-#-X2-H-X(3-6)-[H/C] Where X can be any amino acid, and numbers in brackets indicate the number of residues. The positions marked # are those that are important for the stable fold of the zinc finger. The final position can be either his or cys. The C2H2 zinc finger is composed of two short beta strands followed by an alpha helix. The amino terminal part of the helix binds the major groove in DNA binding zinc fingers. The accepted consensus binding sequence for Sp1 is usually defined by the asymmetric hexanucleotide core GGGCGG but this sequence does not include, among others, the GAG (=CTC) repeat that constitutes a high-affinity site for Sp1 binding to the wt1 promoter [1].
Hmmscan Out
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc
1 13 3.3e-05 0.0012 19.7 4.2 1 23 198 220 198 220 0.98
2 13 2.4e-05 0.00087 20.1 0.6 1 23 226 248 226 248 0.97
3 13 1.5e-05 0.00055 20.8 1.2 1 23 254 276 254 276 0.99
4 13 4.1e-05 0.0015 19.4 1.2 1 23 299 321 299 321 0.97
5 13 0.00095 0.035 15.1 1.9 1 23 327 349 327 349 0.98
6 13 9.7e-06 0.00036 21.4 5.9 1 23 355 377 355 377 0.98
7 13 0.0001 0.0038 18.1 0.6 1 23 383 405 383 405 0.99
8 13 0.0004 0.015 16.3 1.3 1 23 737 759 737 759 0.96
9 13 0.01 0.39 11.8 4.3 1 23 795 817 795 817 0.99
10 13 4.5e-05 0.0017 19.3 0.8 1 23 822 844 822 844 0.99
11 13 0.033 1.2 10.2 0.5 1 19 850 868 850 872 0.93
12 13 0.00099 0.037 15.0 9.2 1 23 878 900 878 900 0.97
13 13 7.6e-06 0.00028 21.7 0.8 1 23 906 928 906 928 0.98

Sequence Information

Coding Sequence
ATGGATGAAAAGAATTTACTAAACGAAACACAGTCAGTTGAGATGATTGATTTAATGAATATTGATTGTAATCAAGTATGCAGAGGTTGTTTATCACAGGATGAAGATCTTAAACCAATGTATGCACAATTAgaggataatataaatgataatattgtattatctgaaatgtttaTGGAATGCACTTCGATACAAATCGACGATAATGATAATTTACCTAAACAATTTTGTGATAATTGTATATATCAAATTAATCAATCAtatctatttaaaaagaattgtcAACGTATTGATGAATCATTACGTTTATATGaacaacataaaaaattactatttaacgATAATGACCTTAATTATCATAATGATGATGTATCATTATCATCAGTATcaactacaacaacaacaatacaaacaaatatagaTTTTAAAGGAATTGATAACATTGAAGATGTAAAAGTTGATGATAATGATggtggtgatgatgatgatggtgatAATGATgatataaaaaaggaattatcaAATGAGGAAGAAGAGATAAAACAAGaagaaaatattagtaaaaatgaTTCAGATATGAATAAACGTAAATACAAATgtgataaatgttttaaaatgtttataacatcAAGTCACTTACGTACACATCAATTAATTCATACAAACGAAAAACCATATGTGTGTACAGTATGTAACAAAGGTTTTAATTCAAAACCTAATTTAAAACGACATAATATGATACATACAGGGGAGCGACCATATAAATGTACAATATGTTCAAAATCATTTATACAACAAGTGACATTAAACgatcataaacgaatccatacaaACGAAACACCCTACATATGTAAAATATACATCCATATGCgaatacatacaggtgaaaaaCCATATAATTGTATGGAATGCAATAAATCATTTTCACAAATTAGTACATTAAAAACACATCAATTAATCCATACGAATCATAAACAATATGAGTGTGATTATTGTAAGAAATTATTTCGACATCGTATTGCATTAAAACAGCATGTCCTAATACATAtgggtattaaaaaatataattgtacatattgtaataaacattttacacaATCATCAcaattaaattatcatttacGTACGCATACTGGTGAAAAACCATAtcaatgttttatttgttttaaatcgttTGCATTAAAAGGTAATTTAACTGTACATGAACGTATTCATACAGGTGTTACACCGTATATATGTTCAATACAGATCCGGAAACAGATAATGGCATATCAAAAATTACAAGTAtccatattaaattttaaagagaTATGTAGAACTTGTTCATGTCGGGGTGATCTAATACCTATATTTGATGATTGCGAACAAGAGTATAATATTAAAGATATATTAACGCACGTATCAGATAACGTTGAGatAGTTGAAGACGATAACTTACCACAACATAtatgcaaaaaatgtttaaacaaattaataaatgcaTACGATTATAAATGTTTAGTTgagaaaacatataaaaaactaaaatcattAGCAAATAGTGAATTTATGCCTGTTGTTATTGAAAGTATTATACCAATAACAAATGATAATACTGATAATGATGAACAACTGATTGAAGTTGAAAACGAAaatgatgatgacgatgatgaaaCAACATATATTAATAGTACAACCTCAACAAATAAACGATTatcttatataaaattaaaacatgtgaacgatttaatatcaaatgatcaacaacaattcaataaattatcatcatcatcatcaatcaATAACAACGATAATgagacattttatgaacaacaatATGAAATGGTTGATAAACGTGATGATGATGAAGAACAACAATACGATAATGATGATAACGAATACAAATATGAAACAATCAATGAAATTGAAGATGGTGAAATAGATATTGAAGATGGTACAGTGATACAAATATTATCAACAACAAATGATAAAgatgatgataataatgatgatgaaCAATTATTACAAATCAAAGAAGAGAATCTTGAGAATGATGAATGTAAACAAGAACAagatacaacagataatacaaatacaataattataaaatcaataaataaaaataaattaacaacaattgataatgataatatatGTGTCTGTTCAATATGTGaacatgataataatgataataaaatggataatactgataatgataatgatcaccaatatgtatgtacaatatGTAATCGTACATTTATCTCAAAACATGGTTTATCGATACATCAAGCATTTCATTTGAATAAAACATTAATTGTTAATGATGATAATACAACAACAATACATACAAACAATGATgataacaatgataataatgatgagAATAAAACAAGCCCAAATATCTATAAATGTACACAatgtactaaaatatttttaacacaaaaacaATTACGTAATCATAAGAAAAGTCACGGTATGAAAATGTATGAATGTACAAtatgttcaaaaacattttcaataaaagcAAGATTACAAATTCATTTACGAACACATACCGGTGAGAAACCGTATGAATGCCCAACATGTTTTAAACGTTTTGGTAATACAACATCATTACGTATACATGATTTAATACATTCGGGGGCTCGACCACATTATTGTAATATATGTACACGACGATTTAAACAGCATTCACATTTAAAGAATCATTTATTAACGCACACTGGATTGCGTCCATTTAGATGTGGGATATGTAATAAAACGTTTGTATTTAAAGGTAATTTAACGGTACATGAACGTATGCATACTGGTGTTACACCTTCATCATCAGTTGTAATTACATCGTTAATAGATGAAGAAAAGAATGATGATACAATAACAAAGAAATCATTAAAATCGATACAACCAGCGATCAACAacgataatgataataatgtatTATCAGCATTAAATAATGATACAAATGTTTATGAAGTACAATCACCGATTGTTGATAGTAcgcaacagcaacaacaacaatatgagtttttaattgataatagtGATATAAAAGACCAGCAGAACGATGaatatacaacaatattagtaaaacaaGTGGAGGATTGTAATAATGATACCGATCAAGTAGATAATATTCAATTGAATGGATCAAGTAAATGGAATGTTGGTGATATAATATGGGCCAGAGTTGGTAAACATCCGCTATGGCCTTGTATGATTGACATTGATCcacaattaaaaacatttattaaaattagaaatggtaaaaattttaaacaatttatcaatttacatGTACGATTCTTTGGTGATTGTGGACGTAGATCGTGGGTACCAGCGAACACAACTATTATATTTAATGGTAAAAAAGCATTTGATAATATATCAAATGATATTCTATCAAAAataaataataaaaaaactattcggCATACAAAAGAACGATTAGGCTTTTATATAACGCCCAGACTTTTAAATGCCTGGCAACAAGCTGTTCAAGAAGCTGAAACGCTAATGAATAAAACCATACAAGAACGTTTTGATTTCTTTAAAAccattattgaaaataaaatcaaacaaaaaatcaaaatattagttAATGATAAATCTGTCGATAATGATAAATTAACCAATAATGATAAATCATTTAACGATAAATCTATTGATAATGATAAATTATATCCAAAAACATCAACACCAAAGAAAGAACAAGTACGaactaatactaataataatgataataataaaatatttaaagtaaaattcaaagtaaaaaataataaaaaattcaataaaaataataaatatccaaCGCGTGAACGTAAACCTGTTGAACGTTTACAATTAATCAATaaacgaaaacaaaaacaacagcaacaaaataatattataattattgatgatgataataacgatgttattgataataatatcgATGCATctgttgataatattgataataatgataatacagAGAATGATGATGGCGAtacaagtttattaaaattaatagataatgtaaatgaatcaaataaaaataaaaaacattatctATTTAATGGTGTGAGTAAAGATAAAGTATGTGAGATATGTTATAAAAGTAATGATGATGATAATGGCATGGTTTATAAATGTAATGGTACATGTTTACGATATTATCATTATAAATGTTGTATAATGCAACaacaatcatcatcatcaacaacatatgatgataatgataatgatgattTAGAATCATGTTCATCGTATGATTCCGTACagattatcaataaaaataatattcaacagTTATCATTAGCTGAACAAATTGATGCTAAAATGGCTGAAGTTATGAAAGGTTTATGTgatgaaattaaatatacaagtaCAACGGATACAAGTGATGAGGAAGATTATGATCTGGATACAACTGATCATAATCATTTAGATTATCATGTAACAGGGGATGATACTGATAAAGTAATGTGTATTGATTGTcggaataataaattatcatgtTTTATGTGTAATAAAGATACCGATAAAGATGTTATAAAATGTTCatacaataattgtaataaatattatcatgtTGGATGCTTATTGGAATGGCCACAGACACAACAAATCAATACaaccaaaaataattacatatgtcCATTACATGTCTGTCATACATGTATATCAGATGATCCACGTCAACAGacatcattaattaaatttaataatgataaattAGCGAAATGTATTAAATGTCCAACAGCTTATCATAATATGTCCAATTATTGTTTAGCAGCTGGTACCCAAATATTATCATTTACACAGATCATATGTCcgaaacatttaaatattaatcgtAAAATAGATAAACGTAAATCATTAACACATATAAATACGTCATGGTGTTTTATATGCAGTAAAGGTGGTACATTAATATGCTGTGAAACGTGTCCAACATCATTTCATATTGAATGTTTACATTTGAATACAATACCAAATGAATCCGATCAATTTATATGCGAAGAATGTGAGACAGGACGTTTACCGTTGTATCATGAATTAGTATGGGTTAAATTAgGTACTTATAGATGGTGGCCATCAATAGTAATATTACCATCACAAATACCaacaaatatcaataaaaatattaataaatgtggTGAATTTGTAATACAATTTATGGGATCACATGATTACTATTGGGTAAATCGCGGCCGTGTATTCTTCTATCAAGAAGGTGATTctgatgatattttaaaatcaaatgcaaatatatcaaatacaaaaacaataaataaattatttataaaagcaTTACAAGAAGCAAatgttttatacaatataatcaAAGAACAACGGCAACAATATCaaagtgaattaaaattaaagaatgagaaatatattaaaccaccaaaatatacaaaaattaaatcaaacaaacCAGTTGGTAATGTACGGTTATACAATAAAGATGTTATGCAAAATGATAATAAAGATGATTCACACGATAATGATAATTCATCATCACAATATTATCAACAATCATGTGAATGTAATATCGAATTAAAACAATTCTGTGGACCACAATCATCATGCATTAATCGTTTACTATTACAAGAGTGTAATCCACAGACATGTCCATTTGGTACATCATGTTTGAATCAACAATTTGAGTTACGTCAGTATCCAGAAATACAACCGTTTAAAACGCAAAATCTATCACGTGGTTGGGGCTTACAAACATTACAATTGATCAAAAAAGGACAATTTGTTATTGAATATGTGggtgaattaattaatgaacAAGAGTATAAACGACGTATACACGAGCAACAGCAAAAACAGAAACAGAATAAATTTATATCGTCcagtgataattattattttttaattattgataaagaTCGTATTCTGGATGCTGGTCCGAAGGGTAATGTTGCACGATTTATGAATCATTCGTGTGAACCGAATTGTGAAACACAAAAATGGACTGTAAATGGTACAACACGCGTTGGTTTATTTGCATTGCAGGATATTGAAGCGAATACTGAATTAacgtttaattataatttagaaTGTATTGATAAACATAAAACAATATGTAAATGTGGTGCACAATCTTGTACTGGATTTATTGGATTAAAAAAAGAAAACAACAATAACAATGGTACAGACACAACAAATACAAATGGAAATGgtacaacagcaacaacaacaacaacgaattcttcaaattatagtaaacgtaataaatatataacgtcaaaattaaaaaataaaagtaaatataaatattgttttatttgcaatgaaaataaaacagaaGGACAATGTCGTATGAAATCATGTGCTAAAACATATCATTTATCATGTGTCAAATTGGAACAATGGCCAAAAGagaATTGGTATTGTCCACGGCATAAATGTTTTGAATGTGGTaaaaaacatcatttaaaaTCCTGTACGAAATGTATTAagtctttttgtaaattacatGCTGATAATAAATTTGTTCCTATTAATATTGAACACCCACAACCATTAATGTGTATTGAACATCAACCAGAGCTACAACAAGAACATttAATTAAAGTTGAACAAGAAGAGGAAAAACCAACAATAACTGAAAATATAACAGAAGATAACAATGTTGAACAACAACAACGACTAGAAATAGAATTAAAACAAGAACAAAAACAAGATAATCATGAATCATTGCTATCAACAATAAAGTTAGAGAATGACAATgagaatgaaaataaaacaataaataataaaaaaaagaaacggataaaattatcattaaatcGATCATCATCAAATGATAATaacaatagtaataattttatcaatgaTTCAGCAGAAGATAACATACCAATAGCTAAATTATCACATCATAATTCAtcattaacaaataatataaataataatatgaaaacacGATCTaaatcatcatcgtcatcatcatcattaacGTCACCATCACCATATCAATTAGATAATGATaatCTTCGATCTGGTCAATCAACGTGGTCTTATTTGGATCAAAATCGTAATAGTATTCGATCagccgattttaattaa
Protein Sequence
MDEKNLLNETQSVEMIDLMNIDCNQVCRGCLSQDEDLKPMYAQLEDNINDNIVLSEMFMECTSIQIDDNDNLPKQFCDNCIYQINQSYLFKKNCQRIDESLRLYEQHKKLLFNDNDLNYHNDDVSLSSVSTTTTTIQTNIDFKGIDNIEDVKVDDNDGGDDDDGDNDDIKKELSNEEEEIKQEENISKNDSDMNKRKYKCDKCFKMFITSSHLRTHQLIHTNEKPYVCTVCNKGFNSKPNLKRHNMIHTGERPYKCTICSKSFIQQVTLNDHKRIHTNETPYICKIYIHMRIHTGEKPYNCMECNKSFSQISTLKTHQLIHTNHKQYECDYCKKLFRHRIALKQHVLIHMGIKKYNCTYCNKHFTQSSQLNYHLRTHTGEKPYQCFICFKSFALKGNLTVHERIHTGVTPYICSIQIRKQIMAYQKLQVSILNFKEICRTCSCRGDLIPIFDDCEQEYNIKDILTHVSDNVEIVEDDNLPQHICKKCLNKLINAYDYKCLVEKTYKKLKSLANSEFMPVVIESIIPITNDNTDNDEQLIEVENENDDDDDETTYINSTTSTNKRLSYIKLKHVNDLISNDQQQFNKLSSSSSINNNDNETFYEQQYEMVDKRDDDEEQQYDNDDNEYKYETINEIEDGEIDIEDGTVIQILSTTNDKDDDNNDDEQLLQIKEENLENDECKQEQDTTDNTNTIIIKSINKNKLTTIDNDNICVCSICEHDNNDNKMDNTDNDNDHQYVCTICNRTFISKHGLSIHQAFHLNKTLIVNDDNTTTIHTNNDDNNDNNDENKTSPNIYKCTQCTKIFLTQKQLRNHKKSHGMKMYECTICSKTFSIKARLQIHLRTHTGEKPYECPTCFKRFGNTTSLRIHDLIHSGARPHYCNICTRRFKQHSHLKNHLLTHTGLRPFRCGICNKTFVFKGNLTVHERMHTGVTPSSSVVITSLIDEEKNDDTITKKSLKSIQPAINNDNDNNVLSALNNDTNVYEVQSPIVDSTQQQQQQYEFLIDNSDIKDQQNDEYTTILVKQVEDCNNDTDQVDNIQLNGSSKWNVGDIIWARVGKHPLWPCMIDIDPQLKTFIKIRNGKNFKQFINLHVRFFGDCGRRSWVPANTTIIFNGKKAFDNISNDILSKINNKKTIRHTKERLGFYITPRLLNAWQQAVQEAETLMNKTIQERFDFFKTIIENKIKQKIKILVNDKSVDNDKLTNNDKSFNDKSIDNDKLYPKTSTPKKEQVRTNTNNNDNNKIFKVKFKVKNNKKFNKNNKYPTRERKPVERLQLINKRKQKQQQQNNIIIIDDDNNDVIDNNIDASVDNIDNNDNTENDDGDTSLLKLIDNVNESNKNKKHYLFNGVSKDKVCEICYKSNDDDNGMVYKCNGTCLRYYHYKCCIMQQQSSSSTTYDDNDNDDLESCSSYDSVQIINKNNIQQLSLAEQIDAKMAEVMKGLCDEIKYTSTTDTSDEEDYDLDTTDHNHLDYHVTGDDTDKVMCIDCRNNKLSCFMCNKDTDKDVIKCSYNNCNKYYHVGCLLEWPQTQQINTTKNNYICPLHVCHTCISDDPRQQTSLIKFNNDKLAKCIKCPTAYHNMSNYCLAAGTQILSFTQIICPKHLNINRKIDKRKSLTHINTSWCFICSKGGTLICCETCPTSFHIECLHLNTIPNESDQFICEECETGRLPLYHELVWVKLGTYRWWPSIVILPSQIPTNINKNINKCGEFVIQFMGSHDYYWVNRGRVFFYQEGDSDDILKSNANISNTKTINKLFIKALQEANVLYNIIKEQRQQYQSELKLKNEKYIKPPKYTKIKSNKPVGNVRLYNKDVMQNDNKDDSHDNDNSSSQYYQQSCECNIELKQFCGPQSSCINRLLLQECNPQTCPFGTSCLNQQFELRQYPEIQPFKTQNLSRGWGLQTLQLIKKGQFVIEYVGELINEQEYKRRIHEQQQKQKQNKFISSSDNYYFLIIDKDRILDAGPKGNVARFMNHSCEPNCETQKWTVNGTTRVGLFALQDIEANTELTFNYNLECIDKHKTICKCGAQSCTGFIGLKKENNNNNGTDTTNTNGNGTTATTTTTNSSNYSKRNKYITSKLKNKSKYKYCFICNENKTEGQCRMKSCAKTYHLSCVKLEQWPKENWYCPRHKCFECGKKHHLKSCTKCIKSFCKLHADNKFVPINIEHPQPLMCIEHQPELQQEHLIKVEQEEEKPTITENITEDNNVEQQQRLEIELKQEQKQDNHESLLSTIKLENDNENENKTINNKKKKRIKLSLNRSSSNDNNNSNNFINDSAEDNIPIAKLSHHNSSLTNNINNNMKTRSKSSSSSSSLTSPSPYQLDNDNLRSGQSTWSYLDQNRNSIRSADFN

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Sequence clustering based on sequence similarity using MMseqs2

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