Lstr036848.2


Basic Information
Transcription Factor Domain
Sequence Information
Similer Transcription Factors

Basic Information

Insect
Lathronympha strigana
Gene Symbol
-
Assembly
GCA_949128165.1
Location
OX421924.1:4344476-4364013[-]

Transcription Factor Domain

TF Family
zf-C2H2
Domain
zf-C2H2 domain
PFAM
PF00096
TF Group
Zinc-Coordinating Group
Description
The C2H2 zinc finger is the classical zinc finger domain. The two conserved cysteines and histidines co-ordinate a zinc ion. The following pattern describes the zinc finger. #-X-C-X(1-5)-C-X3-#-X5-#-X2-H-X(3-6)-[H/C] Where X can be any amino acid, and numbers in brackets indicate the number of residues. The positions marked # are those that are important for the stable fold of the zinc finger. The final position can be either his or cys. The C2H2 zinc finger is composed of two short beta strands followed by an alpha helix. The amino terminal part of the helix binds the major groove in DNA binding zinc fingers. The accepted consensus binding sequence for Sp1 is usually defined by the asymmetric hexanucleotide core GGGCGG but this sequence does not include, among others, the GAG (=CTC) repeat that constitutes a high-affinity site for Sp1 binding to the wt1 promoter [1].
Hmmscan Out
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc
1 55 1.2e-05 0.001 20.7 0.0 1 23 12 34 12 34 0.98
2 55 7.1e-05 0.0062 18.2 1.2 1 23 40 63 40 63 0.95
3 55 0.0005 0.044 15.5 1.6 1 23 69 92 69 92 0.96
4 55 0.00034 0.03 16.0 1.4 2 23 99 120 98 120 0.97
5 55 0.00012 0.011 17.4 1.0 1 23 126 148 126 148 0.97
6 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 154 175 154 175 0.97
7 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 179 200 179 200 0.97
8 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 204 225 204 225 0.97
9 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 229 250 229 250 0.97
10 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 254 275 254 275 0.97
11 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 302 323 302 323 0.97
12 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 373 394 373 394 0.97
13 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 398 419 398 419 0.97
14 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 423 444 423 444 0.97
15 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 588 609 588 609 0.97
16 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 613 634 613 634 0.97
17 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 730 751 730 751 0.97
18 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 755 776 755 776 0.97
19 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 780 801 780 801 0.97
20 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 828 849 828 849 0.97
21 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 899 920 899 920 0.97
22 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 924 945 924 945 0.97
23 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 949 970 949 970 0.97
24 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 1066 1087 1066 1087 0.97
25 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 1091 1112 1091 1112 0.97
26 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 1162 1183 1162 1183 0.97
27 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 1187 1208 1187 1208 0.97
28 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 1258 1279 1258 1279 0.97
29 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 1329 1350 1329 1350 0.97
30 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 1446 1467 1446 1467 0.97
31 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 1540 1561 1540 1561 0.97
32 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 1611 1632 1611 1632 0.97
33 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 1636 1657 1636 1657 0.97
34 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 1707 1728 1707 1728 0.97
35 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 1732 1753 1732 1753 0.97
36 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 1872 1893 1872 1893 0.97
37 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 1897 1918 1897 1918 0.97
38 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 2014 2035 2014 2035 0.97
39 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 2154 2175 2154 2175 0.97
40 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 2271 2292 2271 2292 0.97
41 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 2480 2501 2480 2501 0.97
42 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 2528 2549 2528 2549 0.97
43 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 2691 2712 2691 2712 0.97
44 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 2716 2737 2716 2737 0.97
45 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 2810 2831 2810 2831 0.97
46 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 2835 2856 2835 2856 0.97
47 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 2906 2927 2906 2927 0.97
48 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 2931 2952 2931 2952 0.97
49 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 2956 2977 2956 2977 0.97
50 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 2981 3002 2981 3002 0.97
51 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 3029 3050 3029 3050 0.97
52 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 3146 3167 3146 3167 0.97
53 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 3240 3261 3240 3261 0.97
54 55 0.033 2.9 9.8 0.0 1 22 3265 3286 3265 3286 0.97
55 55 0.012 1.1 11.1 0.1 1 23 3290 3314 3290 3314 0.94

Sequence Information

Coding Sequence
ATGCACGGCGTCGTGCACTCCGGGCAGAAGCCGTTCGTCTGCGGCGTCTGCGGCAAGGCCTTCGCGCGCCGCGCTGAGGTCAAGGACCACATGCGGATACATACAGGCGAGCGTCCGTTCGCGTGCGACGTGTGCGGCGCGACGTTCTCGCAGCGCTCCAACCTGCACTCGCACAAGCGCGCCACGCACTACGACGACAAGCGGTACAGGTGCGACCAGTGCCCCAAGCGGTTCAAGCGGAGAAGGTTACTGGACTATCACATAAAGGCATCCCACACCGGCGAGCGCCCGCTGAAGTGCGAGGTGTGCAATTCCACGTTCGTGTACCCGGAGCACTACAAGAAGCACATTAGGATACATAGCGGAGAGAAACCCTACGTGTGTGAGGTGTGCGGCAAGTCGTTCAACTCGCGCGACAACCGCAACACGCACCGGTTCGTGCACAGCGACAAGAAGCCGTACGAGTGCCTcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgaACATaaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacttgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcaggtaaggtacgagtgcctcgtctgcggcgccggctacatgcgcaagcgcctgctctacgcgcacatgaacacgcagggtcATCTAGCGGAATCTATAGTGGTGAACCAGCCGCGTGTCACCATACAGCGAGTGACCGACG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Protein Sequence
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