Eliv018086.1


Basic Information
Transcription Factor Domain
Sequence Information
Similer Transcription Factors

Basic Information

Insect
Empis livida
Gene Symbol
zfh2
Assembly
GCA_963932195.1
Location
OZ010650.1:1273719-1325329[-]

Transcription Factor Domain

TF Family
zf-C2H2
Domain
zf-C2H2 domain
PFAM
PF00096
TF Group
Zinc-Coordinating Group
Description
The C2H2 zinc finger is the classical zinc finger domain. The two conserved cysteines and histidines co-ordinate a zinc ion. The following pattern describes the zinc finger. #-X-C-X(1-5)-C-X3-#-X5-#-X2-H-X(3-6)-[H/C] Where X can be any amino acid, and numbers in brackets indicate the number of residues. The positions marked # are those that are important for the stable fold of the zinc finger. The final position can be either his or cys. The C2H2 zinc finger is composed of two short beta strands followed by an alpha helix. The amino terminal part of the helix binds the major groove in DNA binding zinc fingers. The accepted consensus binding sequence for Sp1 is usually defined by the asymmetric hexanucleotide core GGGCGG but this sequence does not include, among others, the GAG (=CTC) repeat that constitutes a high-affinity site for Sp1 binding to the wt1 promoter [1].
Hmmscan Out
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc
1 15 0.49 29 5.5 0.7 2 23 118 140 117 140 0.95
2 15 0.00041 0.025 15.2 1.4 2 23 598 620 597 620 0.96
3 15 0.0001 0.0061 17.1 0.7 1 23 652 676 652 676 0.92
4 15 0.032 1.9 9.2 0.4 1 22 783 804 783 807 0.91
5 15 7.1 4.3e+02 1.9 0.3 1 23 1337 1360 1337 1360 0.92
6 15 0.68 41 5.1 0.0 2 23 1516 1538 1515 1538 0.91
7 15 0.0021 0.13 12.9 1.5 1 23 1708 1730 1708 1730 0.96
8 15 0.0035 0.21 12.3 1.7 2 23 1737 1759 1736 1759 0.94
9 15 2.3 1.4e+02 3.4 9.2 1 23 1886 1910 1886 1910 0.94
10 15 0.035 2.1 9.1 0.6 1 22 1931 1952 1931 1955 0.89
11 15 0.016 0.94 10.2 0.1 1 23 2075 2099 2075 2099 0.93
12 15 2.7 1.7e+02 3.2 4.1 1 19 2274 2292 2274 2297 0.92
13 15 0.00024 0.014 15.9 2.8 1 23 3020 3042 3020 3042 0.98
14 15 0.0011 0.064 13.9 0.9 1 23 3187 3209 3187 3209 0.98
15 15 0.00025 0.015 15.9 0.3 2 23 3775 3797 3774 3797 0.97

Sequence Information

Coding Sequence
atgccACCTCCTCCAGATTCACCGCATACTGATATAGCACCAAGAAAACGTCGACGGAAACGAGATGATCCACAAAGTTGTTTCACCAACTCAGAAgaATATGATTCAGATGGTGGTTCAGCAATATCATGTTCAGATGTTGAAAGTTTTCAaggaaaaattgtttataatccAGATGGTAGTGCTTATATAATTGATTCAGAAAATGATTCATTATCAAATATATCTGAAAGTTGTTTAAATAatacaCCAACCACAAATAATCCAAAAATTCATTCATTTCGTGTTGTAACAGCACATGATGCAACTGTTAATATATCAGaaccaaataaaatacaaaaaccaatattaatgtgttttatatgtaaattaagttTTGGTAACACAAAATCATTTAGTTTACATGCAAACACTGAACATACATTAGATTTACAAGaatctgaaaaattattattaaatcgtGAATATTCGAGTGCCATTATACAACGTAATGTTGATGAGAAACcacaaatatcatttttagaACCTCTTGATATGCAAAAACAattaacacaacaaaaaataacaacaatatcATTAACTGGTTCAACTGATATTTTAACGTCCAGTATATGTTctttacaacaacaacaacaatcatTAATATCGTCCTCAATTAAAtcatcgtcatcatcatcaacattattaaatactaCTACAACTACTACTATAccattaacaacaacaacaacaacaacaacagctgCAACATCAACcacaacaattacaacaacaacaacaacaacaactgtTGATGATTTAATTAGTTGTATAACACAACAGTCAACAAATCCtttaaatactaataatagtagtaataatattttaaataaatcattaatcaATAATCAAATGATATCTGATAACCAACagcaacatcaacaacaacaacaacgaattgttgataatttattatcaaaacaattaacaaattgtgaaataaatacattaatttcaacaacaattaatacaccaacatcaccaacaacaacagcagcagctATTTCATCAACTAGTataggaaataaaataaatagttgtAATATcagtaatagtaataataataacaataatccACTTACAACATCAACAATAACAAGTTCCAGtagtacaataaataatagttgtagtagtagtagtaataataataataataataataataatagcaataataatagtaataataataatagtaatagttTGAGTGTAGCAGCTGATTTTTTACAACAACAATTTCAACAAATGCATCAACAAttacaacagcaacaacaaaatcGAAATATTAGTAATACTAGTTCATCAATAACAGCGGCACTACAAAATGATATTAGTGGTAGTAATTGTAGTAATAGtgctaaattaattaatgagttccttcaacaacaacaacaacaatttcaacaacaacaacaacaaatattaaCTTGTCCAGAACATCCTGTTATCAAAGGAATTGATTGTAAACCAtgtgaattaattaatattaatttaaataaatcaccAATGACCCCAACAAAATCACCTAATAGTATTAATTTAACACCACCAACAACTGCAACATCAACAACCCAACAATTAACAATGTCACCAACAACACCAGCTGCACCAAGTTTTACAATTGGTGCTTGCCCAGAACATATTAATGGAAGACCATTAGGTGTAGATTGTactagatgtgaaatgatattaaattcagCCCGTTTAAATAGTGGAGTACAAATTTCAACAAGAAATTCatgtaaaacattaaaatgtcCTCAATGCAATTGGCattataaatatcaagaaaCACTTGAAATTCATATGAGAGAAAAACATCCAGATGGTGAAAGTGCATGTGGATATTGTTTAGCTGgtcaGCAACATCCACGTTTAGCACGTGGTGAATCATATACATGTGGTTATAAACCATATCGTtgtgaaatttgtaattattcaACAACAACTAAAGGAAATTTATCAATACATATGCAAAGtgataaacatttaaataatatgcaagaattaaataattcacaaaatttacaaaatgcaGCTGTAGCTGCTGCTGTTGTATCAGCTAATGTTGCTgctggtaataataataataataataataatattattggtcCTGGTAATAGTGGTAATATAATATCAGATCAAATAAGAGAAagtccaaaaattttaatatcaaatatgcaACAACAAACGCaatcacaacaacaacagcaacaatcTCAACAACAAtctcaacaacaacaacaacaacaatctcaacaacaacaacaacaacaacaatctCAACAACATAAACCTAAACCATCATTTCGATGTGATGTATGTTCATATGAAACATCTGTGGCACGTAATTTAAGAATTCATATGACTAGTGAAAAGCATACACATAATATGGctgtattacaaaataatatgaaacattttcaagctttatcatttttacaaagacaacaacaacaacaacaacaaaatataccaaatttacaaaatttcttacCGGAAGCGGCATTAGCTGATTTAGCATATAATCAAGCCTTAATGATACAATTATTACATCAAAATTCAGCAGCTGGTGCATTAGgtgcagcagcagcagcagcagctgCAGCCGCAGCAGCtgcatcatcatcatcatcaaataCAATACCacaaacaataaatataaatcaaatatcaacacaacaacaacaacaacaacaattatcaacatcatcatcatcaatatcATCGTCCAAttctgtaaataatataatacaaacACAATGTAATAGTGGTGGTAttatatcatcatcatcaccgccaccaccaccaccaccactacTACCACCATCATTATTAACAACAACATcagcatcatcatcatcatcatcatcagtagttcttggtggtggtggtagtagtagtagtagtacaataattaataataatacaaatattgtaTCACAACAACATGCAGCACAAGCAGCAGCTACAGCAGCAGCATTAGCAGCTGCAGCAAATTCAGCAGCTGCTGCaaatgtattaataaataatgcaTTAGAACCAGATCAAGGTTTAAATCCAGATTCATTTGAACCACCAATTGAACCAGATATAAAACCAACAACATATTATAGTTGTTTAATATGTTCaatatataatacaaataatttagatgAATTAAACTcacatttattaattgatcGTTCACGTataacatcatcatcatcctcatcatcatcaacagtATCAACAAATAGTGATATTATGctcattataaataataattatatatgtcgtttatatttattaattaataataatattaataatacaacaactgcaacatcaacaacaacaacaacagcaacaacaacagcagcaacatcatcatcgtcagatttaattatatctaataataataataataataattctgtatttataaataatacaaataaaagtttattatgtCAATTGTGTGATTataaatcacaaaatatattacaaatgaTACAACATATTAAAAGTATACGTCATATACAAGTTGAACAATTTGTTTGTCTTCAAAGGCGTAGTGAAAATTTAGATCAATTAGAATTGGgtgatgtttttaaaatatctaataatgATATTAAAAGTGAAAGAACAAGTCCAATACAATCACCAATACCAAAATATGatacaacattaaatttaaatgatttaactGAACAATCACgtcaaaatttacaacaaatacCTTTAAATATACATCATTCATCATTATTTACAACAGGATCATCAGCTGGAACaataatacaacaacaacaacaacaacaacaacgtgatgataaaaattataataatagtgCTTCCGATTTATCTATTAATAATAGtacatcatttttattacaatcaccaacattaaattcaaatgatttacaacaaaataatagcaataataataatagtgttGGTAGTAATTTATTACGATTACcaacaacattttataaatgtaataattgtgaatattttacgGAATTAAAACAGGAAATTGATATACATATTGAAACAATACATCCAAATTGTTCTGAACATGATTATCTTGTAATACCAACAAATCCGGTTGCATTTAAAGCATTTCAAGTTGCTGTACAACAAGCTGCTTCTGTAGCAGCTGCTGCATCATctattattaatgataataaagatataaattatgatgataataatgataatagtaataataataataataataataagaaaaatcaattaacaGATCAAATATCAGATAATAATAATcgtattacaaattataatgatacaacaattattaaattagaaaatttagaacaaTACAATGATAATGAATCAATagttgatgatgatggtgatgatgatgttgataaTAATAGTGATaatgatttagaaaatattaataaaaaatcattagaacaaacaattattaaaaaaatatcattatcaaaatcaataccaacaaCAACGACAACAATTAAaccaacagcaacaacaacatgTATTGTATGTCCATTATgtcaagataatttttatgataaaaaatcattagaaGATCATGTTATTGGTATACATAGTGTTAATAGTGATGGTTTACAACGTTTATTACAATTAGTAAATACTAGTCATTggctaaataataataataataacaatataaataataaaaagtttagtccaataccatcatcatcatcattatcatcagcAACAGCTACAACAACTAcagcatcatcatcatcatcatcattaattgataataatatacCATTAAtatcaacaacatcaacagCATCAACAATATCCACTACAACTACAATAACATCTGGTACAGTACAACAATTAGAATTAGAATGTATACAATGTggtcaattattaaaaacacatcaaaatttattacaacatGCTCAAGATAAtcaacattataaaataataataaataataataatattaataatga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Protein Sequence
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