Cpal007326.2


Basic Information
Transcription Factor Domain
Sequence Information
Similer Transcription Factors

Basic Information

Insect
Crataerina pallida
Gene Symbol
-
Assembly
GCA_949710015.1
Location
OX453291.1:4185549-4209926[-]

Transcription Factor Domain

TF Family
zf-C2H2
Domain
zf-C2H2 domain
PFAM
PF00096
TF Group
Zinc-Coordinating Group
Description
The C2H2 zinc finger is the classical zinc finger domain. The two conserved cysteines and histidines co-ordinate a zinc ion. The following pattern describes the zinc finger. #-X-C-X(1-5)-C-X3-#-X5-#-X2-H-X(3-6)-[H/C] Where X can be any amino acid, and numbers in brackets indicate the number of residues. The positions marked # are those that are important for the stable fold of the zinc finger. The final position can be either his or cys. The C2H2 zinc finger is composed of two short beta strands followed by an alpha helix. The amino terminal part of the helix binds the major groove in DNA binding zinc fingers. The accepted consensus binding sequence for Sp1 is usually defined by the asymmetric hexanucleotide core GGGCGG but this sequence does not include, among others, the GAG (=CTC) repeat that constitutes a high-affinity site for Sp1 binding to the wt1 promoter [1].
Hmmscan Out
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc
1 206 0.031 2.1 8.9 0.2 3 23 8 29 6 29 0.94
2 206 0.028 1.9 9.1 0.1 3 20 33 50 32 52 0.93
3 206 0.36 24 5.6 0.3 3 23 57 78 56 78 0.93
4 206 0.19 13 6.5 0.7 2 23 80 102 80 102 0.95
5 206 0.00015 0.0099 16.3 0.1 3 23 110 131 108 131 0.95
6 206 1.3 86 3.9 2.1 3 23 136 157 132 157 0.92
7 206 2.7 1.8e+02 2.9 0.2 2 16 159 173 159 175 0.87
8 206 0.062 4.2 8.0 0.1 3 23 186 207 184 207 0.93
9 206 4.4 3e+02 2.2 3.6 6 23 213 231 209 231 0.89
10 206 0.012 0.83 10.2 0.4 3 23 236 257 234 257 0.92
11 206 0.19 13 6.5 0.6 3 23 260 281 259 281 0.93
12 206 0.016 1.1 9.9 0.7 3 23 284 305 283 305 0.92
13 206 0.12 8.3 7.1 0.8 3 23 335 356 333 356 0.92
14 206 0.19 13 6.5 0.6 3 23 359 380 358 380 0.93
15 206 0.014 0.96 10.0 0.6 3 23 383 404 382 404 0.92
16 206 0.8 54 4.5 3.4 2 23 406 428 406 428 0.93
17 206 0.012 0.83 10.2 0.4 3 23 433 454 431 454 0.92
18 206 0.16 11 6.7 1.0 2 23 456 478 456 478 0.93
19 206 0.016 1.1 9.9 0.7 3 23 481 502 480 502 0.92
20 206 0.12 8.3 7.1 0.8 3 23 532 553 530 553 0.92
21 206 0.19 13 6.5 0.6 3 23 556 577 555 577 0.93
22 206 0.014 0.96 10.0 0.6 3 23 580 601 579 601 0.92
23 206 0.16 11 6.7 1.0 2 23 603 625 603 625 0.93
24 206 0.016 1.1 9.9 0.7 3 23 628 649 627 649 0.92
25 206 0.27 18 6.0 0.3 3 20 679 696 677 698 0.92
26 206 0.72 49 4.6 0.3 2 23 702 724 702 724 0.93
27 206 0.0076 0.52 10.9 0.1 3 23 728 749 727 749 0.95
28 206 3.7 2.5e+02 2.4 0.2 3 21 753 770 752 771 0.94
29 206 0.044 3 8.5 2.6 2 23 790 812 789 813 0.94
30 206 0.044 3 8.5 2.6 2 23 840 862 839 863 0.94
31 206 0.037 2.5 8.7 1.2 3 23 866 887 865 888 0.94
32 206 0.025 1.7 9.2 0.2 3 23 891 912 890 912 0.94
33 206 0.037 2.5 8.7 1.2 3 23 942 963 941 964 0.94
34 206 0.88 60 4.4 0.1 3 23 967 988 966 988 0.94
35 206 0.044 3 8.5 2.6 2 23 1017 1039 1016 1040 0.94
36 206 0.044 3 8.5 2.6 2 23 1067 1089 1066 1090 0.94
37 206 0.037 2.5 8.7 1.2 3 23 1093 1114 1092 1115 0.94
38 206 0.025 1.7 9.2 0.2 3 23 1118 1139 1117 1139 0.94
39 206 0.037 2.5 8.7 1.2 3 23 1169 1190 1168 1191 0.94
40 206 0.65 44 4.8 0.1 3 23 1194 1215 1193 1215 0.94
41 206 0.76 51 4.6 2.7 3 23 1245 1266 1244 1267 0.94
42 206 4.7 3.2e+02 2.1 5.3 3 23 1270 1291 1269 1292 0.94
43 206 0.028 1.9 9.1 1.3 2 23 1294 1316 1294 1317 0.95
44 206 0.65 44 4.8 0.1 3 23 1320 1341 1319 1341 0.94
45 206 0.07 4.8 7.8 3.0 3 23 1371 1392 1370 1393 0.94
46 206 0.037 2.5 8.7 1.2 3 23 1396 1417 1395 1418 0.94
47 206 0.025 1.7 9.2 0.2 3 23 1421 1442 1420 1442 0.94
48 206 0.00049 0.033 14.6 0.9 3 23 1472 1493 1471 1494 0.94
49 206 0.88 60 4.4 0.1 3 23 1497 1518 1496 1518 0.94
50 206 0.07 4.8 7.8 3.0 3 23 1548 1569 1547 1570 0.94
51 206 0.055 3.7 8.2 1.0 2 23 1597 1619 1597 1620 0.95
52 206 0.019 1.3 9.6 0.2 3 23 1623 1644 1622 1644 0.94
53 206 0.07 4.8 7.8 3.0 3 23 1674 1695 1673 1696 0.94
54 206 0.021 1.4 9.5 2.4 2 23 1723 1745 1722 1746 0.94
55 206 0.029 2 9.0 2.7 2 23 1748 1770 1747 1771 0.94
56 206 3.8 2.6e+02 2.4 5.0 2 23 1773 1795 1772 1796 0.93
57 206 0.029 2 9.0 2.7 2 23 1798 1820 1797 1821 0.94
58 206 3.9 2.7e+02 2.3 4.6 2 23 1823 1845 1822 1846 0.94
59 206 0.055 3.7 8.2 1.0 2 23 1848 1870 1848 1871 0.95
60 206 0.019 1.3 9.6 0.2 3 23 1874 1895 1873 1895 0.94
61 206 0.07 4.8 7.8 3.0 3 23 1925 1946 1924 1947 0.94
62 206 0.021 1.4 9.5 2.4 2 23 1974 1996 1973 1997 0.94
63 206 1.1 75 4.0 2.1 2 23 1999 2021 1998 2022 0.93
64 206 2.7 1.9e+02 2.8 4.8 2 23 2024 2046 2023 2047 0.94
65 206 0.021 1.4 9.5 2.4 2 23 2049 2071 2048 2072 0.94
66 206 0.013 0.87 10.2 3.2 2 23 2074 2096 2073 2097 0.95
67 206 0.0085 0.58 10.7 1.0 2 23 2099 2121 2098 2121 0.94
68 206 1.4 94 3.8 1.5 4 23 2126 2146 2126 2147 0.93
69 206 3.9 2.7e+02 2.3 4.6 2 23 2149 2171 2148 2172 0.94
70 206 0.028 1.9 9.1 1.3 2 23 2174 2196 2174 2197 0.95
71 206 0.025 1.7 9.2 0.2 3 23 2200 2221 2199 2221 0.94
72 206 0.015 0.99 10.0 4.8 3 23 2251 2272 2250 2273 0.94
73 206 0.028 1.9 9.1 1.3 2 23 2275 2297 2275 2298 0.95
74 206 0.036 2.5 8.7 0.1 3 23 2301 2322 2300 2322 0.94
75 206 0.028 1.9 9.1 0.3 3 22 2326 2345 2325 2345 0.94
76 206 0.34 23 5.7 0.1 5 23 2379 2398 2378 2399 0.92
77 206 0.073 4.9 7.8 0.6 3 23 2402 2423 2401 2423 0.94
78 206 0.037 2.5 8.7 1.2 3 23 2453 2474 2452 2475 0.94
79 206 0.88 60 4.4 0.1 3 23 2478 2499 2477 2499 0.94
80 206 0.015 0.99 10.0 4.8 3 23 2529 2550 2528 2551 0.94
81 206 0.028 1.9 9.1 1.3 2 23 2553 2575 2553 2576 0.95
82 206 0.036 2.5 8.7 0.1 3 23 2579 2600 2578 2600 0.94
83 206 0.028 1.9 9.1 0.3 3 22 2604 2623 2603 2623 0.94
84 206 0.34 23 5.7 0.1 5 23 2657 2676 2656 2677 0.92
85 206 0.073 4.9 7.8 0.6 3 23 2680 2701 2679 2701 0.94
86 206 0.037 2.5 8.7 1.2 3 23 2731 2752 2730 2753 0.94
87 206 0.88 60 4.4 0.1 3 23 2756 2777 2755 2777 0.94
88 206 0.015 0.99 10.0 4.8 3 23 2807 2828 2806 2829 0.94
89 206 0.028 1.9 9.1 1.3 2 23 2831 2853 2831 2854 0.95
90 206 0.88 60 4.4 0.1 3 23 2857 2878 2856 2878 0.94
91 206 0.044 3 8.5 2.6 2 23 2907 2929 2906 2930 0.94
92 206 3.8 2.6e+02 2.4 5.0 2 23 2957 2979 2956 2980 0.93
93 206 0.029 2 9.0 2.7 2 23 2982 3004 2981 3005 0.94
94 206 0.014 0.98 10.0 2.0 2 23 3032 3054 3032 3055 0.95
95 206 0.025 1.7 9.2 0.2 3 23 3058 3079 3057 3079 0.94
96 206 0.015 0.99 10.0 4.8 3 23 3109 3130 3108 3131 0.94
97 206 0.028 1.9 9.1 1.3 2 23 3133 3155 3133 3156 0.95
98 206 0.036 2.5 8.7 0.1 3 23 3159 3180 3158 3180 0.94
99 206 0.028 1.9 9.1 0.3 3 22 3184 3203 3183 3203 0.94
100 206 0.34 23 5.7 0.1 5 23 3237 3256 3236 3257 0.92
101 206 0.073 4.9 7.8 0.6 3 23 3260 3281 3259 3281 0.94
102 206 0.037 2.5 8.7 1.2 3 23 3311 3332 3310 3333 0.94
103 206 0.88 60 4.4 0.1 3 23 3336 3357 3335 3357 0.94
104 206 0.015 0.99 10.0 4.8 3 23 3387 3408 3386 3409 0.94
105 206 0.028 1.9 9.1 1.3 2 23 3411 3433 3411 3434 0.95
106 206 0.036 2.5 8.7 0.1 3 23 3437 3458 3436 3458 0.94
107 206 0.028 1.9 9.1 0.3 3 22 3462 3481 3461 3481 0.94
108 206 0.34 23 5.7 0.1 5 23 3515 3534 3514 3535 0.92
109 206 0.073 4.9 7.8 0.6 3 23 3538 3559 3537 3559 0.94
110 206 0.037 2.5 8.7 1.2 3 23 3589 3610 3588 3611 0.94
111 206 0.88 60 4.4 0.1 3 23 3614 3635 3613 3635 0.94
112 206 0.015 0.99 10.0 4.8 3 23 3665 3686 3664 3687 0.94
113 206 0.028 1.9 9.1 1.3 2 23 3689 3711 3689 3712 0.95
114 206 0.036 2.5 8.7 0.1 3 23 3715 3736 3714 3736 0.94
115 206 0.028 1.9 9.1 0.3 3 22 3740 3759 3739 3759 0.94
116 206 0.34 23 5.7 0.1 5 23 3793 3812 3792 3813 0.92
117 206 0.073 4.9 7.8 0.6 3 23 3816 3837 3815 3837 0.94
118 206 0.037 2.5 8.7 1.2 3 23 3867 3888 3866 3889 0.94
119 206 0.88 60 4.4 0.1 3 23 3892 3913 3891 3913 0.94
120 206 0.015 0.99 10.0 4.8 3 23 3943 3964 3942 3965 0.94
121 206 0.028 1.9 9.1 1.3 2 23 3967 3989 3967 3990 0.95
122 206 0.036 2.5 8.7 0.1 3 23 3993 4014 3992 4014 0.94
123 206 0.028 1.9 9.1 0.3 3 22 4018 4037 4017 4037 0.94
124 206 0.34 23 5.7 0.1 5 23 4071 4090 4070 4091 0.92
125 206 0.073 4.9 7.8 0.6 3 23 4094 4115 4093 4115 0.94
126 206 0.07 4.8 7.8 3.0 3 23 4145 4166 4144 4167 0.94
127 206 1 70 4.1 3.3 3 23 4170 4191 4169 4192 0.94
128 206 0.028 1.9 9.1 1.3 2 23 4194 4216 4194 4217 0.95
129 206 0.38 26 5.5 0.2 3 23 4220 4241 4219 4241 0.96
130 206 0.037 2.5 8.7 1.2 3 23 4271 4292 4270 4293 0.94
131 206 0.38 26 5.5 0.2 3 23 4296 4317 4295 4317 0.96
132 206 0.07 4.8 7.8 3.0 3 23 4347 4368 4346 4369 0.94
133 206 0.49 33 5.2 3.2 3 23 4372 4393 4371 4394 0.94
134 206 0.028 1.9 9.1 1.3 2 23 4396 4418 4396 4419 0.95
135 206 0.036 2.5 8.7 0.1 3 23 4422 4443 4421 4443 0.94
136 206 0.028 1.9 9.1 0.3 3 22 4447 4466 4446 4466 0.94
137 206 0.34 23 5.7 0.1 5 23 4500 4519 4499 4520 0.92
138 206 0.073 4.9 7.8 0.6 3 23 4523 4544 4522 4544 0.94
139 206 0.07 4.8 7.8 3.0 3 23 4574 4595 4573 4596 0.94
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146 206 0.88 60 4.4 0.1 3 23 4775 4796 4774 4796 0.94
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148 206 4.7 3.2e+02 2.1 5.3 3 23 4851 4872 4850 4873 0.94
149 206 0.028 1.9 9.1 1.3 2 23 4875 4897 4875 4898 0.95
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Sequence Information

Coding Sequence
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Protein Sequence
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