Basic Information

Transcription Factor Domain

TF Family: HTH
Domain: HTH_psq domain
PFAM: PF05225
TF Group: Helix-turn-helix
Description: This DNA-binding motif is found in four copies in the pipsqueak protein of Drosophila melanogaster [1]. In pipsqueak this domain binds to GAGA sequence [1].
Hmmscan Out: # of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc

1 12 0.74 3.4e+02 1.7 0.0 25 40 7 22 6 26 0.81

2 12 0.51 2.3e+02 2.3 0.0 24 40 28 44 20 48 0.80

3 12 0.51 2.3e+02 2.3 0.0 24 40 39 55 31 59 0.80

4 12 0.55 2.5e+02 2.2 0.0 24 39 50 65 42 69 0.80

5 12 0.51 2.3e+02 2.3 0.0 24 40 61 77 53 81 0.80

6 12 0.36 1.7e+02 2.7 0.0 24 37 72 85 62 91 0.63

7 12 0.51 2.3e+02 2.3 0.0 24 40 83 99 75 103 0.80

8 12 0.27 1.3e+02 3.1 0.0 24 36 94 106 82 114 0.59

9 12 0.26 1.2e+02 3.2 0.0 24 36 105 117 90 125 0.62

10 12 0.51 2.3e+02 2.3 0.0 24 40 116 132 108 136 0.80

11 12 0.4 1.8e+02 2.6 0.0 24 41 127 144 119 147 0.81

12 12 0.083 38 4.8 0.0 15 37 141 162 139 165 0.88

#	of	c-Evalue	i-Evalue	score	hmm coord from	hmm coord to	ali coord from	ali coord to	env coord from	env coord to	acc
1	12	0.74	3.4e+02	1.7	25	40	7	22	6	26	0.81
2	12	0.51	2.3e+02	2.3	24	40	28	44	20	48	0.80
3	12	0.51	2.3e+02	2.3	24	40	39	55	31	59	0.80
4	12	0.55	2.5e+02	2.2	24	39	50	65	42	69	0.80
5	12	0.51	2.3e+02	2.3	24	40	61	77	53	81	0.80
6	12	0.36	1.7e+02	2.7	24	37	72	85	62	91	0.63
7	12	0.51	2.3e+02	2.3	24	40	83	99	75	103	0.80
8	12	0.27	1.3e+02	3.1	24	36	94	106	82	114	0.59
9	12	0.26	1.2e+02	3.2	24	36	105	117	90	125	0.62
10	12	0.51	2.3e+02	2.3	24	40	116	132	108	136	0.80
11	12	0.4	1.8e+02	2.6	24	41	127	144	119	147	0.81
12	12	0.083	38	4.8	15	37	141	162	139	165	0.88

Coding Sequence: ATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGCGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTATGGAGTGTCTTGCCGGTTCTACTCCATAAAAACTACTTTTTAG
Protein Sequence: MECLWSVYGVSMECLWSVYGVSMECLWSVYGVSMECLWSVYGVSMECLWSVYGVSMECLWSVYGVSMECLWSVYGVSMECLWSVYGVSMECLWSVYGVSMECLWSVYGVSMECLWSVYGVSMECLWSVYGVSMECLWSVYGVSMERLWSVYGVSMECLWSVYGVSCRFYSIKTTF

Sequence clustering based on sequence similarity using MMseqs2