Bdis006120.1
Basic Information
- Insect
- Bombylius discolor
- Gene Symbol
- zfh2
- Assembly
- GCA_939192785.1
- Location
- CALNDV010000416.1:16944-44618[-]
Transcription Factor Domain
- TF Family
- zf-C2H2
- Domain
- zf-C2H2 domain
- PFAM
- PF00096
- TF Group
- Zinc-Coordinating Group
- Description
- The C2H2 zinc finger is the classical zinc finger domain. The two conserved cysteines and histidines co-ordinate a zinc ion. The following pattern describes the zinc finger. #-X-C-X(1-5)-C-X3-#-X5-#-X2-H-X(3-6)-[H/C] Where X can be any amino acid, and numbers in brackets indicate the number of residues. The positions marked # are those that are important for the stable fold of the zinc finger. The final position can be either his or cys. The C2H2 zinc finger is composed of two short beta strands followed by an alpha helix. The amino terminal part of the helix binds the major groove in DNA binding zinc fingers. The accepted consensus binding sequence for Sp1 is usually defined by the asymmetric hexanucleotide core GGGCGG but this sequence does not include, among others, the GAG (=CTC) repeat that constitutes a high-affinity site for Sp1 binding to the wt1 promoter [1].
- Hmmscan Out
-
# of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc 1 18 0.76 44 4.8 0.6 2 23 78 100 77 100 0.94 2 18 0.0003 0.017 15.5 1.4 2 23 502 524 501 524 0.96 3 18 7.4e-05 0.0042 17.4 0.7 1 23 556 580 556 580 0.92 4 18 0.023 1.3 9.5 0.4 1 22 621 642 621 645 0.91 5 18 2.9 1.7e+02 3.0 1.9 1 23 856 880 856 880 0.91 6 18 2.6 1.5e+02 3.1 3.3 1 23 1238 1261 1238 1261 0.94 7 18 0.013 0.75 10.3 0.2 3 23 1397 1418 1396 1418 0.94 8 18 0.41 24 5.6 1.7 1 21 1468 1488 1468 1492 0.91 9 18 2 1.2e+02 3.5 2.0 1 23 1500 1525 1500 1525 0.92 10 18 0.0035 0.2 12.1 2.3 1 23 1538 1560 1538 1560 0.96 11 18 0.00025 0.015 15.7 3.7 2 23 1567 1589 1566 1589 0.94 12 18 0.054 3.1 8.4 6.4 1 23 1690 1714 1690 1714 0.94 13 18 0.025 1.5 9.4 0.6 1 22 1735 1756 1735 1759 0.89 14 18 0.011 0.66 10.5 0.1 1 23 1834 1858 1834 1858 0.93 15 18 2.1 1.2e+02 3.4 4.0 1 19 1981 1999 1981 2004 0.91 16 18 0.00017 0.01 16.2 2.8 1 23 2666 2688 2666 2688 0.98 17 18 0.00063 0.036 14.5 1.4 1 23 2870 2892 2870 2892 0.98 18 18 0.001 0.058 13.8 0.2 2 23 3415 3437 3414 3437 0.94
Sequence Information
- Coding Sequence
- ATGTCGTGTTCAGATGTTGAAAGTTTTCAAGGGAAAATTGTTTATAATCCTGATGGTAGTGCATATATAATTGATTCTGAAAATGAGACATTATCAAATGTATCAGAAAATTGTTTAAATACTGGTGTACCACCATCAAATAATCCAAAAATCCATTCATTTCGAGTGGTAACAGCACGTGATGCAACCGTTAATATATCAGAACCAAATAAAATACAAAAACCAATATTGATGTGTTTTATATGTAAACTAAGTTTTGGTAATACAAAATCATTTAGTTTGCATGCAAACAGTGAGCATACATTAAATTTACAAGAATCTGAAAAACTTTTATTAAATCGTGAATATTCGAGTGCCATTATACAACGTAATGTTGATGAAAAACCACAAATATCATTTTTGGAGCCGCTTGAAATACACAaacagctgatgcagcagcaacagtcacaacaacaacaacagtcaaatattaataataataatttatcatcaacaacaacatcaatatcatcatcttcgttgtcaacagcatcatcattaccatcatcaacgacaataacatcatcatcattgacgactgttgtatcatcaccatcaattatatcatctctacaatcatcaacggtgacaacggcggccatagctacaacattaattggtgaatgtagtacagtgactggaacgattaatagtaaaagtaataataataataatgcaaatagtaatagtaGTCAAATGCAGATGCAAATGCAATTGCGTGCAAATCAAATTGAAACAATTAGTACTTTAACTAAGGCAAATGACATGAACGCAACTACGACGTCATCGGCTGTAGTGTCtagtggcagtagcagtggtagtggtggtggaagtggttccattaatcaaagtagctgtagcaataatattaataatCCTATTGGTGATTATCACCAAAGTCAACAGCAGCAACAGACAAGAACCCCAACACCGTCTTCATTAGTTGCCACTTCAAGTACAACATCAAATATTGGGGGTGTTACTGCTAGCAGTAGTGGTATATTGCCAACATCTAGCACTTCAACATCATCAATGGCAAACGCATCAaataatgatattagtagtagcaattgtagtaataatgcaaaattattaaatgagttccttcaacaacagcaacaacaattacaacagcaacagcaattacatcatcaAACTTTAACATGTCCAGAGCATCAGGGTATGAAGGGCATTGACTGTAAATCATGTGAATTAATTAACATAAATCTCAAATCACCAATTACACCAACGAAATCTCCGAATAGTTTAAATCTAACATCACCATCAACTAGTTTAAATATGTCACCAACAGCTCCACCGCCAAGTTTTACAATTGGTGCATGTCCAGAGCATATAAATGGCAGACCGATTGGTGTTGATTGTGCCAGATGTGAAATGATACTTAATTCTGCCCGACTGAATAGTAGTGTTCAAATATCAACACGTAACTCGTGTAAAACATTAAAATGTCCGCAGTGTAATTGGCATTATAAGTATCAGGAAACGCTTGAAATTCATATGAGAGAAAAACATCCGGATGGGGAGAGTGCATGTGGTTATTGTTTAGCTGGTCAACAACATCCACGGCTGGCACGTGGTGAATCCTATACATGCGGTTATAAACCATACCGTTGTGAAATTTGTAATTATTCAACAACAACAAAAGGGAATTTATCAATTCATATGCAAAGTGATAAACATTTAAATAATATGCAAGAATTAAATAATTCACAAAATTTAACTACTCAACCTGAAATACGTGAAAGTCCAAAAATAATAATGCCCAATATACAACAACAGGCTGCTAAACCAAAACCAAGCTTTAGATGTGATGTTTGTTCATATGAGACAAGCGTTGCACGTAATTTACGTATTCATATGACTAGTGAAAAGCATACTCATAATATGGCCGTATTACAAAATAATATGAAACATTTTCAAGCGCTTAGTTTTTTGCAAAGTCAAAATCTAAGTCAATTGACTGCAGCATCGGCCGCATCAAATATACCAAACTTATCAAATTTGCCAAATTTAGGACAAAATTTACCAAATTTACAAAATTTCCTGCCTGAAGCAGCATTAGCTGATTTGGCATATAATCAAGCACTTATGATACAATTATTgcatcagaattcagcggctggtgcattaggtgcagcggctgcagcagcagctgcagctgtaaatacagttcctcaatcaccaacaacaccaacaactggacaaggtcccagtggatcagcggctgctgttgccgctgcagcagctcaagctcaagttggttcatcagctgcagctgctgcaaatgtcctACTCGGTAATACATTAGAACCAGATCAAGGACTTAATCCTGATACATTAGAACCACCAATTGAACCTGATCAAAGACCAACAACTGTTTTTAGTTGTCTAATTTGTTCCGTATATAATACAAATAGTATAGATGAACTTAACAATCATTTATTAATTGATAGATCACGTAATAATAATTGCAACAGTGACATTATGCTCATTATAAATAATAATTATATATGTCGATTATGTAATTATAAAACAAATTTAAAAGCTAATTTTCAATTACATAGTAAAACAGATAAACATATACAAAAATTAAATTTTATTAATCATATCAAAGAAGGTGGACTGAAAAATGAATATAAATTAAAATATAACAATACAAATACGGTTCAATTGAAATGTAATTGTTGCGATTTTTATACAAATTCAATACAAAAATTAAATTTACATACACAGCATatgagacatgatacaatgaaaatgatatttaatcatttattgattattacaaataatttagagcaacagcagcaacgtgatcaacaacaacaacaacagcaacaacaacaacaacaacaacatgatcaacaacaatcaataattattgattcaacaaatgatggaattagtggtattagtggaagtagtagtggtggtaacaatattggcagtaatagtggaaataatagtggtcccagtggaaatggtaataataatggtggtgatcaatcacaggataataattctcaacaacaacagcaacagtcaataaatgtgttcagtaataataacaataaAGCTCTAATATGTCAACTGTGTAATTTTAAATCATCAACAACTCTACAAATGATACAACATGTTAAAAGTTTACGACATGTACAAGTTGAACAATTTATATGCTTGCAAAGACGTAGCGAAAATTTGGATCCATTAGAATTGGGAGATGTTTTTAAAATTACCGATTGCGATATAATTAAAAGTGAAAAGACAAGTCCAATTCATTCACCAATTGAAAAGTATGACCAAATCATAGATATGGGAATAGTAACAGGAATAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAATATAAGTGACAGTAATCAAACACTGCCACCAACACCAACTACACCAACATTACGTGATAATACAATGAATTTATCATTAACACCTTCATCATCTGCAAATAATagtggtggaataagtgcatcaacatcaagtaataataatagtggtagtagtagtagtattggtattagttctggtgccaTTCTATTACATCAGCATCAACAATTATCATCCTCACCACCTCCACCATCATCATTATCATGTGCTACTGCTGCATCCTTAGGAGTCACAACAACAATATATAAATGTAATCATTGCGAATATTTTTGTGAAATTAAACAAGATATGGAAATGCATATTGAAAATTTACATCCAAATTATCCTGAAACTGATTATTTATCAATACCAACAAATCAAGCTGCTTTACAAGCATTTCAAGCAGCTGTTGCCGCAGCGGCAGCTGCTGCGGCTGCAGTTGCATCAAATGTTAATAAACCGCCATCGGCATTATCATCTGCAACCGGAGTATCTATTGGTGGAGTAcaattatcatcatcatcatcaataacaccaacaccatcatcaccagtgccaagtaataataatgcaaataatgtgacaagtagtagtaacatcagtaatTATGATGATATTGTTAAAACAGAAAAAGAACGTGATAATGAATCAGATTTTGGTGGTGATTGTATTGAACAAGATCAACAGGATATCGATAATTTTGATAATAATAGTGATAATAATGCTACAATTAATATACTTTGTCCATTATGTCAAGATAGTTTTACAGATAAAAAGTCACTTGAGAAACATGTAATGGGTGTTCATAGTGTTAGCAGTGATGGTCTTACACGATTACTACAACTTGTCGATACTAGTCAATGGTTAATTAGTAACAGAAAAAGTCCAGATCATACAATATTATCAGATAATCAAAGTTCATCATCAACGTCTGCCGGACAAACAAGAGATGATTTTGAATGTACGCAATGTTTACAAAATTTTAAATCACATCAAGATTTACTAACACATGCCAATGATCAACAGCATTATACCATTGCTAATGATAAATATCAATGCTTATTGAAGCAGTGCCAACAGTTTTTCAATAATTTATCATCAATGTTGACCCATTTCAAGGATTCTCATATGAATATTGTAATTTCAGAACGACACGTTTACAAATATCGTTGCAAACAATGTTCTTTAGCATTTAAAACTCAAGAGAAATTGAATACGCATTCATTATATCATACAATGCGTGAAGCAACAAAATGTAATATTTGTGATCGAAGTTTTCGTACTACACAATCCTTACAAAAGCATATTGAACAATGTCATCAACAATCGTCCTCTAACAATGCAACAGTAAGTCCTTCAACATCACCGAATAGTTGCATTGAAACCAGTGAAAATAAGAATGTTGTAAATGTTGATGATTATGTAACATCACCTCCACTTAGTCTTAAACAGGAGGATGATTTAACTATAACATCATCTGGAACACATGATCTTATCCTTCGTGGAGAAGATCATTTCATGTTACAACAGAATCCTGGTGAAATTGAAACAAC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- Protein Sequence
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