Basic Information

Transcription Factor Domain

TF Family: HTH
Domain: HTH_psq domain
PFAM: PF05225
TF Group: Helix-turn-helix
Description: This DNA-binding motif is found in four copies in the pipsqueak protein of Drosophila melanogaster [1]. In pipsqueak this domain binds to GAGA sequence [1].
Hmmscan Out: # of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc

1 14 4.4 4e+03 -2.6 0.0 22 30 31 39 31 41 0.85

2 14 0.18 1.6e+02 1.8 0.0 19 30 48 59 46 61 0.92

3 14 0.19 1.7e+02 1.7 0.0 19 30 68 79 66 80 0.92

4 14 0.19 1.7e+02 1.7 0.0 19 30 88 99 86 100 0.92

5 14 0.19 1.7e+02 1.7 0.0 19 30 108 119 106 120 0.92

6 14 0.19 1.7e+02 1.7 0.0 19 30 128 139 126 140 0.92

7 14 0.19 1.7e+02 1.7 0.0 19 30 148 159 146 160 0.92

8 14 0.19 1.7e+02 1.7 0.0 19 30 168 179 166 180 0.92

9 14 0.19 1.7e+02 1.7 0.0 19 30 188 199 186 200 0.92

10 14 0.19 1.7e+02 1.7 0.0 19 30 208 219 206 220 0.92

11 14 0.19 1.7e+02 1.7 0.0 19 30 228 239 226 240 0.92

12 14 0.19 1.7e+02 1.7 0.0 19 30 248 259 246 260 0.92

13 14 0.19 1.7e+02 1.7 0.0 19 30 268 279 266 280 0.92

14 14 0.19 1.7e+02 1.7 0.0 19 30 288 299 286 300 0.92

#	of	c-Evalue	i-Evalue	score	hmm coord from	hmm coord to	ali coord from	ali coord to	env coord from	env coord to	acc
1	14	4.4	4e+03	-2.6	22	30	31	39	31	41	0.85
2	14	0.18	1.6e+02	1.8	19	30	48	59	46	61	0.92
3	14	0.19	1.7e+02	1.7	19	30	68	79	66	80	0.92
4	14	0.19	1.7e+02	1.7	19	30	88	99	86	100	0.92
5	14	0.19	1.7e+02	1.7	19	30	108	119	106	120	0.92
6	14	0.19	1.7e+02	1.7	19	30	128	139	126	140	0.92
7	14	0.19	1.7e+02	1.7	19	30	148	159	146	160	0.92
8	14	0.19	1.7e+02	1.7	19	30	168	179	166	180	0.92
9	14	0.19	1.7e+02	1.7	19	30	188	199	186	200	0.92
10	14	0.19	1.7e+02	1.7	19	30	208	219	206	220	0.92
11	14	0.19	1.7e+02	1.7	19	30	228	239	226	240	0.92
12	14	0.19	1.7e+02	1.7	19	30	248	259	246	260	0.92
13	14	0.19	1.7e+02	1.7	19	30	268	279	266	280	0.92
14	14	0.19	1.7e+02	1.7	19	30	288	299	286	300	0.92

Coding Sequence: ATGCTACAACGTGCCGCACTAGCCTGCTTCATTCTAAGAACAGAGACAATCACCGAGACCCGTGGAGTCATATACAGCGTGTCTTACTGTGCCGCGCTGTGCTACAACGTGCCGCACTTTTCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTACAACGTGCCGCACTGTGCTATAA
Protein Sequence: MLQRAALACFILRTETITETRGVIYSVSYCAALCYNVPHFSTTCRTVLQRAALCYNVPHCATTCRTVLQRAALCYNVPHCATTCRTVLQRAALCYNVPHCATTCRTVLQRAALCYNVPHCATTCRTVLQRAALCYNVPHCATTCRTVLQRAALCYNVPHCATTCRTVLQRAALCYNVPHCATTCRTVLQRAALCYNVPHCATTCRTVLQRAALCYNVPHCATTCRTVLQRAALCYNVPHCATTCRTVLQRAALCYNVPHCATTCRTVLQRAALCYNVPHCATTCRTVLQRAALCYNVPHCATTCRTVL

Sequence clustering based on sequence similarity using MMseqs2