Basic Information

Insect: Acrocera orbiculus
Gene Symbol: zfh2
Assembly: GCA_947359355.1
Location: OX375759.1:11112034-11154671[+]

Transcription Factor Domain

TF Family: zf-C2H2
Domain: zf-C2H2 domain
PFAM: PF00096
TF Group: Zinc-Coordinating Group
Description: The C2H2 zinc finger is the classical zinc finger domain. The two conserved cysteines and histidines co-ordinate a zinc ion. The following pattern describes the zinc finger. #-X-C-X(1-5)-C-X3-#-X5-#-X2-H-X(3-6)-[H/C] Where X can be any amino acid, and numbers in brackets indicate the number of residues. The positions marked # are those that are important for the stable fold of the zinc finger. The final position can be either his or cys. The C2H2 zinc finger is composed of two short beta strands followed by an alpha helix. The amino terminal part of the helix binds the major groove in DNA binding zinc fingers. The accepted consensus binding sequence for Sp1 is usually defined by the asymmetric hexanucleotide core GGGCGG but this sequence does not include, among others, the GAG (=CTC) repeat that constitutes a high-affinity site for Sp1 binding to the wt1 promoter [1].
Hmmscan Out: # of c-Evalue i-Evalue score bias hmm coord from hmm coord to ali coord from ali coord to env coord from env coord to acc

1 17 0.48 38 4.9 0.6 2 23 323 345 322 345 0.94

2 17 0.00019 0.015 15.6 1.4 2 23 678 700 677 700 0.96

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4 17 0.015 1.1 9.7 0.4 1 22 797 818 797 821 0.91

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7 17 0.022 1.8 9.1 1.0 3 23 1426 1447 1425 1447 0.96

8 17 0.44 34 5.0 0.6 3 20 1499 1516 1497 1521 0.89

9 17 0.00099 0.078 13.4 1.5 1 23 1567 1589 1567 1589 0.96

10 17 0.0024 0.18 12.2 4.0 2 23 1596 1618 1595 1618 0.94

11 17 0.003 0.23 11.9 4.6 1 23 1721 1745 1721 1745 0.94

12 17 0.016 1.2 9.6 0.6 1 22 1766 1787 1766 1790 0.89

13 17 0.0072 0.56 10.7 0.1 1 23 1876 1900 1876 1900 0.93

14 17 1.5 1.2e+02 3.3 5.7 1 19 2020 2038 2020 2043 0.91

15 17 0.00011 0.0086 16.4 2.8 1 23 2691 2713 2691 2713 0.98

16 17 0.0018 0.14 12.6 1.0 1 23 2863 2885 2863 2885 0.97

17 17 0.0029 0.23 11.9 0.2 2 23 3348 3370 3347 3370 0.94

#	of	c-Evalue	i-Evalue	score	bias	hmm coord from	hmm coord to	ali coord from	ali coord to	env coord from	env coord to	acc
1	17	0.48	38	4.9	0.6	2	23	323	345	322	345	0.94
2	17	0.00019	0.015	15.6	1.4	2	23	678	700	677	700	0.96
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Sequence Information

Coding Sequence: 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